Thread by @lionel_case

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👋Thread
Fraude scientifique, artefacts & charlatans
Comment la biologie moléculaire est devenue l’arme fatale de la propagande populiste.
Aujourd’hui nous passons en revue qqs techniques moléculaires de base. Et nous allons découvrir pquoi les charlatans les aiment tant.

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📔Sommaire.

1⃣« Je crois ce que je vois ». Es-tu sûr de ne pas voir ce que tu crois ?

2⃣Pq le travail de @MicrobiomDigest est si important?

3⃣La biologie moléculaire, nouveau bac à sable des charlatans populistes. On parlera de Raoult et Henrion-Caude.
Avec 3 outils⬇️

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1⃣ « Je crois ce que je vois ».
Prenons une corde, des ciseaux et une table. Amusons nous à découper cette corde un peu au pif, en 3 morceaux de taille inégale. Pour faire simple.
Puis étalons ces morceaux de corde sur la table, du plus grand au plus petit.
Ca donne ça.

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Maintenant, imaginons qu’à la place d’une corde, on a une sorte de collier de perles, et que ns allons donner un coup de ciseau après chaque perle de couleur verte que nous rencontrons dans ce collier. Une perle verte, coup de ciseau. Pas de perle verte, pas de coup de ciseau.

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Imaginons maintenant que nous avons 3 colliers qui diffèrent légèrement : ds le collier B la perle 2 est devenue bleue ; ds C on a rajouté deux perles rouges entre les perles vertes. Et on fait le même geste qu’avant : coup de ciseau après les perles vertes, tri sur la table.

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Vs remarquez que ce simple exercice permet de distinguer rapidos en un coup d’œil deux évènements à priori banaux mais en réalité majeurs : une mutation (dans B, la perle verte est devenue bleue) et une insertion (C : 2 perles rouges venues d’ailleurs se sont intégrées pépouze)

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Bah vs venez juste de comprendre les bases fondamentales de l’analyse moléculaire. Du coup, on va pouvoir s’installer dans un labo ensemble et appeler les choses par leur petit nom.
Ciseaux = enzymes de restriction ;
Corde = ADN ;
Table = électrophorèse sur gel.

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L’électrophorèse, c une façon de trier des molécules comme l’ADN en s’aidant du fait que ces molécules sont chargées négativement. Donc on applique un champ électrique, et ces dames vont bouger, attirées par l’anode +, en fonction de leur taille. Les petites sont plus rapides!

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On peut fractionner et trier toutes sortes de molécules selon ce même principe (ADN, ARN, protéines,…) et on peut aussi « révéler » des molécules à l’aide de sondes spécifiques : techniques de Southern (ADN), Northern (ARN), Western (protéines), etc…

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On peut aussi se passer de ciseaux et utiliser une sorte de photocopieuse à la carte (la fameuse « PCR ») qui va amplifier le morceau du collier de perles qui nous intéresse. Par exemple, je demande une photocopie du fragment compris entre les deux perles vertes.⬇️

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En reprenant notre exemple initial, ça donne ça. Notez que la corde B ne donne pas de signal : la photocopieuse n’a pas copié, car elle n’a pas trouvé la 2ième perle verte (mutation). En C, le fragment amplifié est plus grand qu’en A, à cause de l’insertion des perles rouges

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On vient donc de comprendre comme une PCR peut être positive (A), négative (B) ou être positive en révélant un remaniement génomique (insertion/intégration =C).
On a mérité une pause. Je vous propose d’écouter Mireille Mathieu avant de se retrouver.

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Fin de pause. J’espère que c’était bien.
Quoi? Flippant?
Pas remarqué.
Bref, revenons à nos moutons
Tout ça est parfait, mais c’est un peu planplan. Vous vous demandez quand est-ce que je vais commencer à baffer du charlatan.
Patience.
Ca vient.

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2⃣ Pourquoi le travail de @MicrobiomDigest est si important ?
Faut se rendre compte que quand on regarde le résultat d’une analyse moléculaire, on n’est pas juste en train de regarder des bouts de molécule de taille différente

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On est en train de visualiser la preuve d’une mutation, ou d’une insertion, de l’existence d’un variant. Une signature. En police scientifique, ça peut être la preuve d’une culpabilité. De la prison, ou pas. En science, la différence entre une arnaque et une révélation majeure

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Voyez ici une simple PCR, réalisée sur 4 échantillons. A, c’est une PCR toute belle. B, c’est la même, mais surexposée. Surprise : il y a d’autres signaux. Par exemple, les bandes surlignées en C. Que sont-elles ? Pourquoi sont-elles moins brillantes ? Pourquoi sont-elles là?

