Voilà, j'ai fini de peser. Ça me permettra de savoir la biomasse sèche produite par chacune des plantes pour les 3 organes (feuilles/tiges/racines), mais aussi de connaître la teneur en eau (sachant que j'ai pesé la masse fraîche avant séchage).
Parlons du projet maintenant 🔽🔽
Le titre de ma thèse est : "Exploration de la résistance à la salinité de Amaranthus cruentus en relation avec ses propriétés nutritionnelles : un destin prometteur pour une ancienne plante"
Il y a 2 volets principaux:
- "résistance à la salinité"
- "propriétés nutritionnelles"
Pourquoi étudier la résistance à la salinité ?
→ La salinisation des terres agricoles est un problème qui prend de plus en plus d'ampleur aujourd'hui, surtout dans les zones arides et semi-arides. Selon les estimations, on parle de plusieurs centaines de millions d'ha affectés.
Or, les plantes actuellement largement cultivées sont très peu adaptées aux sols salins. Ça n'a pas du tout été une contrainte lors de l'amélioration de ces espèces !
Il est pourtant nécessaire de ne pas abandonner ces terres contaminées, vu la croissance soutenue des besoins en nourriture à l'échelle mondiale.
Il FAUT donc
(1) Améliorer les espèces existantes pour les rendre tolérantes
(2) Utiliser d'autres espèces déjà tolérantes
Mon projet s'inscrit dans le second cas. L'amaranthe est aujourd'hui une culture dite "orpheline", c'est à dire qu'elle n'a pas bénéficié de programmes d'amélioration poussés.
Cependant, elle a déjà une certaine importance locale. Par exemple, A. cruentus est le légume vert le plus consommé en Afrique ! #LeSaviezVous ?
Ses graines sont aussi consommées dans plusieurs pays d'Amérique Centrale et du Sud ainsi qu'en Asie.
Je parle de "l'" amaranthe, mais je devrais dire "les" amaranthes. En effet, le genre contient >70 espèces, dont de nombreuses sont consommées.
A. cruentus, A. hypochondriacus et A. caudatus pour les graines.
Et diverses autres espèces pour leurs feuilles.
Je travaille sur A. cruentus, qui a l'avantage d'avoir un rôle double. Certaines variétés ont été sélectionnées plutôt pour la production de graines, d'autres plutôt pour les feuilles, en Afrique.
Petite anecdote à ce sujet. Les individus sauvages d'amaranthes ont des minuscules graines noires.
Or, les variétés sélectionnées pour la production de graines ont des graines + grandes et beiges tandis que celles valorisées pour les feuilles ont gardé le caractère sauvage noir!
Bref, tout ça pour dire que l'amaranthe est aujourd'hui mise en avant comme une bonne candidate à faire pousser sur les sols salins vu sa résistance "naturelle" à la salinité, parmi d'autres stress (chaleur, sécheresse).
Mais vu qu'elle est mal connue, il faut l'étudier.
Mes 2 objectifs sont donc de :
(1) Comprendre comment la plante se comporte face à la salinité et ce qui, physiologiquement, explique sa tolérance.
(2) Analyser l'impact du sel sur ses propriétés nutritionnelles.
Ah oui je ne vous l'ai pas dit! Les amaranthes sont des plantes extrêmement intéressantes du point de vue nutritionnel. Graines très riches en protéines, avec un très bon équilibre en acides aminés. Les feuilles sont très nutritives également, pour leurs protéines & minéraux.

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21 Jun
Bonjour ! C'est @Hcomosa aux commandes de ce compte en direct depuis le Earth and Life Institute @ELI_UCLouvain à l'@UCLouvain_be à Louvain la Neuve. 🇧🇪
J'y suis doctorant en physiologie végétale ; je travaille sur cette merveilleuse plante, l'amaranthe rouge (Amaranthus cruentus).
Je vais commencer par parler un peu de mon parcours.

J'ai toujours été intéressé par le monde vivant, me lancer dans le Bachelier en Sciences Biologiques de l'@UCLouvain_be était donc une évidence (quoique j'ai hésité avec bioingénieur).
Read 13 tweets
4 Nov 20
D'autres exemples sur l'utilisation de données WGS en sécurité sanitaire :
Par exemple, les Danois ont découvert qu'ils avaient des persistances géographiques de certains types de génome de S.Dublin. Ils ont donc des souches qui sont sur le sol danois depuis 20 ans et qui continuent de causer des épidémies. C'est fou non ?
En Allemagne, le WGS a permis de séparer 3 clusters du même sorovar assez rare. Les données portaient à penser à une seule source, mais en réalité il y en avait 3.
Read 11 tweets
4 Nov 20
Aujourd'hui, je vais enfin parler de mon domaine : la bio-informatique génomique en sécurité alimentaire ! Je parlerais (enfin) de ma thèse demain, mais aujourd'hui, je voulais vraiment prendre du temps pour introduire le sujet.
Hier, on a pu voir comment était résolu les enquêtes épidémiologiques. Aujourd'hui, je vais vous montrer qu'est-ce que les données WGS peuvent apporter aux analyses.
Je vous ferais également un petit thread sur les techniques de séquençage un peu plus tard si ça vous intéresse 😉
Read 24 tweets
3 Nov 20
Petit point serovar : hier je vous ais expliqué ce que c'était un sérovar, mais comment on le détermine ?
l y a plusieurs méthodes afin de déterminer microbiologiquement le sérovar d'une Salmonella. PFGE, PCR...je ne vais pas tous les décrire parce que le thread devient long, mais je vais parler de la méthode de référence utilisé par mon laboratoire d'accueil.
A l'ANSES, on utilise le sérotypage par agglutination. Qu'est-ce que c'est ? En gros, c'est réaction spécifique entre un anticorps présent dans un sérum test et un antigène porté par le microorganisme étudié, comme expliqué dans le schema (crédit : ac-montpellier)
Read 21 tweets
3 Nov 20
Hello hello,
Aujourd'hui comme annoncé, je vais parler de sécurité sanitaire et de caractérisation des Salmonelles.
Je voulais absolument présenter ça avec un exemple concret, et ça a été difficile de trouver quelque chose de bien décrit et publié officiellement en France.
Je vais donc raconter une investigation de cas groupés de Salmonella datant de 2012. C'est un peu vieux, mais l'investigation a très bien été décrite et je ne risque pas de divulguer des informations sensibles 😅
Pour poser les bases, en France, une toxi-infection alimentaire collective (TIAC) est déclarée lorsqu'il existe au moins 2 cas de maladie avec une symptomatologie similaire, souvent gastro-intestinale. En 2018, 1 630 TIAC ont été déclaré.
Read 24 tweets
2 Nov 20
Comme promis, voici le thread sur les salmonelles ! Ici, je vais décrire rapidement les salmonelles et les classifications des salmonelles 😉

Alors la Salmonella, c'est quoi ? 🦠
Entérobactérie ✅ Bacilles avec des flagelles péritriches (tout autour de la cellule) ✅Gram négatif ✅ 0,7 à 1,5 μm de diamètre✅Superbe photo coloré d'une Salmonelle en contact avec une cellule✅ (crédit NIAID) Image
Elle provoque des maladies, comme la fièvre typhoïde chez les salmonelle typhiques, ou la salmonellose chez les salmonelles non-typhiques.
Read 21 tweets

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