Virolog hatırlatması: Covid19 aşılarının gelecekte güncellenmesi gerekebilir. Her sene grip virüsündeki gibi gerek olmasa da ileride (3-5 sene sonra?) güncellenmiş bir aşı ile yeniden aşılanmak gerekebilir.
Sebep?
Antijenik sürüklenme.
Açıklıyorum:
biorxiv.org/content/10.110…
👉Bu önbasımda insanlarda her sene mevsimsel olarak seyir eden 229E isimli koronavirüse bakmışlar.
👉Hatırlatma: İnsanlarda daimi olarak her sene seyir eden 4 tip koronavirüsü var. İsimleri: 229E, OC43, HKU1, NL63.
👉Antijenik sürüklenme nedir? Özellikle RNA virüslerinde görülen ve her sene mutasyonlar ile virüsün yavaş yavaş ilk kökeninden uzaklaşması.
👉Bunu filogenetik soy ağaçlarında görebiliyoruz. Görselde farklı ülkelerden ~40 senelik 229E koronavirüsü numunelerinde bakmışlar. Image
👉Antijenik sürüklenme yukarıdaki görseldeki gibi sağ tarafa doğru kayan bir merdiven görüntüsünü gösterir. Her sene virüs dünyada seyir ettikçe mutasyonlarla yeni varyantlar oluşur.
👉Bu ‘merdiven’ antijenik sürüklenmeyi COVİD19’a sebep olan SARSCOV2 virüsünde de görüyoruz.
👉Biz her sene bu 229E gibi mevsimsel koronavirüslere maruz kalıyoruz. Peki, zamanla sürüklenen bu yeni mutasyonlara karşı bağışıklığımız nasıl değişiyor?
👉Görsele bkz: 1984-2016 senelerinden 229E koronavirüsü numunelerine karşı geçmişteki antikorlara bakmışlar. Ne görüyoruz? Image
👉Geçmişteki antikorlar sonraki 229E virüs varyantlarına çok etkili değil.
👉Örnek: Yukarıdaki görselde en üst sol örneğe bakalım: 1985 senesinde 26 yaşındaki birindeki plazma 1984 virüsüne etkili, sonraki sene virüslerine etkisi giderek düşüyor: 1992, 2001, 2006, 2016.
👉İnsandan insana değişiyor. Mesela aynı görselde 1986 senesinde 35 yaş birinden alınan plazma 1984-2016 varyantarına daha etkili ama yine bir düşüş trendi görüyoruz (görselde üst sıra, sağdan ikinci grafik).
👉Ama daha güncel plazmalara bakarsak görüyoruz ki geçmişteki 229E koronavirüslerine daha etkililer.
👉Bkz: 2020 senesinde alınan numuneler birey ne kadar yaşlı ise geçmişteki 229E koronavirüslerine maruz kaldığı için antikor tepkisi o kadar iyi. Image
👉Örnek: 40 yaşındaki birisinin 2020 plazmasına bakarsak geçmiş koronavirüse antikorları olduğunu görüyoruz (alt sol grafik), fakat 2020’deki bir çocukta bunu görmüyoruz (üst sol grafik). Sebep: 40 yaşındaki geçmişteki virüslere maruz kaldı ama 5 yaşındaki çocuk maruz kalmadı.
👉Zamanla her sene sürüklenen 229E koronavirüsündeki bu plazmadan kaçışı sağlayan en önemli mutasyonlar tabii ki S Spike kılıf proteininin RBD kısmında (yani hücre reseptörüne bağlanan kısımda.
👉Görsele bkz: en etkili mutasyonlar mavi zirve grafikleri ile gösterilmiş. Image
👉Peki bu Covid19 için ve aşı için ne demek?
1️⃣Covid19’a sebep olan SARSCOV2 koronavirüsü de antijenik sürüklenmeye uğruyor.
2️⃣Dolayısıyla bugün Covid19 geçiren birisi ilerki senelerde antikorları yetersiz kalır ve ikinci üçüncü kez Covid19 kapabilir (tekrar kapanlar var).
3️⃣Aşı çok yönlü bağışıklık sağlar, ve doğal enfeksiyondan daha güçlü ve uzun ömürlü antikorlar yaratır (bunun sebebin anlatan tvitlerim var).
4️⃣SARSCOV2 büyük ihtimalle bizim aramızda daimi olarak seyir edecek beşinci koronavirüsü olacaktır.
5️⃣Aşılar ciddi Covid19’dan koruyacak.
5️⃣Grip gibi her sene olmasa da ileride (3-5 sene sonra?) Covid19 aşılarımızın güncellenmesi gerekebilir.
6️⃣Bu güncelleme yeni faz1,2,3 deneyleri demek değil. Güncellenen virüs sekansı ile aşı güncellenerek yeni bir yetki (lisans) ile dağıtılır (her sene grip aşısında da böyle).

