Share this page!

Maybe Scrolly?
Han-Kwang Nienhuys Profile picture
Twitter logo
1 Jul, 29 tweets, 13 min read
1/ Draadje reproductiegetal juli (dagelijkse updates).
Toelichting rekenmethode:
Draadje juni:
Rapportagevertraging:
2/ Update reproductiegetal Nederland t/m 23 jun: R=1.04. Boven de één! De schaduwpunten in de grafiek voor 24-26 juni liggen ruim boven de 1. Die zijn (nog) minder nauwkeurig, maar doet vermoeden dat vandaag niet een uitschieter naar boven was. Image
3/ Update reproductiegetal Nederland t/m 24 jun: R=1.22 (datapunt), R=1.14 (voorlopige trendlijn).
Veranderingen in R zijn altijd uitgesmeerd over een week in de berekening, dus het effect van 26 juni uitgesmeerd over 23-29 juni. Image
4/ In Enschede (superspread in de disco) en Amsterdam (feesten) gaat het nog harder. Image
5/ En hier de R per variant o.b.v. de laatste RIVM-update. Die data loopt wat achter op de positieve testcijfers en wordt met terugwerkende kracht gewijzigd. De R van de Delta is iets lager dan het eerder leek. Image
6/ Update reproductiegetal Nederland t/m 25 jun: R=1.46 (datapunt), R=1.35 (voorlopige trendlijn). Amsterdam 1.9/1.7, Enschede 5.3/3.3. ImageImage
7/ Hier per-capita cijfers (7-d gemiddelde) voor provincies en grote steden (+Enschede). De R is de helling van de lijnen (logaritmische schaal). De "x2" bijschriften zijn o.b.v. week-op-week trends (zwarte stippellijnen). ImageImage
8/ Update reproductiegetal Nederland t/m 26 jun: R=1.64 (datapunt), R=1.54 (voorlopige trendlijn). 26 juni was de datum van de versoepelingen. De R-schatting hier smeert het effect uit over een week, dus reken op nog 3 dagen verdere stijging. Image
9/ Hier nog de R voor Enschede en Amsterdam (en de positieve testcijfers per provincie en voor de grotere steden. ("2x" tijden zijn o.b.v. de zwarte stippellijn). ImageImageImage
10/ Update reproductiegetal Nederland t/m 27 jun: R=1.76. Ook weer grafieken met provincies en steden. ImageImageImage
11/ Update reproductiegetal Nederland t/m 28 jun: R=2.11 (datapunt), R=2.06 (voorlopige trendlijn). Image
12/ Update reproductiegetal Nederland t/m 29 jun: R=2.84 (datapunt), R=2.53 (voorlopige trendlijn). N.B. Hoger dan maart 2020 (R=2). Er staat nu '% gevaccineerd' in de bijschriften; dat staat voor mensen die volledig gevaccineerd zijn (volgens RIVM-definitie). Image
13/ Hier is de R voor regio's (steden en provincies). ImageImage
14/ Update reproductiegetal Nederland t/m 30 jun: R=3.61 (datapunt), R=2.98 (voorlopige trendlijn).
Ik had verwacht dat hij nu wel zou stabiliseren rond 2.7, maar ja, duidelijk niet dus. ImageImageImage
15/ Update reproductiegetal Nederland t/m 01 jul: R=3.69 (datapunt), R=3.21 (voorlopige trendlijn).
In elk geval stijgt hij niet (hard) verder mee; ongeveer dezelfde waarde als gisteren. Image
16/ R en positief (per capita) per provincie en per stad. ImageImageImageImage
