Thread by @AnerOtto

יש איזה ציוץ שאני רוצה לכתוב כבר הרבה זמן, והכותרת שלו הייתה אמורה להיות "מה נגיפים רוצים". אבל זה תמיד יצא מאוד מקושקש, וארוך, וזה גם לא תחום ההתמחות שלי.
אבל נראה שאולי עכשיו יותר מתמיד, עם הדיבור הבלתי פוסק על ווריאנטים חדשים ועמידות לחיסונים הגיע הזמן לנסות שוב... >

אז מה נגיפים רוצים?
כלום.
הם לא רוצים כלום.

נגיף אינו יותר מחומר גנטי עטוף במולקולות ביולוגיות, שמחוץ למאכסן הן אינרטיות לחלוטין, ולא מבצעות שום פעולה. נגיפים לא רוצים כלום. אין להם מטרה, ואין להם תכלית. וצריך להיזהר מאוד, או להימנע לחלוטין, מהאנשה של העניין. >

כמו כל ישות ביולוגית בעלת חומר תורשתי ויכולת שכפול והתרבות, נגיפים כפופים לעקרונות וחוקי האבולוציה - לרבות ברירה טבעית.

המושג הקריטי הראשון שחשוב להבין פה הוא "פיטנס" (fitness), ולפיטנס יש הרבה הגדרות, בהתאם ליצור עליו מדברים, אבל בצורה הכי בסיסית פיטנס זה היכולת להעמיד צאצאים >

ובניגוד לתפישה המעוותת, שנוצרה בגלל תרגום גרוע, העיקרון המנחה של ברירה טבעית הוא לא "החזק שורד", אלא "המתאים שורד", או יותר נכון "זה בעל הפיטנס הגדול יותר שורד" - survival of the fittest. הפרט שמצליח להעמיד יותר צאצאים, להעביר יותר מהגנים שלו לדור הבא, הוא בעל הפיטנס הגבוה.

בנגיפים זה יכול להתבטא בהרבה צורות, ואנחנו יכולים פשוט להסתכל על כמה ווריאנט נפוץ באוכלוסיה כסוג של פרוקסי לזה.
אם הוא נפוץ, ונהיה נפוץ יותר כנראה שהפיטנס שלו גדול יותר. אך לא בהכרח, במיוחד בשלבים הראשונים של המגיפה או אחרי פתיחה של סגר, אז דווקא אפקט המייסדים יכול להסביר זאת >

מהו אפקט המייסדים? בקצרה - אם לצורך העניין החולה הראשון שהגיע למדינה נקיה, הביא איתו ווריאנט מסויים, הווריאנט הזה יתפשט, ויהפוך להיות הווריאנט העיקרי. לכן צריך לקחת בחשבון את האפקט הזה כשמסתכלים על תפוצה כדרך לנחש פיטנס של ווריאנט >

ומה יכול להשפיע על פיטנס של נגיף? אין ספור משתנים. קצב שכפול. יכולת הדבקה. הישרדות מחוץ למאכסן. הישרדות בתוך המאכסן. צורת ההעברה.
אחד הדברים שלא נמצא ברשימה הזו, שימו לב, הוא היכולת להרוג או אפילו לפגוע במאכסן. >

אנחנו הרבה פעמים חושבים על נגיפים בהקשר הזה של נזק ומחלה, אבל זה יותר תופעת לוואי של ההדבקה, ולא משהו שנחוץ בהכרח לנגיף.
למעשה נגיף שיקטול את המאכסן שלו מהר, לפני שהספיק להפיץ אותו, כנראה יקטין את הפיטנס שלו לעומת נגיף שלא גורם כלל לסימפטומים, ופשוט קופץ ממאכסן למאכסן. >

דוגמא מדהימה לזה היא זני HIV במערב לעומת העולם המתפתח. במערב בגלל שימוש נרחב באמצעי הגנה, הזנים שקטלו את הנשאים שלהם מהר, לא הצליחו לעבור. הקטלניות וקצב הריבוי שלהם פעל נגדם. בעולם המתפתח מצד שני, דווקא נגיפים שהתרבו מהר יותר הצליחו לעבור יותר, כי לא היה שימוש באמצעי הגנה >

כתוצאה מכך, זני ה-HIV שנבררו במערב נוטים להיכנס למצב רדום לתקופות ארוכות, בעוד הזנים שנבררו בעולם השלישי נוטים להיות אקוטיים יותר וקטלניים יותר בטווח הקצר.

ופה נכנס מושג חשוב נוסף - trade off. מצב שבו לכל שינוי יש השפעה חיובית מצד אחד, והשפעה שלילית מצד שני. >

המושג הזה חשוב כשאנחנו שואלים "אז למה בעצם שלא כל הנגיפים יגרמו למחלה חסרת סימפטומים וזהו?"
ובכן משום שיש פה טרייד אוף. נגיף שלא גורם לסימפטומים, גם כנראה יתרבה לאט יותר, ולכן גם התפוצה שלו תקטן.

