Share this page!

Han-Kwang Nienhuys Profile picture
Twitter logo
31 Jan, 6 tweets, 3 min read
1/ Wellicht gaan de basisscholen weer open op 8 februari. Tijd voor een nieuwe prognose voor wat dat zou kunnen betekenen. Dit zal het effect van de avondklok (-10% op R) ongeveer ongedaan maken. Image
2/ Volgens OMT was het effect van de avondklok 8-13% op R. Het OMT-advies over dde basisscholen is nog niet openbaar. Volgens RIVM is het effect van scholen en hoger onderwijs samen 40% [tweedekamer.nl/sites/default/…]. Hier staat het effect van de basisscholen optimistisch op +11%.
3/ Het voorspellen van exponentiële groeiprocessen is gevoelig voor de begincondities. Hier zie je groeivoorspellingen eruit zagen o.b.v. data tot 15 en 21 jan. Ook: minder testbereidheid door het GGD-datalek; recente R is te optimistsch. ImageImage
4/ Broncode: github.com/han-kwang/covi…. Berekening reproductiegetal: . Meer groeicurves voor B.1.1.7: . Op verzoek kan ik ook andere scenario's doorrekenen.
5/ Nieuw scenario: "Avondklok eindigt op 10 februari als besmettingen blijven dalen" nos.nl/liveblog/23666… (zijn ze nou helemaal gek geworden?) Image
En nog een update: OMT-advies 98 is een paar minuten geleden uit gekomen en noemt 19.8% UK-variant in week 2. De groeilijn loopt nu steiler. Image

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
　

Keep Current with Han-Kwang Nienhuys

Han-Kwang Nienhuys Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @hk_nien

Han-Kwang Nienhuys Profile picture
31 Jan
1/ Hier is een update van de #UKvariant #B117 groeicurves in verschillende landen en regio's. De verhouding B.1.1.7/overig (odds ratio OR) zou exponentieel groeien ongeacht gedrag van de burgers. (Dit draadje eerder in het Engels: ) Image
2/ Een 'log slope' 0,08 betekent dat de OR met 8 %/dag toeneemt. Bij elke dataset staat de publicatiedatum en of het is o.b.v. S-gene target failure (SGTF, d.w.z. PCR-tests) of genetische sequencing (seq).
3/ De 'log slope' kun je vertalen naar een reproductiegetalverhouding R_B117/R_overig = exp(log_slope*4) voor een generatie-interval van 4 dagen.
Read 8 tweets
Han-Kwang Nienhuys Profile picture
30 Jan
1/ Data on the #UKvariant #B117 in a number of countries and UK regions. The (odds) ratio of the B.1.1.7 variant versus other variants would be expected to grow exponentially (straight line on a logarithmic scale) independent of behavior (lockdowns etc.). Image
2/ A log slope 0.07 means that the odds ratio increases by 7% per day. The publication date for each dataset is indicated. The datasets are either based on S-gene target failure (SGTF; PCR tests with some selectivity for the B.1.1.7 mutation) or on full genomic sequencing.
3/ The slope can be converted to a ratio in reproduction numbers: R_B117/R_other = exp(slope*Tg) where Tg is the nominal generation interval (value generally assumed between 4 and 6 days).
Read 8 tweets
Han-Kwang Nienhuys Profile picture
24 Jan
1/ In a recent publication, Walker et al. [medrxiv.org/content/10.110…] suggested that the B.1.1.7 coronavirus strain was less transmissible than previously thought, growing only 6 %/day relative to other strains, rather than 11 %/d. Let's have a closer look.
#B117
2/ Fig. 4 shows a daily growth factor 1.04 (=4 %/d) for recent data (after "late November") and 1.09 for earlier data. However, the actual growth curves are not shown; rather, fig. 2 shows curves for SGTF and non-SGTF samples. ImageImage
3/ I traced the curves in fig. 2, which results in the odds ratios SGTF/(not SGTF) (among covid-positive cases) as below. The log slope values are the daily increases; [0.056] means a daily factor 1.056. Also shown: data from sequencing for one UK region and other countries. Image
Read 11 tweets
Han-Kwang Nienhuys Profile picture
22 Jan
1/ Here are the growth curves of the #B117 UK variant as the ratio between the B.1.1.7 versus other strains, for different regions (two UK regions; Denmark, Netherlands, Portugal). The the relative growth per day is indicated: [0.100] means 10% per day.
2/ Note the logarithmic scale: exponential growth = straight line. Although recent UK data indicates that the growth decreased to ~0.03 /day in Dec [medrxiv.org/content/10.110…], the growth rate in DK, NL, and PT is all ~0.08/day. Zoomed graph:
3/ Depending on the assumed generation interval, that means that B117 has an R value between 1.4 (4 days) and 1.6 (6 days) higher than the old strain. In the Netherlands, the authorities assume a very optimistic factor 1.3 (per 4 days).
Read 5 tweets
Han-Kwang Nienhuys Profile picture
20 Jan
1/ Prognose infectiecijfers met avondklok. Aanname: -10% op R. Model gebaseerd op de waargenomen exponentiële groei van de verhouding van varianten UK/overig en de waargenomen trend in positieve testcijfers. Logaritmische y-as: rechte lijn = exponentiële groei. #B117 Image
2/ N.B. Vaccinaties niet meegeteld. De avondklok helpt, maar is niet genoeg. Let wel: exponentiële processen zijn erg gevoelig voor de modelparameters. De groei van B117 t.o.v. overig is zeer vergelijkbaar tussen NL, UK en DK met verdubbelingstijd 6-9 dagen.
3/ In NL is de verdubbelingstijd van de B117/overig-verhouding 6 dagen. RIVM lijkt te rekenen met een verdubbelingstijd van 11 dagen, d.w.z. een R die 30% hoger is (t.o.v. 60% hoger op basis van de data).
Read 13 tweets
Han-Kwang Nienhuys Profile picture
3 Jan
Waarom zijn wasbare mondkapjes uit de winkel zo beroerd? Ik maak ze zelf. Goede afsluiting (zelden beslagen brillenglazen), goede filterwerking en comfortabel door de lage ademweerstand. Het filtermedium ligt in je keukenkastje: gele viscosedoekjes. 1/5
Die uit de winkel: zelden met metalen neusdraad; ofwel doorzichtig, ofwel zo dicht dat de ademlucht grotendeels via de kieren stroomt. Hoe weet ik dat die van mij goed werken? Als mijn partner wierook brandt, ruik ik die bijna niet met zo'n kapje op. En met een proefje: 2/5
Rook van wierook en sigaretten bestaat grotendeels uit aerosoldeeltjes van circa 0.3 μm diameter, precies de maat waarvoor HEPA en FFP2 getest worden. De technische details: docs.google.com/document/d/1X9…. 3/5
Read 5 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!

This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Too expensive? Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal Become our Patreon

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!

Like this author's thread?

Get emails when @hk_nien has new unrolls!

Check out other threads from @hk_nien!

Read all threads by @hk_nien