17/ Update reproductiegetal Nederland t/m 02 jul: R=3.77 (datapunt). Derde dag op rij met ongeveer 3.7. Effect sluiting nachthoreca gaan we pas een beetje zien in de dagcijfers op donderdag. Image
18/ Nu dus een verdubbelingstijd 2.1 dagen; extrapoleren naar a.s. donderdag is 50.000 positieve tests, als de testcapaciteit van de GGD's toereikend is. Enfin, hier nog grafieken per stad/provincie. ImageImageImageImage
19/ Update reproductiegetal Nederland t/m 03 jul: R=3.18 (datapunt). Gelukkig weer een daling na drie dagen 3.7. "Daling van R" betekent overigens nog steeds verdubbelingstijd 2.4 dagen. Image
20/ Grafieken per provincie en stad. De positieve tests zijn 7-daags gemiddelden, op logaritmische schaal. Exponentiële groei = rechte lijn. (Geen dagcijfers omdat het dan een bende wordt met zoveel lijnen in een grafiek). ImageImageImageImage
21/ Mogelijk toch geen daling van R. De komende dagen gaan we waarschijnlijk meer problemen met de datalevering zien. Wachttijd testen loopt vooralsnog niet op; ik zou in diverse steden morgen om 10:00 getest kunnen worden.
22/ Update reproductiegetal Nederland t/m 04 Jul: R=2.20 (datapunt).
Ik weet niet wat ik hiervan moet denken. Positieve tests uit Testen voor Toegang zijn sinds gisteren weggevallen; dat drukt de R-schatting. Ik kan zo gauw niet vinden hoeveel positieve tests uit TvT komen. Image
23/ De melding van gisteren over testachterstanden is weg. Maandagen hebben typisch 16% minder positieve tests dan de trend, maar deze R-schatting is daar al voor gecorrigeerd.
Mijn eerdere stelling 50k positief op donderdag o.b.v. verdubbeling per 2.1 d komt niet uit.
24/ Helaas moet ik een pauze inlassen in de dagelijkse R updates. De testlaboratoria en/of GGD lijken te kampen met achterstanden. Ik kan nu geen cijfer neerzetten waar ik zelf in geloof.
25/ Update reproductiegetal Nederland t/m 05 jul: R=1.52 (datapunt). Het lijkt erop dat de vertragingen niet zo hard oplopen als gevreesd. Ik heb nu aangenomen dat de tijd tussen infectie en testuitslag met 1 dag is toegenomen. Hierdoor zijn de R-waarden rond 1 juli naar boven… Image
26/ …bijgesteld. (Die extra dag is een aanname!) Deze R-schatting is in essentie een maat voor de week-op-week groei in de dagcijfers; interpreteer voorzichtig. Zie ook hier over de vertragingen.
27/ Update reproductiegetal Nederland t/m 06 jul: R=1.37 (datapunt). Voorbehoud over de onzekere doorlooptijd van infectie tot testuitslag en natuurlijk of we evenveel % van de infecties zien. Zie ook: Image
28/ Update reproductiegetal Nederland t/m 07 jul: R=1.23 (datapunt).
De RIVM-waarde (1 juli) is deze keer substantieel lager dan wat ik vind. Ik ben benieuwd hoe de RIVM-R zich verder ontwikkelt. > Image
29/ Aangezien beide berekeningen zijn gebaseerd op het aantal positieve tests en de R-schatting een maat is voor groei/krimp daarvan, zal RIVM-R alsnog moeten stijgen òf veel langzamer dalen.
Zie ook opmerkingen hierboven over de onzekerheden nu.

