Bonjour ! C'est @Hcomosa aux commandes de ce compte en direct depuis le Earth and Life Institute @ELI_UCLouvain à l'@UCLouvain_be à Louvain la Neuve. 🇧🇪
J'y suis doctorant en physiologie végétale ; je travaille sur cette merveilleuse plante, l'amaranthe rouge (Amaranthus cruentus).
Je vais commencer par parler un peu de mon parcours.
J'ai toujours été intéressé par le monde vivant, me lancer dans le Bachelier en Sciences Biologiques de l'@UCLouvain_be était donc une évidence (quoique j'ai hésité avec bioingénieur).
J'ai choisi l'option (ou 'mineure' comme on dit ici) orientée écologie, et les cours au choix en biologie végétale. Bref, à l'époque j'étais plutôt parti pour faire de l'écologie végétale.
Pour l'anecdote, je suis entré en bac 1 en considérant que la biologie, c'était les animaux. Aucun intérêt pour les plantes. Ça a vite changé !
Un stage de recherche de 5 semaines en écophysiologie à l'@UniversiteLiege et en Corse sur la posidonie (plante à fleurs sous-marine endémique de Méditerranée) a confirmé mon grand intérêt pour la recherche.
J'ai continué avec le Master en Biologie des Organismes et Écologie, co-organisé par l'UCLouvain et l'Université de Namur @UNamur.
Premier quadrimestre en échange Erasmus avec le Master en Biologie de la Conservation de l'Université de Göteborg @goteborgsuni 🇸🇪. Une chouette expérience, orientée évolution, écologie & génétique des populations dans cette magnifique ville suédoise.
Au cours ce ce quadrimestre, mes intérêts ont fort évolué : je me suis trouvé une passion pour les thématiques tournant autour de l'agriculture et de la biologie moléculaire (toujours autour des plantes évidemment).
De retour en Belgique, j'ai passé un an sur mon mémoire, en parallèle du programme de cours. J'ai encore une fois travaillé sur la posidonie, dans la continuité du travail du stage. J'ai pu développer des compétences en physiologie végétale surtout.
J'ai réalisé mon stage de master (5 mois) en phytopathologie, à l'@IAS_CSIC à Cordoue🇪🇸. Mon travail était inscrit dans un projet qui visait à comprendre chez le pois la famille des gènes MLO, dont des mutations chez certains membres confèrent une puissante résistance à l'oïdium.
Avant de commencer ce stage, on m'a proposé un projet de thèse en physiologie végétale/agronomie sur l'amaranthe à l'UCLouvain, que j'ai accepté avec grand enthousiasme !
Je travaille sur ce projet depuis octobre dernier.
Bon, y a un paquet d'amaranthes séchées qui m'attendent à l'étuve. Je vais peser tout ça et je vous retrouve plus tard pour parler du projet !
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Voilà, j'ai fini de peser. Ça me permettra de savoir la biomasse sèche produite par chacune des plantes pour les 3 organes (feuilles/tiges/racines), mais aussi de connaître la teneur en eau (sachant que j'ai pesé la masse fraîche avant séchage).
Parlons du projet maintenant 🔽🔽
Le titre de ma thèse est : "Exploration de la résistance à la salinité de Amaranthus cruentus en relation avec ses propriétés nutritionnelles : un destin prometteur pour une ancienne plante"
Il y a 2 volets principaux:
- "résistance à la salinité"
- "propriétés nutritionnelles"
D'autres exemples sur l'utilisation de données WGS en sécurité sanitaire :
Par exemple, les Danois ont découvert qu'ils avaient des persistances géographiques de certains types de génome de S.Dublin. Ils ont donc des souches qui sont sur le sol danois depuis 20 ans et qui continuent de causer des épidémies. C'est fou non ?
En Allemagne, le WGS a permis de séparer 3 clusters du même sorovar assez rare. Les données portaient à penser à une seule source, mais en réalité il y en avait 3.
Aujourd'hui, je vais enfin parler de mon domaine : la bio-informatique génomique en sécurité alimentaire ! Je parlerais (enfin) de ma thèse demain, mais aujourd'hui, je voulais vraiment prendre du temps pour introduire le sujet.
Hier, on a pu voir comment était résolu les enquêtes épidémiologiques. Aujourd'hui, je vais vous montrer qu'est-ce que les données WGS peuvent apporter aux analyses.
Je vous ferais également un petit thread sur les techniques de séquençage un peu plus tard si ça vous intéresse 😉
Petit point serovar : hier je vous ais expliqué ce que c'était un sérovar, mais comment on le détermine ?
l y a plusieurs méthodes afin de déterminer microbiologiquement le sérovar d'une Salmonella. PFGE, PCR...je ne vais pas tous les décrire parce que le thread devient long, mais je vais parler de la méthode de référence utilisé par mon laboratoire d'accueil.
A l'ANSES, on utilise le sérotypage par agglutination. Qu'est-ce que c'est ? En gros, c'est réaction spécifique entre un anticorps présent dans un sérum test et un antigène porté par le microorganisme étudié, comme expliqué dans le schema (crédit : ac-montpellier)
Hello hello,
Aujourd'hui comme annoncé, je vais parler de sécurité sanitaire et de caractérisation des Salmonelles.
Je voulais absolument présenter ça avec un exemple concret, et ça a été difficile de trouver quelque chose de bien décrit et publié officiellement en France.
Je vais donc raconter une investigation de cas groupés de Salmonella datant de 2012. C'est un peu vieux, mais l'investigation a très bien été décrite et je ne risque pas de divulguer des informations sensibles 😅
Pour poser les bases, en France, une toxi-infection alimentaire collective (TIAC) est déclarée lorsqu'il existe au moins 2 cas de maladie avec une symptomatologie similaire, souvent gastro-intestinale. En 2018, 1 630 TIAC ont été déclaré.
Comme promis, voici le thread sur les salmonelles ! Ici, je vais décrire rapidement les salmonelles et les classifications des salmonelles 😉
Alors la Salmonella, c'est quoi ? 🦠
Entérobactérie ✅ Bacilles avec des flagelles péritriches (tout autour de la cellule) ✅Gram négatif ✅ 0,7 à 1,5 μm de diamètre✅Superbe photo coloré d'une Salmonelle en contact avec une cellule✅ (crédit NIAID)
Elle provoque des maladies, comme la fièvre typhoïde chez les salmonelle typhiques, ou la salmonellose chez les salmonelles non-typhiques.