Thread by @mimiryudo

Un peu de lecture critique... (Personne ne me soupçonnera de douter de la transmission par les enfants du SARS-CoV-2 ^^)

Household transmission of SARS-CoV-2 and risk factors for susceptibility and infectivity in Wuhan: a retrospective observational study thelancet.com/journals/lanin…

Déjà, c'est une belle étude, publiée dans Lancet Inf Diseases, une grosse revue.
Ils étudient la transmission au sein d'un foyer.

Je n'aurai pas la prétention de commenter la partie statistique et les modèles utilisés, mais clairement ils ont bien blindés cette partie...

C'est une étude réalisée à partir de la cohorte rétrospective de Wuhan, qui combine tous les cas :
- confirmés par PCR (symptomatique ou non)
- ou suspectés cliniquement (28,6 %)
entre le 2 décembre 2019 et le 18 avril 2020.

Première limite à mon sens :
- la clinique est souvent aspécifique
- les enfants sont plus souvent asymptomatiques

Ca n'a donc pas été des PCR réalisés au hasard (pas fait pour calculer des prévalences, mais bien la susceptibilité/infectivité).
On en reparle dans 5 tweets ;)

Deuxième limite, puisqu'on va parler d'enfants, rappelons ici que les écoles ont été fermées fin janvier en Chine pendant environ 3 mois.

leparisien.fr/societe/corona…

Avant le 23 février (soit environ 90 % des gens), tous les contacts d'une maison n'étaient pas testés (en particulier pas de test si asymptomatique).
Donc vraiment, ça n'est pas pour la prévalence chez les enfants... (même s'ils ont fait de l'imputation pour estimer le statut)

Au total, ils ont étudié 27 101 foyers avec 29 578 cas primaires... qui avaient 57 581 contacts dans le foyer (10 367 seront +, 29 658 testés -, et 17 556 non testés).
30 % des contacts non testés : ça n'est pas pour étudier la prévalence (je radote, je sais).

29 578 cas :
- 413 avaient < 20 ans (A)
- 16 892 avaient 20-59 ans (B)
- 12 273 avaient > 60 ans (C)

10 367 contacts+ (peu importe si sympto) :
- 495 avaient < 20 ans (= 1,2 A)
- 5750 avaient 20-59 ans (= 0,3 B)
- 4122 avaient > 60 ans (= 0,3 C)

On rate beaucoup de A.

Donc une dernière fois, le fait qu'il y ait peu d'infectés doit être pris avec de grosses pincettes : les écoles étaient fermées, les enfants ne prenaient pas le métro pour aller bosser ou faire les courses...

Ne faisons pas d'extrapolation simpliste à partir de cette période !

Dans les données intéressantes, il y a les estimations des taux d'attaques secondaires observés dans les ménages avec un seul cas primaire (tableau tronqué).

1 - Parmi les 264 contacts < 1 an (quelque soit l'âge de "l'infecteur"), 16 étaient positifs (6,1 %). (susceptibilité)

2 - Les 327 cas primaires + de moins de 20 ans avaient 793 contacts dont 46 ont été + (5,8 %). (infectivité)

Voilà pour moi les données les plus intéressantes.
Pour les enfants, en situation réelle avant avril :
- les moins de 20 ans infectaient 6 % de leurs contacts.
- les moins de 20 ans qui étaient contact étaient contaminés dans 5 % des cas.

Les auteurs utilisent pas mal les odds-ratio par rapport au groupe des plus de 60 ans.
Pour faire simple (et faux), on va dire que c'est la proba d'être susceptible (tableau 1) ou infectieux (tableau 2).
Peu importe la colonne lue (incubation max à 13 et 22 jours respectivement)

Lorsqu'ils ajustent sur le sexe, le nombre de personnes dans le foyer, la phase de l'épidémie et le diagnostic (PCR ou clinique), les odds-ratios s'inversent : les jeunes deviennent plus contagieux.
En pratique ce n'est pas si utile de savoir quel groupe fait pire que l'autre...

D'autres résultats me semblent intéressants, bien que connus, par exemple ce tableau en annexe (thelancet.com/cms/10.1016/S1…).
La période la plus à risque est la période d'incubation, avant l'apparition des symptômes.
Et donc tout le monde contamine tout le monde...

Voilà en quelques mots et survol de cette belle étude.
Pour mémoire, on avait à peu près la même idée dans l'étude indienne : tout le monde contamine tout le monde.

https://twitter.com/mimiryudo/status/1321516290364870657?s=20

(poke @Francois_Blcd)