1/6 Reproductiegetal per variant o.b.v. RIVM data. (Betrouwbaarheidsinterval 68%). Rδ=1.1 rond 18 juni; toen 57% van de infecties. De verhouding Rδ/Rα varieert tussen 1.4 en 1.9. Over twee weken zijn 99% van de infecties δ-variant; momenteel 85-90%. Image
2/ Rond 18 juni was 29% van de NL bevolking volledig gevaccineerd (bron: RIVM; excl. 14 dagen wachttijd). Zeg 80% werkzaamheid tegen symptomatische èn asymptomatische δ-besmetting. Verder nog immuniteit na doorgemaakte ziekte.
3/ De groepsimmuniteit zal netto ongeveer 40% zijn geweest. Zelfde som over twee weken (14 juli): 60% groepsimmuniteit. Op 18 juni had δ dus R0=2.2, d.w.z. de theoretische R met het gedrag van toen, maar zonder effect van groepsimmuniteit.
4/ Als we 'gedrag 18 juni' de komende twee weken zouden aanhouden, zitten we dan op R=0.9. Maar de regels nu zijn soepeler dan die op 18 juni (mondkapjes, groepsvorming, thuisbezoek, enz.), dus dat is twijfelachtig.
5/ In de berekening hier zitten nogal wat aannames; met name dat vaccins leiden tot 80% minder asymptomatische transmissie. Daar is geen goede data voor. Het geeft wel weer dat er een goede kans is dat de dagelijkse besmettingscijfers voorlopig niet gaan dalen.
6/6 Ja maar de ziekenhuisopnames? Als de huidige exponentiële groei door zou zetten, wordt binnenkort iedereen in NL blootgesteld aan een infectie. Met 95% werkzaamheid tegen ziekenhuisopname zit je dan toch aan 20.000 opnames in een week. N.B. maart 2020: 3000 bedden bezet.

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
 

Keep Current with Han-Kwang Nienhuys

Han-Kwang Nienhuys Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @hk_nien

13 Jul
1/10 Over de vertraging in de testuitslagen. De teststraten lijken het redelijk vol te houden; als ik 's morgens vroeg een afspraak probeer te maken krijg ik bij de meeste postcodes wel een tijd later op de dag (sinds zaterdag). 's Avonds lijkt het boekingssysteem overbelast.
2/ @mzelst heeft gisteren getweet over vertragingen in de PCR-labs en GGD-administratie. Hoe groot is de impact daarvan nu?
3/ RIVM publiceert dagelijks casusdata. Daarin staan voor elke datum o.a. hoeveel positief geteste mensen op die dag hun eerste ziektedag (DOO) of positieve uitslag (DPL) hadden. Deze cijfers veranderen dagelijks met terugwerkende kracht.
Read 12 tweets
31 Jan
1/ Wellicht gaan de basisscholen weer open op 8 februari. Tijd voor een nieuwe prognose voor wat dat zou kunnen betekenen. Dit zal het effect van de avondklok (-10% op R) ongeveer ongedaan maken. Image
2/ Volgens OMT was het effect van de avondklok 8-13% op R. Het OMT-advies over dde basisscholen is nog niet openbaar. Volgens RIVM is het effect van scholen en hoger onderwijs samen 40% [tweedekamer.nl/sites/default/…]. Hier staat het effect van de basisscholen optimistisch op +11%.
3/ Het voorspellen van exponentiële groeiprocessen is gevoelig voor de begincondities. Hier zie je groeivoorspellingen eruit zagen o.b.v. data tot 15 en 21 jan. Ook: minder testbereidheid door het GGD-datalek; recente R is te optimistsch. ImageImage
Read 6 tweets
31 Jan
1/ Hier is een update van de #UKvariant #B117 groeicurves in verschillende landen en regio's. De verhouding B.1.1.7/overig (odds ratio OR) zou exponentieel groeien ongeacht gedrag van de burgers. (Dit draadje eerder in het Engels: ) Image
2/ Een 'log slope' 0,08 betekent dat de OR met 8 %/dag toeneemt. Bij elke dataset staat de publicatiedatum en of het is o.b.v. S-gene target failure (SGTF, d.w.z. PCR-tests) of genetische sequencing (seq).
3/ De 'log slope' kun je vertalen naar een reproductiegetalverhouding R_B117/R_overig = exp(log_slope*4) voor een generatie-interval van 4 dagen.
Read 8 tweets
30 Jan
1/ Data on the #UKvariant #B117 in a number of countries and UK regions. The (odds) ratio of the B.1.1.7 variant versus other variants would be expected to grow exponentially (straight line on a logarithmic scale) independent of behavior (lockdowns etc.). Image
2/ A log slope 0.07 means that the odds ratio increases by 7% per day. The publication date for each dataset is indicated. The datasets are either based on S-gene target failure (SGTF; PCR tests with some selectivity for the B.1.1.7 mutation) or on full genomic sequencing.
3/ The slope can be converted to a ratio in reproduction numbers: R_B117/R_other = exp(slope*Tg) where Tg is the nominal generation interval (value generally assumed between 4 and 6 days).
Read 8 tweets
24 Jan
1/ In a recent publication, Walker et al. [medrxiv.org/content/10.110…] suggested that the B.1.1.7 coronavirus strain was less transmissible than previously thought, growing only 6 %/day relative to other strains, rather than 11 %/d. Let's have a closer look.
#B117
2/ Fig. 4 shows a daily growth factor 1.04 (=4 %/d) for recent data (after "late November") and 1.09 for earlier data. However, the actual growth curves are not shown; rather, fig. 2 shows curves for SGTF and non-SGTF samples. ImageImage
3/ I traced the curves in fig. 2, which results in the odds ratios SGTF/(not SGTF) (among covid-positive cases) as below. The log slope values are the daily increases; [0.056] means a daily factor 1.056. Also shown: data from sequencing for one UK region and other countries. Image
Read 11 tweets
22 Jan
1/ Here are the growth curves of the #B117 UK variant as the ratio between the B.1.1.7 versus other strains, for different regions (two UK regions; Denmark, Netherlands, Portugal). The the relative growth per day is indicated: [0.100] means 10% per day.
2/ Note the logarithmic scale: exponential growth = straight line. Although recent UK data indicates that the growth decreased to ~0.03 /day in Dec [medrxiv.org/content/10.110…], the growth rate in DK, NL, and PT is all ~0.08/day. Zoomed graph:
3/ Depending on the assumed generation interval, that means that B117 has an R value between 1.4 (4 days) and 1.6 (6 days) higher than the old strain. In the Netherlands, the authorities assume a very optimistic factor 1.3 (per 4 days).
Read 5 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!


This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Too expensive? Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal Become our Patreon

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!

:(