🔥📣[THREAD]
1/
L'incitation à se faire TESTER est très forte, et les tests sont de plus en plus disponibles.
Je vous propose un petit thread pour comprendre les histoires de "FAUX POSITIFS", de "FAUX NEGATIFS", en lien avec le % de contaminés, et la stratégie de DEPISTAGE.🔽
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L'incitation à se faire TESTER est très forte, et les tests sont de plus en plus disponibles.
Je vous propose un petit thread pour comprendre les histoires de "FAUX POSITIFS", de "FAUX NEGATIFS", en lien avec le % de contaminés, et la stratégie de DEPISTAGE.🔽
2/
Imaginons un test covid qui est fiable à 98% (c'est-à-dire que si quelqu'un est réellement contaminé, le test a 98% de chances d'être positif).
Si vous vous faites tester, et que votre test est positif, quel est le % de chances que vous soyez contaminé ?
Imaginons un test covid qui est fiable à 98% (c'est-à-dire que si quelqu'un est réellement contaminé, le test a 98% de chances d'être positif).
Si vous vous faites tester, et que votre test est positif, quel est le % de chances que vous soyez contaminé ?
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La bonne réponse est "je sais pas", mais ce sera moins que 98%. En effet, si on ne connait pas le % réel de personnes déjà contaminées dans la population, on ne peut pas répondre à cette question. On va voir pourquoi...
La bonne réponse est "je sais pas", mais ce sera moins que 98%. En effet, si on ne connait pas le % réel de personnes déjà contaminées dans la population, on ne peut pas répondre à cette question. On va voir pourquoi...
3/
Imaginez une population où 2% des gens sont déjà contaminés (une cambrousse française). Vous faites ce test fiable à 98%, sur 100 personnes.
2 sont bien contaminées et le test sera positif : OK.
Mais 2 autres ne le sont pas alors que le test leur dira qu'elles sont positives !
Imaginez une population où 2% des gens sont déjà contaminés (une cambrousse française). Vous faites ce test fiable à 98%, sur 100 personnes.
2 sont bien contaminées et le test sera positif : OK.
Mais 2 autres ne le sont pas alors que le test leur dira qu'elles sont positives !
4/
Au final, sur ces 100 personnes (en vrai : 102 mais j'ai arrondi...), parmi celles ayant un test positif :
- 2 sont réellement positives,
- 2 sont en réalité négatives.
Donc seul 50% des personnes à qui on dit qu'elles sont positives, le sont !
(test pourtant fiable à 98%)...
Au final, sur ces 100 personnes (en vrai : 102 mais j'ai arrondi...), parmi celles ayant un test positif :
- 2 sont réellement positives,
- 2 sont en réalité négatives.
Donc seul 50% des personnes à qui on dit qu'elles sont positives, le sont !
(test pourtant fiable à 98%)...
5/
Ce biais cognitif s'appelle le "biais d'oubli du taux de base" (le taux réel de positivité dans la population).
Spoil : on a fait une petite étude auprès des médecins : la moitié l'oublient, et se gourent...😬😬😬
Ca apporte plein de réponses et pose aussi plein de questions.
Ce biais cognitif s'appelle le "biais d'oubli du taux de base" (le taux réel de positivité dans la population).
Spoil : on a fait une petite étude auprès des médecins : la moitié l'oublient, et se gourent...😬😬😬
Ca apporte plein de réponses et pose aussi plein de questions.
6/
Voilà pourquoi, avant d'autoriser un test, les autorités exigent une fiabilité très proche de 100%. Et plus la maladie est rare, plus il doit être fiable.
Question : comment connaitre le % réel de contamination d'une population... pour pouvoir valider un test... sans test ?!
Voilà pourquoi, avant d'autoriser un test, les autorités exigent une fiabilité très proche de 100%. Et plus la maladie est rare, plus il doit être fiable.
Question : comment connaitre le % réel de contamination d'une population... pour pouvoir valider un test... sans test ?!
7/
Bah ça dépend : mais la plupart du temps, on valide la fiabilité d'un nouveau type de test en le comparant à un autre type de test déjà validé mais souvent plus coûteux, ou plus lent, par exemple.
Bah ça dépend : mais la plupart du temps, on valide la fiabilité d'un nouveau type de test en le comparant à un autre type de test déjà validé mais souvent plus coûteux, ou plus lent, par exemple.
8/
Donc là, on a parlé de "fiabilité" dans le sens "vrai positif". C'est ce qu'on appelle la SPECIFICITE.
Mais il y a aussi la fiabilité dans l'autre sens : si le test est négatif, est-ce que je le suis réellement ("vrai négatif") ? C'est la SENSIBILITE.