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Ben c’est juste la =/= théorie vs pratique. En pratique, les préparations d’ADN sont imparfaites (impuretés etc), la PCR peut ne pas être optimisée (cycles, amorces inadaptées). C la vie. Mais c pourquoi les contrôles sont si importants.
Les contrôles, oui.
Fon-da-men-tal

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Reprenons l’exemple de notre « PCR perles vertes ». A est clean, mais B ne devrait pas donner de signal. Il s’agit donc d’un artefact (contamination, ou PCR non spé). C, par contre, sent le souffre. La bande C2 ne devrait pas exister, et elle n’a même pas la bonne taille

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C’est pourquoi il est si important de faire des contrôles, essayer de reproduire, comprendre, mais aussi, quand aucune explication rationnelle n’est possible, vérifier qu’il ne s’agit pas de fraude Et c’est là où le travail d’Elisabeth Bik est si important.

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Car vous avez maintenant compris qu’une légère différence de taille dans une bande, la présence même ou non de cette bande, peut totalement faire basculer une hypothèse dans un sens ou dans l’autre. Ca peut changer le cours de la science. Ce ne sont pas des « détails ».

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Et pour certains chercheurs sans scrupules, la tentation de faire basculer une hypothèse dans le camp du « bien » (le leur) est trop forte, et la biologie moléculaire, trop belle. Il suffit de copier-coller une bande, de la rajouter ou de l’effacer, et le tour est joué.

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Dans cet article de Didier Raoult épinglé par Elisabeth Bik, par exemple, un grossier copier-coller a été pratiqué. Vous pouvez le vérifier vous-mêmes, Fig 4 de l’article jcm.asm.org/content/35/7/1….
Alors, fraude ? Shortcut peu éthique ?

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Ce qui est clair c’est qu’il ne s’agit pas d’une erreur. Cette manipulation est volontaire. Et tout le problème est là.
Car en science, quand on vole un œuf, on vole VRAIMENT un bœuf.
Si on manipule la réalité d’un résultat, c’est tout l’édifice scientifique qui s’écroule

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3⃣ La biologie moléculaire, nouveau bac à sable des charlatans populistes
Il n’est donc pas surprenant que la biologie moléculaire soit devenue le terrain favori des charlatans.
Car il est tellement facile de générer des signaux artefactuels et de clamer leur réalité

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Dernier exemple en date : la polémique sur l’intégration du virus SARS-coV-2 dans l’ADN humain, mise en avant par Raoult (nouvel antivaxx), Henrion-Caude etc à la suite du papier de Jaenisch

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Je ne reviendrai pas sur les aspects très très limites de la stratégie de publication de Jaenisch. Tout cela a été parfaitement débunké par @AlexSamTG et Leonid

https://twitter.com/AlexSamTG/status/1392422452882378753?s=20

forbetterscience.com/2021/05/10/the…

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Par contre -et c le message principal de mon thread -, j’insiste sur le fait qu’un résultat de biologie moléculaire, sans les bons contrôles, sans la compréhension des limites techniques et possibles artefacts, ça vaut que dalle.
⚠️ explications un peu techniques⬇️

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Les systèmes de séquençage haut débit qui servent à la fabrication des banques telles que celles du papier de Jaenisch génèrent des chimères artefactuelles à l’étape de la PCR. C’est archiconnu. Discuté dans : academic.oup.com/g3journal/arti…

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L’intégration d’un coronavirus dans le génome humain n’a jamais été rapportée dans la littérature. Si Jaenisch avait raison, ce serait un scoop, et cela aurait mérité une étude très fouillée, avec plein de contrôles, or il n’en est rien.
journals.plos.org/plosgenetics/a…

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Au contraire, les auteurs utilisent une lignée cellulaire HEK293T dopée pour amplifier la rétrotransposition (y compris avec surexpression de LINE). C’est un système artificiel, et le résultat est bizarre : pas de tract polyA, plein d’intégrations dans les exons.

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Et ça manque de contrôles tels qu’une LINE dont la RT est inactivée. C'est la moindre des choses quand on clame des observations inattendues. Bref, quand on regarde l’ensemble du papier, on est très loin d’avoir fait la preuve d’un mécanisme biologiquement crédible. Très loin.

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Quant aux interprétations faites par Raoult et AHC, aucun fondement. Pour Raoult, parce qu’il est tout dépassé et n’a rien compris au papier, il a juste lu le titre. Pour AHC, qui comprend très bien le papier, tout simplement parce que mentir sert sa cause. Donc elle ment.

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Les scientifiques tels que Raoult et AHC sont vexés de ne pas avoir été les héros de cette crise. Ils sont aigris et ne cesseront pas d’inonder les RS de leurs discours manipulateurs et délétères. Mais nous serons là, toujours, pour les contrer. Portez-vous bien. Vaccinez vous