Thread by @SaiyanBio

Beaucoup d’interrogations sur les tests COVID sur prélèvement salivaires et leurs performances.

Donc je vais prendre le temps de vous expliquer comment/pourquoi on peut avoir l’@HAS_sante qui dit « ça marche du tonnerre » et moi « c’est nul »

et de vrais chiffres à moi dedans !

Préambule : l’analyse faite sur un prélèvement salivaire est toujours une PCR (je simplifie) ; comme pour un prélèvement nasopharyngé.
Par abus de langage, on parle de « test salivaire » mais on devrait dire « test PCR sur prélèvement salivaire »

Point 1️⃣ : Il y a MOINS de virus dans la salive
- Illustration comparée sur qq patients symptomatiques (entre J1 et J3) sur quelques patients prélevés en double et sortant positif sur les 2 techniques (valeur Ct transcrites en équivalent nbr virus pour l’illustration)

c’est d’ailleurs pour ça que je n’ai jamais été convaincu par les « poolings » qui nous sont vendus par certains (et de toutes façon c’est ne pas se rendre compte que le + long dans une analyse COVID, c’est le temps administratif d’enregistrement)
cf 👇

https://twitter.com/saiyanbio/status/1440635845472444417?s=21

- Comme il y a moins de virus, on a des échantillons qui passent « sous le seuil » de positivité.
Si je prends 30 patients symptomatiques J1-J3, j’ai une perte de 17% des cas positifs.
➡️ je tombe sur les chiffres des fameuses publi « regardez comme ça marche bien ! »
Oui MAIS…

2️⃣La présence du virus dans la salive est un décalée dans le temps (+ tardive)
‼️c’est très gênant car on sait qu’on est contagieux surtout en tout début d’infection (2 jours avant les signes et les premiers jours)
Illustration sur 10 patients qui ne voulaient que de la salive👇

[les mêmes données sur un nasopharyngé donnent des valeurs bcp + précoces]

Donc avec une technique annoncée à 85% (point 1️⃣) on peut arriver à 50% de sensibilité environ…
et c’est pas fini !

3️⃣ La stabilité de l’échantillon.
pour des raisons de risque d’ingestion de produits toxiques, la plupart des labos donnent un tube « vide » pour le recueil de salive.
Or, dans la salive, il y a tout pleins d’agents qui ne pensent qu’à dézinguer du virus

Si on fait une étude de stabilité, on voit qu’on perd beaucoup en stabilité, avec déjà 20% de perte de sensibilité 12h après le recueil… donc les salives faites le soir et apportées le lendemain au labo 🚮

4️⃣Conditions de recueil :
Le prélèvement doit être de la salive, pas une expectoration = le patient doit partir d’une bouche « propre », puis stimuler sa salivation sans cracher. Et Il faut être à distance (au moins 30 min) de tout repas ou de toute boisson.

et vous voyez le problème : si le prélèvement est fait par les parents qui liront +/- bien le protocole (rien que mettre dans le bon sachet c’est parfois compliqué…), avec des enfants qui salivent +/- bien, cela diminue d’autant la qualité du recueil.

Voici comment, on passe du point 1️⃣ au 4️⃣ d’une technique « en théorie » à 85% de performance, et dans la vraie vie à ça 👇
et pourquoi on peut utiliser la salive si on veut récupérer des cas au hasard, mais 🚨ce n’est PAS assez performant si on est cas contact ou symptomatique🚨

https://twitter.com/SaiyanBio/status/1465975475164135427

Donc pour les donneurs de leçon (coucou @Sante_Gouv @HAS_sante) : voici pourquoi vos avis basés depuis vos bureaux sont déficients.
Connaître toutes ces limites, c’est un peu notre boulot, en tant que biologiste (et c’est pas le @Cofrac_officiel qui me l’a appris non plus).

Voilà, le thread sur les valeurs seuils (« pourquoi c’est difficile d’avoir un seuil de protection des Ac ? » « est les seuils des Ct ? ») attendra, priorité à l’actualité !

(purée, je fais des thread aussi long que @C_A_Gustave, mais au moins j’ai mis une image sexy au début)