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
 

Keep Current with Semih Tareen

Semih Tareen Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @virusfantom

21 Dec 20
İngiltere’deki mutasyonlar Mart ayında kurulan 20milyon pound bütçeli Covid19 genom konsorsiyumunun taramaları sayesinde bulundu. Bugüne kadar 157bin üzerinde SARSCOV2 genomu sekansladılar. Öncelikli olarak takip ettikleri mutasyonları ve sebeplerini anlatıyorum:
👉Mutasyonları okurken bilmeniz gereken 2 detay:
1️⃣Mutasyon numarası Protein sekansındaki kısma denk gelir, mesela D614G mutasyonu toplam uzunluğu 1273 aminoasit olan Spike kılıf proteinindeki 614’üncü aminoasit konumunu simgeler.
2️⃣Mutasyon harfleri de aminoasiti ve değişimi
simgeler. Mesela D614G mutasyonu, Spike kılıf proteininin 614’üncü konumundaki D (Aspartik asit) aminoasiti G’ye (yani Glisin aminoasitine) dönüşmüş. Aminoasitleri de okuldaki biyoloji derslerinden hatırlarsınız, toplam 20 standart aminoasit vardır.
Gelelim mutasyonlara:
Read 9 tweets
20 Dec 20
İngiltere’deki mutasyon haberi nedir? Sansasyon veya manşet ile değil, elimizdeki bilimsel veriler ile açıklıyorum:
Önce 7 madde ile özet:
1️⃣İngiltere’de yayılan bu yeni “B.1.1.7” isimli soy kümesinde (lineage cluster) ilginç mutasyonlar var.
2️⃣Bu mutasyonların bazıları yeni değil, önceden de görüldü.
3️⃣Bu mutasyonlardan bazıları önceden lab deneylerinde hücrelere ve farelere daha kolay bulaşabildiğini gösterdi.
4️⃣Henüz bu mutasyon grubunun doğrudan insanlarda daha bulaşıcı olduğuna dair bir delil yok.
5️⃣Bu mutasyon grubu daha çok bulaşıcı olduğu için değil, ‘Founder effect’ (kurucu etkisi) yüzünden de bu şekilde yayılıyor olabilir.
6️⃣Bu mutasyon grubunun aşılara karşı sorun yaratacağına dair bir veri henüz yok.
7️⃣Mutasyon her zaman her canlıda olur, SARSCOV2’de yüzlerce var.
Read 28 tweets
17 Dec 20
Pfizer-BioNTech aşısının prospektüsünü (EUA Fact Sheet) bilgilendirme amaçlı paylaşıyorum.
👉Önemli: Bir aşı veya ilaç sizin için uygun mu değil mi öğrenmek için hekiminizle görüşün.
👉Bu acil kullanım yetkisi 16 yaş ve üstü için geçerlidir.
fda.gov/media/144413/d…
👉3 hafta ara ile iki doz kas içine enjekte edilir (her doz 30ug, 0.3mL).
👉Karanlıkta, -80 ile -60 arasında muhafaza edilmeli.
👉Çözülmüş aşı tekrar dondurulmamalı.
👉Aşı dağıtımı termal kutularda donmuş karbondioksit kuru buz ile yapılır.
👉Eğer derin dondurucu yoksa kuru buz ilavesi yapılarak geçici bir süre için termal kutularda muhafaza edilebilir.
👉Donmuş aşı dolapta veya oda sıcaklığında çözülür.
👉Dolapta (2 ila 8C) 5 gün, oda sıcaklığında 2 saat muhafaza edilebilir.
Read 22 tweets
16 Dec 20
