Thread by @touna14

#COVID19France
SPF fourni le résultat du criblage des tests positifs au niveau de la présence ou non de la mutation 452R (sommé sur 7 jours)
452R: présente sur Delta, absente sur #Omicron
J'ai reconstruit le taux journalier d'absence de 452R : 12,5% lundi 13 en IdF !
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[2/15] Du coup, je vais expliquer comment j'ai réussi à reconstruire la valeur journalière à partir de la valeur moyenne sur 7 jours donnée par SPF.
Le fichier source que j'ai utilisé est accessible ici :
data.gouv.fr/fr/datasets/do…
C'est un peu technique...

[3/15]Pour chaque département et chaque jour, SPF fournie 2 données:
- le nombre de criblages avec absence de 452R (C0) sur les derniers 7 jours
- le nombre de criblages avec présence de 452R (C1) sur les derniers 7 jours
Ci-dessous, l'évolution des deux pour Paris (dep. 75)

[4/15] Prenons les tests C1 (452R présente), on a la somme sur 7 jours, on peut dire que :
Nombre "Jour N" = nombre "jour N-7" + différence entre "semaine de N-6 à N" et "semaine de N-7 à N-1"
On peut donc reconstruire toutes les valeurs quotidienne si on connait les 7 premières

[5/15] Pour les tests avec 452R présente, la valeur (pour Paris uniquement) dans la 1ière semaine où le criblage est disponible (31mai au 6 juin) est de seulement 7 criblages avec 452R présente
On a donc une incertitude de 7 sur le nombre quotidien de criblages avec 452R présente

[6/15] Pour les avec 452R absente, la valeur (pour Paris seulement) dans la 1ière semaine où le criblage est disponible (31mai au 6 juin) est de 224 criblages avec 452R absente.

[7/15] On sait aussi que le nombre de criblage avec 452R absente est >=0 chaque jour, grâce à cela, on peut attribuer un nombre minimal journalier de tests criblages négatifs pour les 7 jours du 31mai au 6 juin.
Cela permet de répartir 218 des 224 criblages négatifs

[8/15]J'arrive donc à reconstruire des données journalières, que je vous montre ci-dessous pour Paris,
Au 13/12, j'ai 93 "452R absente" et 460 "452R présente" à Paris

[9/15] Pour avoir le % associé, je rajoute mon incertitude sur les test avec criblage 452R présente (soit 7; cf. tweet 5) au nombre de quotidien de 452R présente que j'ai trouvé (cela surestime le % de 452R)
Je calcule ensuite le % de criblage avec 452R présente,
Ici pour Paris

[10/15] Du coup, le % d'absence de 452R est légèrement sous-estimé par ma méthode.
J'ai ensuite fait de même pour les 3 autres départements de la petite couronne (92,93,94) et je calcule le % sur le total. Cela donne le graphique du 1er tweet

[11/15] Cette méthode permet d'avoir l'évolution un peu plus récente qu'avec la valeur sur 7 jours donnée par SPF et donc de mieux voir les tendances.
On voit une forte augmentation récente du % d'absence de la mutation 452R (452R: présente sur Delta, absente sur #Omicron)

[12/15] A noter qu'on a depuis aout (et Delta dominant) un faible % d'absence de 452R reste, ca peut être lié à la faible circulation d'autre variant ou à un défaut des PCR de criblages
Par contre, le % de lundi est bien au dessus "du bruit de fond"

https://twitter.com/SaiyanBio/status/1428096099940700162

[13/15] J'ai aussi tracé "l'odd ratio", c'est à dire "ln(%omicron/(1-%omicron)" pour avoir la tendance, au rythme des 8 dernier jours, la part des criblages avec absence de 452R (cad probablement du #omicron) dépasse 50% à Paris et dans la petite couronne la semaine prochaine

[14/15] Sur le tweet précédent, j'ai aussi rajouté la valeur trouvée dans l'enquête flash du 29/11 en IdF

https://twitter.com/touna14/status/1470871535858630658

[15/15] Fin de ce Thread sur l'évolution du % d'absence de 452R dans les tests criblés (suspicion d'#omicron) en IdF
@SaiyanBio @flodebarre @Azeria64Azeria @Panda31808732 @nicolasberrod @vincentglad @OlivierMonod @gforestier @random_poisson @flight_behav @EBrownien @l_peillon

Comparaison Londres/Paris dans ce tweet
Avec aussi la MAJ des données (jusqu'à mardi 14)

https://twitter.com/touna14/status/1471964209999224834