Thread by @pablotsukayama

Esta semana generamos 89 genomas SARS-CoV-2 de casos en Lima del 10-13 de diciembre 2020. Identificamos 16 linajes y NO encontramos las variantes de interés B.1.1.7 (UK), B.1.351 (Sudáfrica) o P.1 (Brasil). Las secuencias ya se encuentran en @GISAID.
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Con esto sumamos 440 genomas peruanos publicados. Pueden explorar los datos en este build de @nextstrain creado por @quipupe.
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nextstrain.org/community/quip…

Las variantes de interés comparten la mutación N501Y en la proteina spike. Las de SA y Brasil comparten K417N y E484K. Estas mutaciones han aparecido de forma independiente en distintas partes del mundo y parecen asociadas a una mayor transmisibilidad.
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sciencemag.org/news/2021/01/n…

Aquí un gran resumen de @Chjulian sobre las nuevas variantes, su origen y posibles efectos sobre las vacunas.
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https://twitter.com/Chjulian/status/1349527376854732809

Nuestro grupo se ha enfocado en la transmisión comunitaria mediante un muestreo aleatorio de casos en Lima (no viajeros). Asumimos que si las variantes está presente y transmitiéndose activamente en Perú, deberíamos observarla primero en Lima.
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Pero 89 genomas solo representan el 0.007% de 12,500 casos PCR+ reportados en Lima en diciembre (dato de los amigos de @OpenCovidPeru). Con esa cobertura no vamos a detectar varios linajes circulantes. Como referencia, UK secuencia casi 7% de sus casos. Australia el 58%.
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Es muy probable que hayamos tenido una o varias introducciones después del 13-Dic. Debemos seguir analizando genomas para saber si la frecuencia de estas variantes aumentan en el tiempo. Como en Dinamarca, donde secuencian 2,000 genomas por semana.
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https://twitter.com/kakape/status/1349647881708466176

A falta de más información, parece que INS y MINSA se han centrado en buscar entre viajeros recientes y sus contactos. Ya han identificado un caso de B.1.1.7 pero no han publicado la secuencia ni detalles adicionales de su estrategia.
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https://twitter.com/quipupe/status/1349170294146150400

INS tiene que compartir más información. Ya nos hemos quejado varias veces sobre esto. Cuando comparten muestras vienen con esta carta y sin la ficha epidemiológica completa. En serio que te quitan las ganas de colaborar. Entregamos el informe ayer pero no firmamos esa carta.
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Debemos escalar la vigilancia genómica en Perú. Hay que muestrear todos los meses y en más regiones para entender cómo el virus muta y se transmite. Si no, estamos volando a ciegas en uno de los peores momentos de la pandemia. Se los dice la OMS.
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https://twitter.com/WHO/status/1349362597473218560

Tenemos en 400+ muestras adicionales de Lima, Arequipa, Lambayeque, Amazonas y Loreto. Hay acceso a laboratorios privados que complementan las colecciones de INS y DIRESA. Pero ya no hay más recursos para procesar muestras. Sin fondos no podemos continuar la vigilancia.
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Por ahora, toca apagar los instrumentos y sentarnos a escribir el paper con @quipupe @gabc91 y el resto del equipo. Les compartiremos el #preprint en las próximas semanas.
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Aquí un buen resumen de la situación del proyecto, por @el_miranda en @domingo_LR
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larepublica.pe/domingo/2021/0…

Y aquí con el gran @drhuerta conversando de la importancia de la vigilancia genómica en @RPPNoticias.
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Ah, y no se olviden que #SinCienciaNoHayFuturo 🖖
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Perdón! Es 0.7%. Gracias Pedro por la aclaración.