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5 Nov, 10 tweets, 7 min read
À propos de #mutations du #SARSCoV2 chez les #Visons au #Danemark peu d'infos et, au minimum, une communication catastrophique. Deux threads détaillés de @firefoxx66 et @BallouxFrancois qu'on résume en français 1/10 Thread
threadreaderapp.com/thread/1324085…
threadreaderapp.com/thread/1324095…
Les visons sont, comme beaucoup de mammifères, infectés par le #SARSCoV2 avec des symptômes légers. Les élevages peuvent donc être un réservoir. Et, pour la grippe aviaire, l'homogénéité génétique des animaux d'élevage favorise les souches virulentes. 2/10
adioscorona.org/themes-questio…
Il y a déjà eu des épidémies de #SARSCoV2 dans des élevages de visons aux Pays-Bas en juin qui ont conduit à des abattages massifs à cause des passages à l'homme (on a estimé que 50.000 infections ont été indirectement liées à ces élevages). 3/10
sciencemag.org/news/2020/06/c…
On sait aussi avec les travaux de @LucyvanDorp que quand on analyse les génomes ARN des virus, quelques mutations semblent être associées à ces visons. Autrement dit, le virus s'adapterait à ce type d'hôte. 4/10
Certes ces mutations sont dans la protéine #Spike mais il y a maintenant eu tellement d'infections que toutes les mutations simples viables sont déjà forcément apparues plusieurs fois chez des hôtes humains (avec peu/pas d'effets adaptatifs à part, peut-être pour D614G) 5/10
D'autre part, il n'existe pas encore de vaccin donc déclarer que la (ou les) mutation(s) détectées mettent en danger les vaccins semble pour le moins étrange... Encore une fois, ces mutations se sont déjà produites et se reproduiront. 6/10
À propos des virus dont parlent les autorités danoises on n'en sait pour le moment pas beaucoup plus mais Emma Hodcroft @firefoxx66 a trouvé deux rapports de septembre et octobre qui détaillent des infections #SARSCoV2 dans ces élevages et mentionnent certaines mutations. 7/10
À voir en détail dans son thread : l'une est une délétion sur les positions 21766-21771, qui touche la protéine #Spike et affecte l'efficacité des anticorps, mais circule déjà en Europe. 8/10
nextstrain.org/groups/neherla…
L'autre est une mutation (A22920T) décrite dans d'autres visons infectés et vraisemblablement liée à l'adaptation à l'hôte. Elle pourrait conférer au virus une meilleure affinité au récepteur #ACE2 comme le discute Jesse Bloom @jbloom_lab 9/10
Bref, à ce stade, une communication étrange, qui a peut-être plus à voir avec la difficulté d'annoncer publiquement l'extermination de 15 millions (!!!) de #Visons qu'avec l'évolution virale. Peut-être plus d'infos à venir... 10/10 #SARSCoV2 #COVID19 @threadreaderapp unroll

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6 Nov
#deuxiemeVague de #COVID19france : il est encore trop tôt pour estimer l'effet du #confinement2, notre modèle COVIDSIM nous permet de simuler 4 scénarios pour les prochaines semaines. 1/n Thread
Au cours de la 1e vague, le #confinement avait réduit le nb de reproduction (R) de 3 à 0,7 (cf nos estimations de l'époque : medrxiv.org/content/10.110…). Compte tenu des différences de restrictions entre les deux confinement, il est peu vraisemblable que le R actuel soit de 0,7. 2/n
Le scénario R = 0,7 (A) constitue donc une borne inférieure nette. En revanche, R = 1 correspond un à un contrôle insuffisant, qui appellerait à un durcissement des restrictions (que nous fixons arbitrairement au 15 novembre avec pour effet de R = 0,9 dès lors) (B). 3/n
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4 Nov
Si une proportion suffisante de la population est immunisée contre un maladie infectieuse, elle ne peut plus causer d’épidémie. Ce seuil dépend du nombre de reproduction qui varie au cours du temps et dans l'espace. Peut-on envisager des immunités de groupe locales ? 1/10 thread