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
　

Keep Current with Han-Kwang Nienhuys

Han-Kwang Nienhuys Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @hk_nien

Han-Kwang Nienhuys Profile picture
13 Jul
1/10 Over de vertraging in de testuitslagen. De teststraten lijken het redelijk vol te houden; als ik 's morgens vroeg een afspraak probeer te maken krijg ik bij de meeste postcodes wel een tijd later op de dag (sinds zaterdag). 's Avonds lijkt het boekingssysteem overbelast.
2/ @mzelst heeft gisteren getweet over vertragingen in de PCR-labs en GGD-administratie. Hoe groot is de impact daarvan nu?
3/ RIVM publiceert dagelijks casusdata. Daarin staan voor elke datum o.a. hoeveel positief geteste mensen op die dag hun eerste ziektedag (DOO) of positieve uitslag (DPL) hadden. Deze cijfers veranderen dagelijks met terugwerkende kracht.
Read 17 tweets
Han-Kwang Nienhuys Profile picture
10 Jul
1/6 Reproductiegetal per variant o.b.v. RIVM data. (Betrouwbaarheidsinterval 68%). Rδ=1.1 rond 18 juni; toen 57% van de infecties. De verhouding Rδ/Rα varieert tussen 1.4 en 1.9. Over twee weken zijn 99% van de infecties δ-variant; momenteel 85-90%. Image
2/ Rond 18 juni was 29% van de NL bevolking volledig gevaccineerd (bron: RIVM; excl. 14 dagen wachttijd). Zeg 80% werkzaamheid tegen symptomatische èn asymptomatische δ-besmetting. Verder nog immuniteit na doorgemaakte ziekte.
3/ De groepsimmuniteit zal netto ongeveer 40% zijn geweest. Zelfde som over twee weken (14 juli): 60% groepsimmuniteit. Op 18 juni had δ dus R0=2.2, d.w.z. de theoretische R met het gedrag van toen, maar zonder effect van groepsimmuniteit.
Read 6 tweets
Han-Kwang Nienhuys Profile picture
31 Jan
1/ Wellicht gaan de basisscholen weer open op 8 februari. Tijd voor een nieuwe prognose voor wat dat zou kunnen betekenen. Dit zal het effect van de avondklok (-10% op R) ongeveer ongedaan maken. Image
2/ Volgens OMT was het effect van de avondklok 8-13% op R. Het OMT-advies over dde basisscholen is nog niet openbaar. Volgens RIVM is het effect van scholen en hoger onderwijs samen 40% [tweedekamer.nl/sites/default/…]. Hier staat het effect van de basisscholen optimistisch op +11%.
3/ Het voorspellen van exponentiële groeiprocessen is gevoelig voor de begincondities. Hier zie je groeivoorspellingen eruit zagen o.b.v. data tot 15 en 21 jan. Ook: minder testbereidheid door het GGD-datalek; recente R is te optimistsch. ImageImage
Read 6 tweets
Han-Kwang Nienhuys Profile picture
31 Jan
1/ Hier is een update van de #UKvariant #B117 groeicurves in verschillende landen en regio's. De verhouding B.1.1.7/overig (odds ratio OR) zou exponentieel groeien ongeacht gedrag van de burgers. (Dit draadje eerder in het Engels: ) Image
2/ Een 'log slope' 0,08 betekent dat de OR met 8 %/dag toeneemt. Bij elke dataset staat de publicatiedatum en of het is o.b.v. S-gene target failure (SGTF, d.w.z. PCR-tests) of genetische sequencing (seq).
3/ De 'log slope' kun je vertalen naar een reproductiegetalverhouding R_B117/R_overig = exp(log_slope*4) voor een generatie-interval van 4 dagen.
Read 8 tweets
Han-Kwang Nienhuys Profile picture
30 Jan
1/ Data on the #UKvariant #B117 in a number of countries and UK regions. The (odds) ratio of the B.1.1.7 variant versus other variants would be expected to grow exponentially (straight line on a logarithmic scale) independent of behavior (lockdowns etc.). Image
2/ A log slope 0.07 means that the odds ratio increases by 7% per day. The publication date for each dataset is indicated. The datasets are either based on S-gene target failure (SGTF; PCR tests with some selectivity for the B.1.1.7 mutation) or on full genomic sequencing.
3/ The slope can be converted to a ratio in reproduction numbers: R_B117/R_other = exp(slope*Tg) where Tg is the nominal generation interval (value generally assumed between 4 and 6 days).
Read 8 tweets
Han-Kwang Nienhuys Profile picture
24 Jan
1/ In a recent publication, Walker et al. [medrxiv.org/content/10.110…] suggested that the B.1.1.7 coronavirus strain was less transmissible than previously thought, growing only 6 %/day relative to other strains, rather than 11 %/d. Let's have a closer look.
#B117
2/ Fig. 4 shows a daily growth factor 1.04 (=4 %/d) for recent data (after "late November") and 1.09 for earlier data. However, the actual growth curves are not shown; rather, fig. 2 shows curves for SGTF and non-SGTF samples. ImageImage
3/ I traced the curves in fig. 2, which results in the odds ratios SGTF/(not SGTF) (among covid-positive cases) as below. The log slope values are the daily increases; [0.056] means a daily factor 1.056. Also shown: data from sequencing for one UK region and other countries. Image
Read 11 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!

This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Too expensive? Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal Become our Patreon

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!

Like this author's thread?

Get emails when @hk_nien has new unrolls!

Check out other threads from @hk_nien!

Read all threads by @hk_nien

:(