Dúvidas sobre a Eficácia. Seguindo o mais próximo do estabelecido no protocolo com o dado que tenho, o cálculo está correto.
Densidade de incidência no vacinado: 11.74
Densidade de incidência no placebo: 23.64
Incidence Rate Ratio: 0.4966
VE = 1 - 0.4966 = 50.34% (35.14-62.21)
Densidade de incidência no vacinado: 11.74
Densidade de incidência no placebo: 23.64
Incidence Rate Ratio: 0.4966
VE = 1 - 0.4966 = 50.34% (35.14-62.21)
Como disse antes, ensaios clínicos tem protocolos. Tudo deve ser seguido como está lá. Mudanças podem ocorrer, mas devem ser aprovadas pelos comites, comissão de etica, e tudo mais. Isso porque? para evitar mudanças baseada em dados. Mudanças assim são versificadas, protocoladas,
e ocorrem antes de fechar a base e abrir o blinding.
No protocolo público de agosto, o protocolo diz que a eficácia seria estimada por 1 - Hazard Ratio. O HR viria de um modelo de Cox, estratificado por idade e sexo. Intervalo de confiança pelo método de Parzen, Wei e Ying
No protocolo público de agosto, o protocolo diz que a eficácia seria estimada por 1 - Hazard Ratio. O HR viria de um modelo de Cox, estratificado por idade e sexo. Intervalo de confiança pelo método de Parzen, Wei e Ying
Obviamente não tenho os dados para reproduzir um Cox estratificado nem o método. O modelo de Cox é uma análise tempo até o evento, ou seja, de modo simples, leva em conta o tempo de risco no denominador. Não é mais X pessoas, mas sim pessoas-ano, pessoas-dia. O Cox é diferente
de algo tão simples, e tem mais detalhes (tipo de censoring, risk set, como tratar os tiers, etc) mas se aproxima disso.
Assim, a eficácia da CORONAVAC é para ser estimada com rate e não risk. Isso é perfeitamente normal.
Assim, a eficácia da CORONAVAC é para ser estimada com rate e não risk. Isso é perfeitamente normal.
https://twitter.com/nataliexdean/status/1310613705281789961?s=20
Assim que usando os dados da apresentação de hoje, com um intervalo de confiança clássico de Wald, a eficácia da vacina é aquela acima, muito próxima da apresentada
Meu cálculo:
VE = 0.5033841
Limita inferior: 0.3513861
Limite superior: 0.6221226
Meu cálculo:
VE = 0.5033841
Limita inferior: 0.3513861
Limite superior: 0.6221226
Código do R
library(epiR)
rate_rr <- as.table(matrix(c(85,85/11.74,167,167/23.64), nrow = 2, byrow = TRUE))
rr_relativeraterisk <- epi.2by2(dat = rate_rr, method = "cohort.time", conf.level = 0.95,
units = 100, outcome = "as.columns")
library(epiR)
rate_rr <- as.table(matrix(c(85,85/11.74,167,167/23.64), nrow = 2, byrow = TRUE))
rr_relativeraterisk <- epi.2by2(dat = rate_rr, method = "cohort.time", conf.level = 0.95,
units = 100, outcome = "as.columns")
seguindo código
rr_relativeraterisk <- rr_relativeraterisk[["massoc"]][["IRR.strata.wald"]]
ve_relativeraterisk <- 1 - rr_relativeraterisk
rr_relativeraterisk <- rr_relativeraterisk[["massoc"]][["IRR.strata.wald"]]
ve_relativeraterisk <- 1 - rr_relativeraterisk
Não tenho acesso aos dados, nem relação com o estudo. Tentando só esclarecer fatos.
Os dados eu tirei dos slides da apresentação. Tem 85 eventos e o que está em parentesis é a densidade, como escrito ali embaixo
"Casos (incidência 100s pessoas-ano)"
"Casos (incidência 100s pessoas-ano)"
Agora os números do estudo.
Eles tinham como alvo recrutar 13.060 e randomizaram algo menos que isso, pelo que divulgaram. Isso forma a população com intenção de tratar. MAS, trials de vacinas por padrão tem análise principal como por protocolo (a maioria dos trials usa ITT).
Eles tinham como alvo recrutar 13.060 e randomizaram algo menos que isso, pelo que divulgaram. Isso forma a população com intenção de tratar. MAS, trials de vacinas por padrão tem análise principal como por protocolo (a maioria dos trials usa ITT).
São várias razões para isso. A maneira mais fácil de pensar nisso são 2:
1 - a intervenção (vacina) só funciona após a segunda dose, então você começa a contar sua intervenção a partir dali
2 - por questões de segurança. ITT pode deixar mais difícil de detectar efeitos adversos
1 - a intervenção (vacina) só funciona após a segunda dose, então você começa a contar sua intervenção a partir dali
2 - por questões de segurança. ITT pode deixar mais difícil de detectar efeitos adversos
Isso também está bem definido lá no protocolo:
Como os ~13 mil chegam nos ~9 mil. O mais provável aqui são suspeitas de COVID da randomização até a segunda dose, que era um dos critérios de exclusão, como nas outras vacinas (que tinham mais coisas).
Como os ~13 mil chegam nos ~9 mil. O mais provável aqui são suspeitas de COVID da randomização até a segunda dose, que era um dos critérios de exclusão, como nas outras vacinas (que tinham mais coisas).
Só com os dados e o flowchart entenderemos. Eles também devem apresentar a análise de ITT. Para a população de segurança, entram pacientes com ao menos 1 dose da vacina.
Nos slides vemos que a população de segurança com 1 dose já sobe para 5738+5731 = 11.469
Nos slides vemos que a população de segurança com 1 dose já sobe para 5738+5731 = 11.469
Isso acontece em todos os outros trials de vacina. Abaixo o flowchart do trial da Moderna. Vemos população de segurança/mITT/per protocol. Na CORONAVAC é esperado que tenhamos menos casos proporcionalmente na per-protocol, pq é uma população de alto risco.
nejm.org/doi/full/10.10…
nejm.org/doi/full/10.10…
para quem gosta de trials, métodos e inferência causal, vale a pena ler ITT x PP no geral e também em vacinas. No geral, desde que pré-especificado no protocolo a per protocol, ambas trazem dados interessantes. Esse artigo discute isso,
sciencedirect.com/science/articl…
sciencedirect.com/science/articl…
O @rafalpx reproduziu para os 78%. Para o 100% precisamos saber como lidaram com zero eventos.
https://twitter.com/rafalpx/status/1349135395137736706?s=20
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