Si une proportion suffisante de la population est immunisée contre un maladie infectieuse, elle ne peut plus causer d’épidémie. Ce seuil dépend du nombre de reproduction qui varie au cours du temps et dans l'espace. Peut-on envisager des immunités de groupe locales ? 1/10 thread
Si le nombre de reproduction de l’épidémie est noté R, alors le seuil d’immunité de groupe est 1-1/R. En l’absence de tout contrôle, on estime que R=R0=3 en France et donc le seuil national d’immunité de groupe serait de 66 %. Cf notre Rapport 2 covid-ete.ouvaton.org/Rapport2_Immun… 2/10
Précision : ce seuil suppose que l’immunité est parfaite après infection et aussi que la population n’est pas hétérogène. En théorie, des super-propagateurs pourraient être immunisés plus rapidement, permettant d’atteindre une immunité de groupe avec un seuil plus bas. 3/10
Mais cela reste très théorique et à Manaus au Brésil, par exemple, on estime que les 2/3 des habitant⋅e⋅s ont été infecté⋅e⋅s avant que l’épidémie ne reflue (et encore, ce reflux n’est peut-être pas durable). Et ceci a conduit à une immense catastrophe sanitaire ! 4/10
Aujourd’hui en France, le nombre de reproduction est estimé aux alentours de Rt=1,3. Donc, en théorie, il “suffirait” que 1-1/1,3 (soit 23 %) de la population soit immunisée pour que l’épidémie reflue sans mesure supplémentaire. Mais ce n’est pas si simple… 5/10
Selon la plupart des estimations, même dans les villes les plus touchées, on comptait en mai moins de 15 % de la population infectée. Nos modèle, qui supposent une proportion de létalité moyenne en France de 0,8 % trouvent qu’actuellement l’immunisation atteint près de 6 % 6/10
Donc pour atteindre les 25 %, il faudrait que la deuxième vague retouche des villes ou des quartiers déjà très touchés. Les données actuelles de propagation de l’épidémie ne semble pas suggérer de tel phénomène pour le moment. 7/10
Et surtout, la valeur du nombre de reproduction (Rt) prend déjà en compte l'immunisation. Ainsi, toujours avec nos 6 %, si l’ensemble de la France était sensible on aurait un Rt un peu plus élevé : 1,3/(1-0,06) = 1,38. Le seuil global à atteindre est donc 27 % et non 23 %. 8/10
Enfin, il y a des inconnues quant à la durée moyenne de l’immunité naturelle. Elle dure plusieurs mois mais pour ce qui est des années... Et ces calculs supposent le maintient des mesures de contrôle strict. Avec un relâchement, le seuil d'immunité de groupe ré-augmente. 9/10
En résumé, il est en théorie possible d'avoir une immunité de groupe dans des endroits très touchés. C’est actuellement peu probable en France vu la faible séroprévalence estimée. Et cet effet ne durerait qu’avec le maintien d’un contrôle strict. 10/10 @threadreaderapp unroll
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Les visons sont, comme beaucoup de mammifères, infectés par le #SARSCoV2 avec des symptômes légers. Les élevages peuvent donc être un réservoir. Et, pour la grippe aviaire, l'homogénéité génétique des animaux d'élevage favorise les souches virulentes. 2/10 adioscorona.org/themes-questio…
Il y a déjà eu des épidémies de #SARSCoV2 dans des élevages de visons aux Pays-Bas en juin qui ont conduit à des abattages massifs à cause des passages à l'homme (on a estimé que 50.000 infections ont été indirectement liées à ces élevages). 3/10 sciencemag.org/news/2020/06/c…
À partir des données de réa et décès #COVID19france au 26 oct (donc avant les couvre-feux), l'équipe (@MT_Sofonea) estime :
R(t) = 1,25 [1,20-1,30]
population actuellement infectée = 0,9 [0,8-1,2] %
infections par jour = 69.000 [56.000-89.000] doi.org/10.1101/2020.0… thread 1/8
Après une accalmie à la mi-septembre, l'épidémie repartirait plus rapidement en octobre. On estime aussi qu'au 26 oct, environ 5,7 [5,3 - 6,1] % de la population a été infectée. On détecte aussi une diminution de la proportion de létalité de 15 % avant et après juillet. 2/8
Scénario A, si les #couvrefeux ont eu un effet en diminuant le #nombre_de_reproduction sous 1 depuis le 17 oct, alors on s'attend à un pic épidémique vers la mi-novembre sous la barre des 4.000 lits occupés en réanimation. 3/8
La valeur du #R0 (nombre de reproduction de base) n'est pas spécifique à un agent infectieux. Elle a deux composantes, l'une biologique et l'autre sociale. Pour plus de détails sur son calcul, voir notre note covid-ete.ouvaton.org/Note_R0.html 1/6 thread
Toutes choses étant égales par ailleurs, plus un virus cause des infections longues, plus il survit longtemps dans l’environnement extérieur, plus les personnes infectées on des virémies élevées, plus le #R0 est élevé. C'est la dimension biologique (ou virologique). 2/6
Mais, pour un même virus, la population où il se propage joue un grand déterminant sur la valeur du #R0. Ainsi, le nombre de contacts par personne par unité de temps ou encore la structure des réseaux d'interactions entre les personnes influent sur le #R0. 3/6
Actuellement, la France met en place un contrôle strict local de l’épidémie de #COVID dans des villes ou départements quand des #seuils d’alerte sont dépassés. Ceci s’appelle « contrôle adaptatif » ou « #stop_and_go » en anglais. Thread 1/10
Cette option est différente du « contrôle cyclique », qui consisterait par exemple à fixer à l’avance les jours de la semaine où le contrôle strict s’exerce. Par exemple, on pourrait ne renforcer les mesures de contrôle que les mercredi et jeudi. 2/10
Une des différences est qu’avec le « contrôle adaptatif », il faut choisir le #seuil à partir duquel on active le contrôle renforcé. Parmi les différents #indicateurs, et vu la saturation actuelle des tests, le nombre d’admissions en #reanimation semble le plus pertinent. 3/10
En extrapolant la dynamique actuelle des données hospitalières, une saturation des services de réa/soins intensifs est à craindre courant novembre (cf. précédents tweets). Quand réagir, et avec quelle intensité ? Explorons ici les médianes de deux scénarios extrêmes. Thread 1/4
A) Scénario de contrôle léger mais précoce : une baisse du taux de transmission à un niveau comparable à celui du mois de juin doit être apportée au plus tard mi-octobre pour rester sous 5000 lits de réanimation occupés par des patients COVID (capacité pré-épidémique). 2/4
B) Scénario de contrôle tardif mais lourd : une baisse du taux de transmission à un niveau comparable à celui du confinement doit être apportée au plus tard mi-novembre pour rester sous la barre des 12000 patients COVID en réanimation (capacité étendue). 3/4
Pourquoi laisser le #COVID-19 se propager chez les plus jeunes n'est pas une si bonne idée... Thread 1/10
Car la proportion de létalité (#IFR) dépend de l'âge : environ 4 décès pour 100 infections pour les 70/79 ans, 2/100 pour le 60/69 ans, 0,5/100 pour les 50/59 ans (selon Verity et al 2020). covid-ete.ouvaton.org/Note_IFR.html 2/10
D'ailleurs, le fait que les personnes infectées en juillet/août étaient plus jeunes que celles en mars/avril permet d'expliquer une baisse de 30 % de la mortalité. 3/10