Donc là, on a parlé de "fiabilité" dans le sens "vrai positif". C'est ce qu'on appelle la SPECIFICITE.
Mais il y a aussi la fiabilité dans l'autre sens : si le test est négatif, est-ce que je le suis réellement ("vrai négatif") ? C'est la SENSIBILITE.
9/
Alors, à votre avis, aux yeux d'un épidémiologiste, qu'est-ce qui est le plus dangereux ?
Alors, à votre avis, aux yeux d'un épidémiologiste, qu'est-ce qui est le plus dangereux ?
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Un épidémiologiste voudra toujours jouer la prudence (les épidémiologistes : tapez-moi si je raconte des conneries) : sa hantise sera trop de FAUX NEGATIFS car la personne serait rassurée, à tort.
Or...
Un épidémiologiste voudra toujours jouer la prudence (les épidémiologistes : tapez-moi si je raconte des conneries) : sa hantise sera trop de FAUX NEGATIFS car la personne serait rassurée, à tort.
Or...
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Or la sensibilité des tests PCR naso-pharyngés est meilleure que celle des tests antigéniques nasopharyngés, elle-même meilleure que celle des tests antigéniques salivaires.
Or la sensibilité des tests PCR naso-pharyngés est meilleure que celle des tests antigéniques nasopharyngés, elle-même meilleure que celle des tests antigéniques salivaires.
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Mais les tests antigéniques donnent le résultat en 20 min, et pas les PCR. C'est pourquoi les autorités :
- ne déconseillent pas de se faire dépister par test antigénique nasopharyngé
- mais si on est CAS CONTACT avéré (un proche est testé positif) alors il faut faire un PCR.
Mais les tests antigéniques donnent le résultat en 20 min, et pas les PCR. C'est pourquoi les autorités :
- ne déconseillent pas de se faire dépister par test antigénique nasopharyngé
- mais si on est CAS CONTACT avéré (un proche est testé positif) alors il faut faire un PCR.
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On va voir si vous suivez :
imaginons que le % de gens déjà contaminés augmente (ce qui est le cas), alors à fiabilité égale du test (SPECIFICITE), ceux qui sont testés positifs ont-ils plus ou moins de chances qu'auparavant de l'être réellement ?
On va voir si vous suivez :
imaginons que le % de gens déjà contaminés augmente (ce qui est le cas), alors à fiabilité égale du test (SPECIFICITE), ceux qui sont testés positifs ont-ils plus ou moins de chances qu'auparavant de l'être réellement ?
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Et à l'inverse
imaginons que le % de gens déjà contaminés augmente aussi (ce qui est le cas), alors à fiabilité égale du test (SENSIBILITE), ceux qui sont testés négatifs ont-ils plus ou moins de chances qu'auparavant de l'être réellement ?
Et à l'inverse
imaginons que le % de gens déjà contaminés augmente aussi (ce qui est le cas), alors à fiabilité égale du test (SENSIBILITE), ceux qui sont testés négatifs ont-ils plus ou moins de chances qu'auparavant de l'être réellement ?
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Vous comprenez pourquoi il y a un débat entre épidémiologistes : certains prônant un dépistage massif, d'autres un dépistage ciblé. Ceci dit, ce débat ne provient pas que du biais d'oubli du taux de base, mais aussi de questions logistiques et de disponibilité du personnel.
Vous comprenez pourquoi il y a un débat entre épidémiologistes : certains prônant un dépistage massif, d'autres un dépistage ciblé. Ceci dit, ce débat ne provient pas que du biais d'oubli du taux de base, mais aussi de questions logistiques et de disponibilité du personnel.
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Petite question supplémentaire :
Refaire le test une deuxième fois : est-ce que ça augmente la fiabilité du résultat ? (et sans parler de l'augmentation ou diminution de la fiabilité du test avec le stade de la maladie, ni de se contaminer entre les deux : on y reviendra).
Petite question supplémentaire :
Refaire le test une deuxième fois : est-ce que ça augmente la fiabilité du résultat ? (et sans parler de l'augmentation ou diminution de la fiabilité du test avec le stade de la maladie, ni de se contaminer entre les deux : on y reviendra).
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Oui : carrément ! Dans les maladies rares, même avec des tests hyper-fiables, en cas de test positif, souvent on le refait une deuxième fois pour être sûr.
Mais j'ai pas dit que pour le covid faut se précipiter tous les jours faire un test. Ca dépend. Car...
Oui : carrément ! Dans les maladies rares, même avec des tests hyper-fiables, en cas de test positif, souvent on le refait une deuxième fois pour être sûr.
Mais j'ai pas dit que pour le covid faut se précipiter tous les jours faire un test. Ca dépend. Car...