Si le nombre de reproduction de l’épidémie est noté R, alors le seuil d’immunité de groupe est 1-1/R. En l’absence de tout contrôle, on estime que R=R0=3 en France et donc le seuil national d’immunité de groupe serait de 66 %. Cf notre Rapport 2
covid-ete.ouvaton.org/Rapport2_Immun… 2/10
Précision : ce seuil suppose que l’immunité est parfaite après infection et aussi que la population n’est pas hétérogène. En théorie, des super-propagateurs pourraient être immunisés plus rapidement, permettant d’atteindre une immunité de groupe avec un seuil plus bas. 3/10
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27 Oct
À partir des données de réa et décès #COVID19france au 26 oct (donc avant les couvre-feux), l'équipe (@MT_Sofonea) estime :
R(t) = 1,25 [1,20-1,30]
population actuellement infectée = 0,9 [0,8-1,2] %
infections par jour = 69.000 [56.000-89.000]
doi.org/10.1101/2020.0… thread 1/8
Après une accalmie à la mi-septembre, l'épidémie repartirait plus rapidement en octobre. On estime aussi qu'au 26 oct, environ 5,7 [5,3 - 6,1] % de la population a été infectée. On détecte aussi une diminution de la proportion de létalité de 15 % avant et après juillet. 2/8
Scénario A, si les #couvrefeux ont eu un effet en diminuant le #nombre_de_reproduction sous 1 depuis le 17 oct, alors on s'attend à un pic épidémique vers la mi-novembre sous la barre des 4.000 lits occupés en réanimation. 3/8
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21 Oct
La valeur du #R0 (nombre de reproduction de base) n'est pas spécifique à un agent infectieux. Elle a deux composantes, l'une biologique et l'autre sociale. Pour plus de détails sur son calcul, voir notre note covid-ete.ouvaton.org/Note_R0.html 1/6 thread
Toutes choses étant égales par ailleurs, plus un virus cause des infections longues, plus il survit longtemps dans l’environnement extérieur, plus les personnes infectées on des virémies élevées, plus le #R0 est élevé. C'est la dimension biologique (ou virologique). 2/6
Mais, pour un même virus, la population où il se propage joue un grand déterminant sur la valeur du #R0. Ainsi, le nombre de contacts par personne par unité de temps ou encore la structure des réseaux d'interactions entre les personnes influent sur le #R0. 3/6
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5 Oct
Actuellement, la France met en place un contrôle strict local de l’épidémie de #COVID dans des villes ou départements quand des #seuils d’alerte sont dépassés. Ceci s’appelle « contrôle adaptatif » ou « #stop_and_go » en anglais. Thread 1/10 Image
Cette option est différente du « contrôle cyclique », qui consisterait par exemple à fixer à l’avance les jours de la semaine où le contrôle strict s’exerce. Par exemple, on pourrait ne renforcer les mesures de contrôle que les mercredi et jeudi. 2/10
Une des différences est qu’avec le « contrôle adaptatif », il faut choisir le #seuil à partir duquel on active le contrôle renforcé. Parmi les différents #indicateurs, et vu la saturation actuelle des tests, le nombre d’admissions en #reanimation semble le plus pertinent. 3/10
Read 10 tweets
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15 Sep
En extrapolant la dynamique actuelle des données hospitalières, une saturation des services de réa/soins intensifs est à craindre courant novembre (cf. précédents tweets). Quand réagir, et avec quelle intensité ? Explorons ici les médianes de deux scénarios extrêmes. Thread 1/4
A) Scénario de contrôle léger mais précoce : une baisse du taux de transmission à un niveau comparable à celui du mois de juin doit être apportée au plus tard mi-octobre pour rester sous 5000 lits de réanimation occupés par des patients COVID (capacité pré-épidémique). 2/4
B) Scénario de contrôle tardif mais lourd : une baisse du taux de transmission à un niveau comparable à celui du confinement doit être apportée au plus tard mi-novembre pour rester sous la barre des 12000 patients COVID en réanimation (capacité étendue). 3/4
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