Thread by @arroboso

A petición de @G05Vi les traigo un🧵de tecnologías de secuenciación de ADN y cómo han servido para caracterizar al #SARSCoV2
(Contexto:soy investigador de la UNAM, experto en Genómica y Bioinformática. Del 2020 a la fecha dedico mucho tiempo al estudio del #SARSCoV2 y #COVID19)

1/El ADN (Ácido Desoxirribonucleico) es una molécula que se en todos los organismos biológicos. Su importancia es que en dicha molécula reside toda la información genética de dichos organismos. Básicamente el ADN es el manual que tiene todas las instrucciones de funcionamiento 🧬

2/A finales de 1800s, Friedrich Miescher, un médico/biólogo suizo fue el primero en aislsar ácidos nucleicos q los cuales llamó nucleina. Desde entonces la ciencia ha avanzado mucho, pero no quiero entrar mucho en la historia del ADN sino en como se "lee" y que info nos da

3/El ADN es una doble cadena hecha de 4 bloques básicos que se pueden representar con 4 letras: ATGC. La composición y orden usando estos 4 bloques es lo que define la información genética en cualquier organismos incluyendo los virus

4/El ADN contiene "firmas" que nos permiten distinguir entre un organismo y otro y también saber de su herencia y evolución. Por lo tanto, poder descifrar la información contenida en el ADN es de gran importancia. Toda la información genética de un organismo se le llama genoma

5/En los 70s el científico inglés Frederick Sanger quien ganó 2 veces el Nobel, inventó un método revolucionario para su época, que los permitió secuenciar el ADN y que usamos por más de 30 años. A pesar de que se sigue empleando su método, en el 2000 surgieron nuevas tecnologías

6/En este 🧵no entraré en detalle de como funcionan las tecnologías pero si en el alcance y utilidad que tienen, su disponibilidad en México y como se han usado en esta pandemia. Un poco de historia de como se encontró al #SARSCoV2 en este link:

acmor.org/articulo/como-…

7/De las tecnologías más populares y útiles tenemos a @illumina y es el actual gigante en el área de la Genómica. En gral, en esta tecnología se rompe la cadena de ADN en pedacitos que se van leyendo con un aparato que es microscopio muy potente con una cámara de alta resolución

8/Este tipo de tecnología se le conoce como secuenciación masiva o NGS por las siglas en inglés de Next-Generation Sequencing. A mi no me gusta llamarla así porque existe desde hace ~12 años y ya no es tan "next". Mas detalles de la tecnología aquí:

9/Con está tecnología se ha obtenido la información genética de miles de organismos a un costo y tiempo reducidos. Ahora es posible tener el genoma de una persona con Illumina por menos de 1000USD en una semana. Para el primer genoma humano tardamos 12 años y costo 1billonUSD

10/El reto de usar esta tecnología es que los pedacitos de ADN que podemos leer muy pequeños y hay que encontrar el orden original que tenían. Es ahí donde entra la #Bioinformática que es mi especialidad. Es como triturar un libro y tratar de reconstruirlo completamente

11/Con esta tecnología se encontró al virus #SARSCoV2 de muestras de los primeros pacientes de #COVID19 en China (finales 2019) Así sabemos todo de su información genética. Gracias a ésto, sabemos cómo es, como le hace para infectarnos etc. Más info 👇

https://twitter.com/arroboso/status/1262942003253309440?s=19

12/Hay ~80 secuencidadores de la tecnología Illumina en nuestro país. ~60 de ellos son plataformas pequeñas que no generan mucho rendimiento pero son suficientes para analizar genes relacionados con cáncer, genomas de bacterias o virus con lo cual se tiene potencial diagnóstico

13/En la unidad que dirijo (UUSMB-UNAM) tenemos uno más grande llamado #NextSeq500. Hay en otras instituciones como el @INMEGEN @LANGEBIO @RespiraINER por mencionar algunos lugares. En el @CIMMYT cuentan con un #Novaseq que es el aparato con +rendimiento (÷60-80genomas humanos)

14/No obstante hay otras tecnologías y en particular una que parece de ciencia ficción. Es un secuenciador portátil de la tecnología @nanopore. En la foto pueden ver su dispositivo llamado Minion. La gran ventaja es que genera lecturas de ADN +largas y reconstruirlo es más facil

15/Con está tecnología se pudo tener toda la información que faltaba del genoma humano. No se conocía todo el genoma humano porque zonas como el centro y los extremos de los cromosomas, no se habían podido resolver y esas zonas de habían ignorado hasta ahora.

16/En nuestra unidad contamos con 3 Minions con los que damos servicios y podemos fácilmente secuenciar genomas de bacterias de forma muy rápida. A nivel mundial la tecnología de @nanopore se está usando para obtener genomas de #SARSCoV2 en menos de 14 horas

17/Con ambas tecnologías y otras se ha podido obtener la información genética de muchas variantes del virus y ver cómo va mutando a lo largo de la pandemia a nivel mundial. En México contribuimos con 17 genomas cuando había solo 55 casos en el país. La meta actual son mil genomas

18/Tener el genoma del virus nos permitió conocerlo, entenderlo un poco más, diseñar una vacuna y seguir vigilándolo. Los cambios que pueda sufrir pueden afectar su transmisión o la severidad de la enfermedad. No necesariamente hacia un aumento pero es algo que no sabemos.

19/Finalmente quisiera pedir que la gente crea más en la ciencia y la opinión de los científicos mas allá de la información que uno pueda encontrar en las redes sociales donde es muy fácil propagar la desinformación, pseudociencia y el pensamiento mágico.