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Car certains trucs jouent bcp sur la fiabilité :
- la qualité du PRELEVEMENT naso-pharyngé (certains toubibs demandent au patient de le faire soi-même : à mes yeux, fuyez...),
- le STADE de la maladie : en tout début, les tests antigéniques sont un poil moins fiables.
Car certains trucs jouent bcp sur la fiabilité :
- la qualité du PRELEVEMENT naso-pharyngé (certains toubibs demandent au patient de le faire soi-même : à mes yeux, fuyez...),
- le STADE de la maladie : en tout début, les tests antigéniques sont un poil moins fiables.
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Et on ne le redira jamais assez : vous pouvez être testé négatif puis être contaminé quelques heures plus tard. Donc se faire tester au(x) bon(s) moment(s) PUIS S'ISOLER 7 jours (période d'incubation) avant de voir papi-mamie ou une personne à risque. Seule vraie solution.
Et on ne le redira jamais assez : vous pouvez être testé négatif puis être contaminé quelques heures plus tard. Donc se faire tester au(x) bon(s) moment(s) PUIS S'ISOLER 7 jours (période d'incubation) avant de voir papi-mamie ou une personne à risque. Seule vraie solution.
20/
Ce biais d'oubli du taux de base ne concerne pas que les tests: 98% des voleurs ont des vêtements sombres, mais si vous avez des vêtements sombres est-ce que vous êtes un voleur? Remarquez à quel point ce sophisme se cache fréquemment chez les politiciens et les journalistes.
Ce biais d'oubli du taux de base ne concerne pas que les tests: 98% des voleurs ont des vêtements sombres, mais si vous avez des vêtements sombres est-ce que vous êtes un voleur? Remarquez à quel point ce sophisme se cache fréquemment chez les politiciens et les journalistes.
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Bcp de trucs super bien faits sur le biais d'oubli du taux de base et l'une des deux grandes lois des probabilités : la loi de Bayes (l'autre étant la loi des grands nombres). La meilleure VIDEO que je connaisse à ce sujet est celle de Monsieur Phi.🔽
Bcp de trucs super bien faits sur le biais d'oubli du taux de base et l'une des deux grandes lois des probabilités : la loi de Bayes (l'autre étant la loi des grands nombres). La meilleure VIDEO que je connaisse à ce sujet est celle de Monsieur Phi.🔽
22/
Ce thread me permet d'introduire celui du Dr Corinne Depagne @corinne_depagne pour lequel il faut avoir regardé quelques notions d'épidémiologie (si ça vous intéresse, allez voir ce qu'est l'incidence, le CFR, l'IFR... grâce aux threads de @Juni8T)🔽
Ce thread me permet d'introduire celui du Dr Corinne Depagne @corinne_depagne pour lequel il faut avoir regardé quelques notions d'épidémiologie (si ça vous intéresse, allez voir ce qu'est l'incidence, le CFR, l'IFR... grâce aux threads de @Juni8T)🔽
https://twitter.com/corinne_depagne/status/1340691792371572738
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Et comme toujours : les remarques CONSTRUTIVES sont les bienvenues. Les spécialistes du domaine (bien plus que moi) : n'hésitez pas à me déglinguer si j'ai dit une connerie. Et enfin je ne le redirai jamais assez : je ne suis pas médecin. En cas de doute : votre médecin.
Et comme toujours : les remarques CONSTRUTIVES sont les bienvenues. Les spécialistes du domaine (bien plus que moi) : n'hésitez pas à me déglinguer si j'ai dit une connerie. Et enfin je ne le redirai jamais assez : je ne suis pas médecin. En cas de doute : votre médecin.
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Bravo à ceux qui calculent eux-mêmes la valeur prédictive positive et la valeur prédictive négative selon:
- la spécificité du test,
- la sensibilité du test,
- la prévalence (% de gens réellement contaminés).
Sinon une matrice Excel le fait pour vous:
revmed.ch/iframe/VPN%20e…
Bravo à ceux qui calculent eux-mêmes la valeur prédictive positive et la valeur prédictive négative selon:
- la spécificité du test,
- la sensibilité du test,
- la prévalence (% de gens réellement contaminés).
Sinon une matrice Excel le fait pour vous:
revmed.ch/iframe/VPN%20e…
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Et en enfin, on me dit qu'il y a une inexactitude et un manque dans la partie 2/ de ce thread (je suis en train de vérifier et je ne suis pas certain) : ne pas hésiter à apporter des correctifs ou précisions, c'est fait pour ça.
Et en enfin, on me dit qu'il y a une inexactitude et un manque dans la partie 2/ de ce thread (je suis en train de vérifier et je ne suis pas certain) : ne pas hésiter à apporter des correctifs ou précisions, c'est fait pour ça.
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