אבל זה בכלל לא נדיר שנגיפים מגיעים למצב של שיווי משקל עם המאכסן שלהם. >

מצב בו הנגיף לא פוגע או הורג את המאכסן בקצב גבוה, אך עדיין מצליח להתרבות ולהפיץ את עצמו. אנחנו עדיין די רחוקים ממצב של שיווי משקל עם סארס-קוו-2, אך לא מן הנמנע שעם חיסונים, וחסינות טבעית נגיע אליו. מצב בו הנגיף הזה הוא סתם עוד נגיף שגורם לצינון, אינו מאוד מדבק, וקטלני הרבה פחות >

ויש צורות שונות של שיווי משקל עם המאכסן. דוגמא של מחלה קלה היא רק אחד מהם. דוגמא הרבה יותר מעניינת היא מצב בו הנגיף הופך להיות חלק מהמאכסן. זה מצב שמאפיין נגיפים שמסוגלים להכניס את אצמם לגנום של המאכסן, והוא לא מתרחש בקורונה. >

במצב כזה הנגיף יכול בעצם להטמיע את עצמו בגנום של המאכסן, ואם הוא מצליח לעשות את זה בטעות או בכוונה בתא מין, ואותו תא מין לא נפגע וגם מצליח לעבור הפריה, אז התוצר הוא מאכסן הנושא את הגנום של הנגיף בכל תאיו. >

והנגיף לא חייב כלל להתבטא, או להשתכפל, או להיות מופרש. הרי מה זה נגיף? נגיף אינו יותר מחומר גנטי עטוף במולקולות ביולוגיות. אם החומר הגנטי הזה עכשיו נמצא בכל תא של המאכסן, ומועבר מדור לדור באמצעות מערכת הרביה של המאכסן, אז זה כאילו אותו ווירוס זכה בלוטו >

ואכן בערך 8% מהגנום האנושי, הוא וויראלי. תוצר של מליוני שנים של הטמעת גנומים נגיפיים. יותר מהגנום שלנו הוא גנום של נגיפים, מאשר גנים אנושיים שממש מתבטאים. >

אז איפה זה משאיר אותנו מבחינת השיח על סארס-קוו-2, מוטציות, ווריאנטים וחיסונים?

בעיקר עם הרבה מאוד ספקולציות ומעט דברים ממשיים להיאחז בהם. אנחנו יודעים שיש ווריאנטים, ונראה שיש ווריאנטים שיותר מידבקים. >

אנחנו רואים שהם נוצרו במקביל בצורה בלתי תלויה, מה שמרמז שהלחץ הסלקטיבי שהופעל עליהם היה דומה, והוביל למה שאנחנו קוראים "אבולוציה מתכנסת", מצב בו לחץ סלקטיבי דומה, מוביל ליצירה של תכונות דומות. אך לא ברור לגמרי מה הלחץ הזה שמשותף כביכול למקומות האלו. >

בריטניה או דרום-אפריקה, יכול להיות שהלחץ שהופעל הוא נטו הלחץ הרגיל של התפשטות באוכלוסיה אנושית, ואינו קשור לשום התערבות התנהגותית כמו סגרים ובוודאי שלא חיסונים.
אגב, יש סברות שחלק מהווריאנטים, כמו זה הבריטי, זכו לתפוצה רחבה בגלל אפקט מייסדים שנוצר אחרי שחרור הסגרים בסתו. >

קשה להוכיח דברים כאלו, וקשה עוד יותר לחזות אותם, וכיצד לחצים כאלו ואחרים ישפיעו עליהם. חיסון לדוגמא מפעיל לחץ סלקטיבי לכיוון של התחמקות מהחיסוניות, וההשלכות של זה יכולות להיות ווריאנטים פחות מדבקים, פחות קלטניים, אולי ווריאנטים עם זמן דגירה קצר יותר. קשה לדעת. >

גם אם התהליך יהיה תהליך של יצירת וריאנטים מדבקים יותר, כדי לחמוק מהחיסון, בסופו של דבר מירוץ החימוש הזה יגיע לסופו, כשיתפתח ווריאנט עם יכולת הדבקה אופטימלית פחות או יותר, ובשלב הזה מערכת החיסון (או חברות החיסונים) בעצם דוחקות את הנגיף לפינה. >

אז הסיפא של כל העניין הזה, היא שהתפרצות של נגיף חדש היא תהליך שברוב המקרים, ובמיוחד כשזה נוגע לנגיפים שלא משתנים מאוד מהר (ולמרות מה שאולי נדמה כעת, הנגיף הזה לא משתנה מהר) שואף לשיווי משקל. כבני אדם יש לנו גם כלים (כמו חיסונים) להאיץ את התהליך הזה, ולמזער את הנזק הקלוטרלי שלו.