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hoy en el Journal Club hemos tenido una interesante discusión sobre un concepto que algunos puede que hayáis escuchado: las poblaciones fantasma, y creo que sería interesante explicar qué es, así que va un mini-hilo:
El término población fantasma hace referencia a aquellas poblaciones hipotéticas que sabemos que tuvieron que existir en algún momento, pero de las que no tenemos evidencias directas.
El ejemplo que seguro le suena a más de uno es esa población fantasma de humanos arcaicos que se cruzó con las poblaciones del Oeste de África newscientist.com/article/mg2403…
pero también tenemos a los famosos (en el campo de la PopGen) Eurasiaticos Basales, los supuestos ancestros tanto de Asiaticos como Europeos. nature.com/articles/natur…
Pero si no hemos encontrado muestras de estos grupos, cómo sabemos que existieron? Pues por el genoma (sí no qué iba a estar yo dándoos la chapa sobre ellos?).
El caso es que, cuando analizamos las relaciones genéticas entre grupos para ver la contribución de diferentes ancestros a las poblaciones de interés en lo que se conoce como un admixture plot (como este) 
podemos ver que las diferencias genéticas en cada población tienden a agruparse y heredarse en bloques (representados por colores, siendo cada color la contribución de una población diferente).
En este caso no se han dado referencias, así que el programa se ha "inventado" los grupos de acuerdo a su algoritmo de agregación, pero lo normal es darle una serie de poblaciones de referencia, como aquí:
Como podéis ver, hay varios individuos con las barras solo de un color, lo que indica que no se han mezclado con el resto de grupos. Por tanto, si un individuo de otra población tiene herencia parcial del mismo color, ya sabemos de donde proviene.
Sin embargo, pese a introducir un set de referencias modernas, hay veces que aparecen grupos independientes de estas referencias, y cuya única explicación es que las poblaciones originales han desaparecido o se han mezclado con otras.
Una vez identificadas estas regiones, las podemos ocmparar con las de otras poblaciones para ver cuando se separaron de estas, y así delimitar un poco el tiempo y lugar en que esta población vivió.
En el caso de los Eurasiáticos Basales, nos encontramos con una división muy temprana tras la salida de África, siendo una población completamente separada de los cazadores-recolectores del Oeste de Europa y que no habría tenido contacto directo con los Neandertales.
Sin embargo, esta población contribuyó en gran manera a las poblaciones de granjeros neoíticos (casi el 50%) que poblaron Europa, y se cree que la razón por la que hoy en día el lugar donde menos frecuencia de genes neandertales hay es Oriente Medio, >
uno de los posibles lugares donde se dió la hibridación, sea la posterior influencia de esta población mezclandose con los hibridados y diluyendo los genes neandertales. nature.com/articles/natur…
En el caso de lapoblación fantasma africana sabemos bastante menos. Pese a que algunos ya la están llamando los "neandertales africanos", como en este cladograma, no sabemos qué relación filogenética tenían con estos, ya que no hay suficiente material como para estimarlo.
Los autores del estudio, bastante más moderados, sí establecieron que esta población se separó del linaje humano antes de la separación de los Khoe-San y el resto, lo que los situaría como grupo hermano de todos los humanos modernos, como mínimo.
Aquí el paper: ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28971970
Puede que los más avispados se hayan dado cuenta de que en el gráfico que he puesto antes no solo mencionan a los "neandertales africanos", sino que también ponen a un cuarto grupo, también fantasma, que hibrida con denisovanos.
De este no voy a hablar porque no sabemos prácticamente nada, pero sí, también se han encontrado rastros de otro grupo de humanos en el genoma de los denisovanos. nature.com/news/mystery-h…
