Thread by @mellziland

Muita gente ficou surpresa com as notícias referentes a C.1.2, uma variante possível aumento na transmissão e com algum escape imunológico anunciada pelo Inst. Nacional de Doenças Transmissíveis da 🇿🇦 e da Plataforma de Inov.e Seq. de Pesq. KwaZulu-Natal

Acompanha 🧶👇

RESUMO:
🔹Variante com características preocupantes, mas que não tem circulação global
🔹Nada nos diz que vacinas não abrangeriam ela
🔹Mais um indicativo de que o vírus está se adaptando
🔹A desigualdade de distr. de 💉 no 🌎 É UM PROBLEMÃO
🔹💉E 😷pelo amor de Deus

Detalhes👇

Não é segredo, nem novidade, que a permanência desse estado de transmissão elevado, que é construído por vários fatores, (baixa cobertura 💉, falta de adesão adequada a medidas como uso de 😷, p.ex), gera um risco de vermos novas variantes surgirem

https://twitter.com/mellziland/status/1349752609368891394

Em relação a baixa cobertura vacinal, quero trazer um ponto, discutido pela @dogarrett : quanto mais vacinados temos em uma população, menor o risco de vermos mais mutações surgirem no curto espaço de tempo, e consequentemente, variantes

https://twitter.com/dogarrett/status/1432021700837789699

E temos uma questão crítica pairando o enfrentamento da pandemia: a desigualdade na distribuição de 💉

"4,8 bi de doses de vacinas distribuídas até hoje no mundo, 75% foram para apenas 10 países, enquanto a cobertura de vacinas na África é de menos de 2%"

https://twitter.com/mellziland/status/1430651081118429184

Na África do Sul 🇿🇦, por exemplo, 15% da população recebeu pelo menos 1 dose, enquanto que 9,3% recebeu o esquema de 2 doses das vacinas da COVID-19. Os números são muito baixos (isso para 🇿🇦, os nºs são menores considerando a África como um todo)

Para controlar a transmissão, necessitamos de altas coberturas vacinais, de medidas mitigatórias em boa adesão pela sociedade e que países mais adiantados em suas campanhas de vacinação auxiliem países com baixas coberturas vacinais.

O mundo se assustou quando a #Beta emergiu, na 🇿🇦. Tememos que nossas vacinas não pudessem segurar essa variante, em virtude de seu escape. Depois, tememos com a #Delta emergindo na 🇮🇳 e hoje estamos vendo todo seu potencial - e ela está mudando

https://twitter.com/mellziland/status/1407404000060887051

E iremos seguir temendo cada vez que escutarmos sobre o surgimento de uma nova variante, porque sabemos que o risco é real. Enquanto a transmissão estiver alta, o risco estará pairando, e uma hora precisaremos enfrentar isso tendo a perspectiva de 🌎🌍🌏

E, novamente, hoje foi um dia de muitas marcações em notícias sobre a C.1.2, uma candidata a futura (espero que não) #VOI (variante de interesse, abaixo da categoria de variante de preocupação - as #VOC) revistagalileu.globo.com/Ciencia/Saude/…

Durante a vigilância genômica na 🇿🇦, uma alta frequência de genomas da linhagem C.1 foram observados durante a 3ª onda da pandemia (~Mai/21), o que surpreendeu os pesquisadores, dado que a C.1 fora detectada pela última vez lá em Jan/21 nature.com/articles/s4159…

Naquele momento, já observávamos que a C.1 tinha mais mutações descritas do que outras linhagens identificadas no período.

Apesar de ter disseminação mínima global, a C.1 foi detectada em Moçambique🇲🇿 e acumulou mutações adicionais resultando na linhagem PANGO C.1.1

No entanto, os dados de um preprint disponibilizado recentemente mostram que a sequência detectada recentemente na 🇿🇦 é bastante diferente da C.1.1, resultando na atribuição da linhagem PANGO C.1.2 em 22/07/21. github.com/cov-lineages/p…

