1/ Using data of 16 #COVID19 variants from 42 countries in a multilevel multinomial model I compared the growth rate of these variants.

The estimated growth advantage of Delta compared to Alpha is 57%/week (95% credible interval: 49-66%).
2/ Growth advantage of the Delta variant is heterogeneous between countries (Denmark < 36%/week, Portugal > 86%/week compared to Alpha). This might be due to heterogeneous data quality, heterogeneous vaccine effects, different levels of restrictions, etc.
3/ Extrapolation of these numbers for 42 different countries.
Left: all 16 variants
Right: 6 most prevalent variants
Top: linear scale
Bottom: logit scale
4/ The growth advantage of Delta still looks like a quite huge and (somewhat) unexpected increase compared to previously discovered variants with a growth advantage.
5/ Source data: github.com/hodcroftlab/co…

Estimates of @TWenseleers and my estimates for UK and USA are very much the same 👇

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
 

Keep Current with Henk-Jan Westeneng

Henk-Jan Westeneng Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @HJWesteneng

29 May
1/ Updated data about #COVID19 variants. I fitted a multilevel multinomial model using data of 16 variants in 42 countries to compare the growth of different variants.

Spoiler: B.1.617.2 is still likely to grow faster than B.1.1.7.
2/ B.1.617.2 is now estimated to have a 67% (95% credible interval: 56-77%) faster growth per week than B.1.1.7 (left).

Estimated growth advantage is somewhat heterogeneous between countries (right). ImageImage
3/ Extrapolation of these numbers for 42 different countries.
Left: all 16 variants
Right: 7 most prevalent variants
Top: linear scale
Bottom: logit scale ImageImageImageImage
Read 5 tweets
22 Apr
1/ Hoewel alle signalen voor de korte termijn op rood staan, kiest het kabinet er voor om te versoepelen. Het argument hiervoor is dat de modellen van het RIVM laten zien dat de cijfers (in de toekomst) gaan dalen.
2/ Deze modellen zijn echter extreem gevoelig voor hele kleine veranderingen van het effectief reproductiegetal (Rt). Een verandering van de Rt van 1.04 naar 1.08 geeft over 30 dagen een verschil van bijna 40%. Dus 1583 in plaats van 1150 patienten op de IC.
3/ Het kabinet gebruikt deze modellen niet waar ze voor bedoeld zijn. Er is, cijfermatig, echt geen enkele reden om te versoepelen. Het enige plateau wat ik zie is een plateau van de Rt op ongeveer 1.09.
Read 4 tweets
22 Apr
1/ Ons onderzoek over leefstijl en het risico om op latere leeftijd amyotrofische laterale sclerose (ALS) te ontwikkelen is gepubliceerd (en de komende 50 dagen vrij toegankelijk via onderstaande link) authors.elsevier.com/a/1cxw45FFzKqn…
2/ ALS is een ziekte die mensen op elke volwassen leeftijd kan treffen. De spierkracht wordt geleidelijk minder. Uiteindelijk wordt ook de ademhalingsspier zwak en overlijden alle mensen die deze ziekte krijgen. ALS is momenteel niet te stoppen of te genezen.
3/ De ziekte wordt waarschijnlijk veroorzaakt door een kettingreactie van erfelijke en omgevingsfactoren. De omgevingsfactoren in deze kettingreactie zijn echter grotendeels onbekend. Daarom onderzochten wij dit in het @ALS_Centrum.
Read 8 tweets
20 Mar
1/ Op onderstaande tweet kreeg ik verschillende reacties waarvan sommigen waarschijnlijk op een misverstand berusten. Die wil ik graag proberen de wereld uit helpen.

2/ Misverstand 1: Het percentage positieve testen daalt.

Als je de afgelopen 7 dagen vergelijkt met de 7 dagen daarvoor stijgt het waarschijnlijk licht. Ook op regionaal niveau gaat het niet echt super.
3/ Misverstand 2: Het gaat goed met de ziekenhuisopnames.

De R op basis van ziekenhuisopnames en IC-opnames is als bijna 2 maanden >1. Dus dat gaat niet goed. En ook de bezetting neemt toe.

Zoals verwacht.
👇
Read 7 tweets
8 Mar
1/ Volgens sommigen is de 3e golf (of golf 2c) inmiddels voorbij.

Zou het?

Draadje.
2/ Het aantal vastgestelde besmettingen stabiliseert, het percentage positieve testen neemt af, en de R is misschien al weer <1. Super hoopvol. Toch?
3/ Maar hoe zit het als we de R op RIVM manier berekenen?

Die lijkt weer omhoog te gaan (nog wel even een paar dagen afwachten).
Read 10 tweets
20 Feb
De avondklok is (volgens @RIVM_vDissel):
1. Meer waarschijnlijk wel effectief dan niet effectief.
2. Dit is gebaseerd op boerenlogica.
3. Volgens modellen (lees: simulaties) werkzaam.
4. De onzekerheidsmarges zijn te groot om er een getal aan te koppelen.

nos.nl/l/t/2369470
Ad1.
Dit is semantiek. 51% kans dat iets werkzaam is, is groter dan 49% dat het niet werkzaam is, maar het zegt voor de praktijk bijna niets. Zou @RIVM_vDissel hier getallen aan kunnen koppelen?
Ad2.
Boerenlogica is enorm belangrijk, maar zou dit voldoende zijn om mensen te overtuigen van de effectiveit van deze maatregel? En zou inperking van grondwettelijke rechten van burgers gebaseerd moeten zijn op boerenverstand?
Read 5 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!


This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Too expensive? Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal Become our Patreon

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!

:(