Virolog hatırlatması: Covid19 RNA aşılarında kullanılan iki önemli teknoloji önceden keşfedildiği için RNA aşıları bu kadar hızlı gelişti. Eğer elimizde bu keşifler olmasaydı hala aşı haberi bekliyor olurduk. Basic Science (temel bilim) araştırması bu yüzden önemli. İki buluş:
1️⃣2017 senesinde MERS koronavirüsünün S Spike proteininin stabil prefusion konformasyonu için gerekli iki Prolin aminoasiti. Yani? Covid19 RNA aşıları Spike proteininin prefusion (hücreye bağlanmadan önceki) halini kullanıyor. Bu, virüsün vücuda ilk girdiği hali tanımak için şart
Dolayısıyla, 2002 SARS ve 2012 MERS salgınları sonucu devam eden araştırmalar sayesinde nihayet 2017 senesinde koronavirüsün Spike proteinin prefusion halini nasıl yapacağımızı öğrendik. Yayın burada: pnas.org/content/114/35…
Read 6 tweets
14 Dec 20
Bu önbasım ile “Koronavirüs genoma girecek” diyenler var. Bu önbasımda koronavirüsün insan gemomuna girebileceğine dair verler yoktur. Açıklıyorum:
👉Yayında “chimeric” dedikleri virüs-insan sekanslarından bahsediyorlar. Bu tür sekanslar PCR hatası olarak
biorxiv.org/content/10.110…
rekombinasyon oluşturabilir. Bunu kontrolleyecek deneyleri yapmadılar.
👉RT enzimini overexpress ederek sundukları sistem tamamen suni bir sistemdir. RT overexpress ederseniz bir sürü RNA zincirini DNA’ya çevirip yakalarsınız. Bu, entegre oluyor anlamına gelmez.
👉Bu güne kadar
hiçbir canlının DNA sekansında entegre olmuş koronavirüsü sekansına rastlamadık, hem de yüzlerce farklı koronavirüsü ve enfekte olan bir sürü canlı olduğu halde.
👉Bu bir önbasımdır yani bilimsel hakemlerce henüz gözden geçmemiştir. BioRxiv ve MedRxiv’de çıkan her yazı önbasım.
Read 6 tweets
13 Dec 20
Mutasyonların yerleşmesi için seçilim baskısı gerekir. Bu önbasımda seçilim baskısının virüsler üzerindeki etkisini harika bir örnekle görüyoruz. Bir Covid19 hastasında konvalesan plasma kullanımı sonucunda pozitif seçilime uğrayan mutasyonlar ortaya

medrxiv.org/content/10.110…
çıkıyor. Görselde de görüldüğü gibi:
👉İlk 65 günde mutasyon çeşitliliği yok, fakat
👉65. günde ilk ve ikinci konvalesan plazma (CP) kullanımı sonucu oluşan seçilim baskısı bazı mutasyonların ortaya çıkmasına sebep oluyor.
👉Önce delH69/V70 ve D796H mutasyonları, arkasından da
W64G, Y200H, T240I mutasyonları,
👉93. ve 95. günlerde Remdesivir ve üçüncü konvalesan plazma sonucu tekrar bir seçilim baskısı ile yine en başta görülen delH69/70 ve D796H mutasyonları ortaya çıkıyor.
👉Peki her konvalesan plazma tedavisinde neden aynı delH69/70 ve D796H
Read 8 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!


This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Too expensive? Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal Become our Patreon

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!