La prima permette a SARS-COV-2 di legarsi meglio al recettore ACE2, in altre parole i virus con questa mutazione riescono a entrare più facilmente nelle nostre cellule. 1/
Variante inglese 🇬🇧 (B.1.1.7), sudafricana 🇿🇦 (B.1.351) e brasiliana 🇧🇷 (P.1) hanno tutte quante la mutazione N501Y.
Probabilmente, è proprio per questo motivo che queste varianti tendono a essere più contagiose. 2/
La E484K, invece, aiuta il virus a sfuggire agli #anticorpi, pertanto potrebbe ridurre in parte l'efficacia dei #vaccini.
La #varianteinglese non ha questa mutazione (per ora), ma brasiliana e sudafricana sì. Per questo sono così temute! 3/
Tuttavia non dobbiamo pensare alle #varianti come entità immutabili. La mutazione E484K è già apparsa molte volte nel mondo in modo indipendente, e la cosa non stupisce, visto che conferisce al virus un evidente vantaggio. Probabilmente continuerà a farlo! 4/
In effetti, in #Inghilterra hanno già trovato alcune varianti inglesi dotate della E484K, ma anche varianti meno famose possono acquisire questa mutazione bonus e diventare improvvisamente "interessanti". 5/
E in Italia? Beh, di certo la E484K non ci manca: siamo al primo posto in Europa per numero di genomi P.1 depositati su @GISAID: ne abbiamo 12 su un totale europeo di 41!
Complessivamente, sono 17 le sequenze appartenenti a varianti dove la E484K è già "di serie". 6/
Giocando con i filtri dell'interfaccia di GISAID, però, si scoprono altre 3 sequenze sorprendentemente dotate della E484K.
Sono del lineage B.1.177, molto comune in Europa e noto anche come #variantespagnola 🇪🇸 7/
Si tratterebbe quindi di una sorta di spagnola "incattivita", che in teoria non dovrebbe avere questa mutazione.. Eppure ce l'ha!
Evidentemente l'ha acquisita, così come è successo in passato all'antenato della brasiliana, della sudafricana e a molti altri lineage. 8/
Nell'intero database GISAID ci sono più di 80mila sequenze del tipo B.1.177, e soltanto 18 di queste sono dotate della insidiosa E484K. Di quelle 18, 3 sono state trovate in #Campania. Che jella, eh? 9/
Per fortuna, non sono state depositate altre sequenze simili ad eccezione di queste 3, che risalgono a fine dicembre.
Considerato che la Campania ha una buona sorveglianza genomica, possiamo stare tranquilli: il nuovo ceppo non dovrebbe essersi diffuso molto. 10/
Quelle tre sequenze, però, ci ricordano che il virus continua a evolversi, e può acquisire nuove mutazioni quando meno ce lo aspettiamo. Più circola, più muta: funziona così!
Che fare quindi? Vaccinare tutti velocemente, rallentare i contagi e, ovviamente, #sequenziare.
• • •
Missing some Tweet in this thread? You can try to
force a refresh
Question for bioinformaticians! Believe it or not, the first genome of bat virus #RaTG13 had some nucleotides that were supported by zero reads: in other words, the genome didn't match the sequences that were used to assemble it. How is it possible? 1/ #originsofSARSCoV2
Assemblers are computer programs, they do not "invent" nucleotides. So, what happened here? My explanation was that this genome was assembled using other reads, maybe in addition to the ones that were uploaded. 2/
In that case, I expected the authors to upload the missing reads.. Instead they did the opposite: they updated the genome, replacing the nucleotides supported by zero reads with the correct ones. So, the question is: how the heck did they assemble the genome the first time? 3/
Conspiracist, May 2020: "Look, these sequences in database are dated 2017/2018. So you didn't sequence RaTG13 this year, as you wrote in the paper!" 🔬
Average scientist, May 2020: 😴
Shi Zhengli, July 2020: "Yes, actually we got the sequence in 2018."
2/
Conspiracist, May 2020: "Have a look at these Chinese theses we found on the internet: RaTG13 was found in a #mineshaft were people died of #pneumonia!" 😱
Average scientist, May 2020: 😴
Shi Zhengli, June 2020: "Oh yes we found it there, but.. well, the cause was a fungus"
3/
Ora, è vero che a Wuhan facevano chimere a scopi di ricerca, ma questi due virus sono troppo diversi da SARS2 per essere i suoi antenati diretti. 2/
Il nuovo #coronavirus infatti ha una similarità dell'87% con questi due virus, troppo poco per essere il risultato di una loro ricombinazione (il virus più simile a SARS2 è #RaTG13). 3/
Il modello di @istsupsan che ha guidato le decisioni del governo sulla fase 2 è un modello SIR stocastico strutturato per età. Uno dei punti di partenza è questa tabella, che quantifica i contatti medi degli italiani in base a età e luogo del contatto. 1/
La suddivisione dei lavoratori in base al settore di attività (es. edilizia, manifattura) si basa su dati INAIL. Il modello fa molte assunzioni: ad esempio ipotizza che i contatti nel tempo libero passino dal 10% (dati Google) al 34% in caso di apertura di bar e ristoranti. 2/
Le simulazioni prevedono due modalità di trasmissione della malattia: uno immagina che siamo tutti ugualmente suscettibili all'infezione, l'altro ipotizza che gli anziani siano più suscettibili della fascia 15-64, che a sua volta è più suscettibile dei bambini. 3/