Thread by @FilipeDeVadder

[MICROBIOTA JOURNAL CLUB] A new paper published in Science goes wild on mice. Let's take a look at the story:
dx.doi.org/10.1126/scienc…
[Ça arrive en français dans la foulée]

For those not familiar with laboratory mice, the most commonly used mouse in a lab is a strain called C57Bl/6J. This strain was developed in Jackson Laboratories from the original C57Bl strain obtained in 1921. It is an inbred strain, so genetical variations are minimal.

Besides, mice are kept in clean and pathogen-free facilities (ranging from conventional to SOPF), so the environment is far from that encountered by wild mice.
jax.org/strain/000664

In 2017, Barbara Rehermann’s team had already published a paper in Cell:
doi.org/10.1016/j.cell…

They found that the microbiota from lab mice and wild mice differed significantly (which could be expected). But overall, natural gut microbiota improved outcome in viral infection and tumorigenesis models. So “dirty” mice did not behave like “clean” mice.

What’s new in this study? Well, they also captured wild mice, but they did something quite awesome. Instead of germ-free rederivation by embryo transfer, they transferred the embryos of laboratory mice into wild-type mice. INVERSE GERM-FREE REDERIVATION!

Thus, these wildling mice were genetically identical to laboratory mice but were in contact with the environment of wild mice, especially their microbiota.
Their microbiota resembles that of wild mice.

Moreover, while their genetic background is that of laboratory mice, their immune landscape was shaped by the presence of the wild environment.

In order to test the resilience of this wildlings, the mice were subjected to two stressful environments for the microbiota: antibiotics and high fat choline-deficient diet.
Again, the wildling microbiota was resilient and outcompeted the lab microbiota.

So, what to do with these mice? Lab mice live in a clean environment, so they’re probably not the best model for immunology.

The authors looked at two clinical trials on the immune system that had succeeded in mice but failed in humans (the CD-28 superagonist and an anti-TNF-α treatment for sceptic shock.

In wildling mice, these two trials failed to give any positive results.

This is a very interesting study, showing how important a “dirty” microbiota can be for a mature and functional immune system. If these mice are more widely used and can predict the outcome of more clinical trials (at least related to immunology), it is a great thing.

I’m looking forward to future studies using the wildling model.

[EN FRANÇAIS] Nature sauvage et microbiote: une nouvelle étude publiée dans Science
dx.doi.org/10.1126/scienc…

Pour celles et ceux qui ne connaissent pas le modèle murin de laboratoire, la souris la plus utilisée en laboratoire est la souche C57Bl/6. Cette souche a été développée par les laboratoires Jackson, à partir de la souche C57Bl obtenue en 1921.

Dans les conditions de laboratoire, les souris sont issues de croisements consanguins, minimisant les variations génétiques. De plus, les souris sont maintenues dans un environnement propre dépourvu de pathogènes, donc à l'exact opposé de ce que l'on trouve dans la nature.

En 2017, l'équipe de Barbara Rehermann avait déjà publié un papier dans Cell à propos de souris sauvages.
doi.org/10.1016/j.cell…

Le microbiote des souris sauvages et de laboratoire était très différent (ce qui n'est guère surprenant) mais surtout le microbiote sauvage donnait une meilleure protection contre des infections virales et le développement de tumeurs.

Quelle est la nouveauté de l'étude? Les auteurs ont capturé des souris sauvages et ont effectué une redérivation axénique inverse. Voilà. Ils ont transféré les embryons (stériles) de souris de laboratoires à des mères porteuses sauvages. La GPA des souris.

Les souris issues, les souris SAUVAGEONNES, sont identiques génétiquement aux souris de laboratoire mais possèdent un microbiote sauvage.

De plus, alors que leur génétique est celle des souris de laboratoire, leur système immunitaire réagit comme celui des souris sauvages.

Pour tester la résilience du microbiote, les chercheurs ont soumis les souris à 2 stress du microbiote: un traitement antibiotique et un régime riche en graisses mais très pauvre en choline. Et là encore, le microbiote sauvageon a mieux réagi que le microbiote de laboratoire.

Que faire avec ces souris? Les souris de laboratoire vivent dans un environnement propre, est-ce que ce sont de bons modèles en immunologie?

Les auteurs ont testé 2 molécules ayant passé en phase 1 chez l'être humain, suite à de bons résultats chez la souris (mais dont les résultats sur l'humain ont été mauvais): le superagoniste CD-28 et un traitement anti TNF-α pour le choc sceptique.

Chez la souris sauvageone, ces molécules n'ont pas non plus donné de résultats positifs.

Cette souris au microbiote sauvageon, mais dont on contrôle la génétique, est-elle un meilleur modèle prédictif pour les études humaines en immunologie? Le futur le dira, mais le modèle est prometteur. On attend dans un futur (proche?) de nouvelles études avec ce modèle.

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