A C.1.2 apresenta mais mutações, comparada com a C.1 e outras #VOC e #VOI, estando a mais ou menos 44-59 mutações "longe" da cepa original de Wuhan. A C.1.2 estaria mais próxima da C.37 (ou #Lambda) que comentei aqui:

https://twitter.com/mellziland/status/1405238242748870657

e aqui:

https://twitter.com/mellziland/status/1408084808207683587

Estima-se que a C.1.2 tenha sido primeiramente detectada nas províncias Mpumalanga e Gauteng, na 🇿🇦, onde temos a maior parte das sequências (53). Em Ago/21 expandiu-se para 6 das 9 províncias Sul-Africanas, Rep. Democrática do Congo🇨🇩, Nova Zelândia🇳🇿, Portugal🇵🇹 e Suíça🇨🇭

É importante destacar, e no preprint os autores comentam inclusive, que esses números estão subrepresentados/subnotificados e provavelmente são maiores. O que chama a atenção é seu crescimento: Maio 0,2%, Junho 1,6% e Julho 2,0%, parecido com a #Beta e #Delta no início, na 🇿🇦

Estima-se que o SARS-CoV-2 faça cerca de 24 mudanças pontuais em seu RNA/ano. Atualmente, 25.2, considerando #VOC e #VOI. Mas é importantíssimo o destaque que o @AndersonBrito_ faz aqui:

https://twitter.com/AndersonBrito_/status/1341589511151751171

Os autores fizeram uma análise mais específica para a C.1.2 e levantaram estimativas, chegando num valor cerca de 1,7x maior do que a taxa global atual. Isso significa que temos uma variante capaz de mudar muito rapido, e isso requer medidas maiores para seu controle.

Os autores do preprint lembram que este curto período de evolução aumentada em comparação com a taxa de evolução viral geral também foi associado ao surgimento dos #VOCs #Alfa, #Beta e #Gama e por isso, um controle agora é relevante para o time não ganhar mais uma colega.

Em relação a mutações, a C.1.2 compartilha algumas com a C.1, acumulando mutações adicionais em ORF1ab, Spike, ORF3a, ORF9b, e nas proteínas E, M e N.

Em relação a Spike, 14 mutações são vistas na maioria das sequências de C.1.2 observadas, incluindo
🔹5 em NTD (C136F, Y144del, R190S, D215G e 242-243del (nos aminoácidos L242 e A243)
🔹3 no na região de ligação do receptor (Y449H, E484K e N501Y)

🔹2 próximas no sítio de clivagem (N679K e T716I)
🔹P9L, D614G, H655Y e T859N completam as mutações observadas na Spike

Mas vendo somente as sequências C.1.2, há variação em algumas mutações na Spike, sugerindo que a C.1.2 está sofrendo mudanças dentro da própria linhagem

Algumas dessas mutações foram observadas em outras #VOI e #VOC e podem estar associadas ao aumento da transmissão e a escape parcial da resposta imunológica.

Algo que me chamou a atenção foi que em C.1.2, N679K e P681H são mutuamente exclusivos (com N679K predominando), e a introdução de N679K ou
P681H foi recentemente visto dentro da #Gamma (P.1). Esses paralelos com #VOI e #VOC pode indicar que ela pode ter algumas adaptações sim

MELL, DEVO ME DESESPERAR? ❌Não!
Mas devo me preocupar? ✅Sim, quem não está se preocupando atualmente não está entendendo a pandemia.

Não temos NADA que indique que as vacinas não possam abranger essa variante. Não temos um indicativo sólido de que ela se tornará predominante

Porém estamos diante de mais um aviso, que fizemos com a "Delta Plus", com as descendentes da P.1, e agora com essa: o vírus está mudando. Temos que 💉e usar 😷mais do que nunca, mas sem perder a perspectiva de 🌏🌍🌎

Enquanto a gente não resolver a pandemia em todos os lugares com transmissão significativa do vírus, teremos o risco de vermos variantes com mais adaptações surgindo justamente em lugares onde o descontrole é maior. A COVID-19 não pode virar (mais) uma doença marginalizada.

Link do preprint: medrxiv.org/content/10.110…

Outras referências legais:
cov-lineages.org/lineage.html?l…

Marcando alguns @'s: @AndersonBrito_ (rei da p**** toda), @schrarstzhaupt @LaroccaRA @mab_sp125 @daniel_bargieri @wasimvacinas @ntsnaleatorias @obscovid19br @analise_covid19 @oatila @Pirulla25 @WilsonNamen @EthelMaciel @dogarrett (rainha das 💉) @MarceloBragatte @dadourado