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18 Nov, 15 tweets, 7 min read
Dans @lemondefr, @JeanCASTEX déclare qu'il était « extrêmement difficile d’anticiper » la #deuxiemevague de #COVID19. Petit retour sur les prévisions de @santeprevention et du Conseil Scientifique depuis juillet... 1/n Thread
lemonde.fr/politique/arti…
27 Juillet, le Conseil Scientifique écrit dans on avis n°8 : "A moyen terme, cet avis envisage ce que pourrait être une reprise de la circulation du virus à un haut niveau à l'automne 2020."
solidarites-sante.gouv.fr/actualites/pre…
2/n
4 août : le conseil scientifique alerte via @franceinfo francetvinfo.fr/sante/maladie/…]
3/n
27 août, @santeprevention annonce dans son point épidémiologique : "Depuis début juillet (semaine 29), la progression de l’épidémie est exponentielle"
santepubliquefrance.fr/maladies-et-tr… #maladiesEtInfectionsRespiratoires
4/n
2 Septembre, @santeprevention indique même "En France métropolitaine, la progression de la circulation virale est exponentielle. La dynamique de la transmission en forte croissance est préoccupante."
5/n
9 septembre : le président du Conseil Scientifique alerte sur la croissance exponentielle en disant «la courbe est exponentielle et c'est inquiétant» liberation.fr/terre/2020/09/… via @libe
6/n
10 Septembre, les prévisions de notre équipe sur la tendance d'alors pointent un risque de saturation des soins en novembre.

7/n
12 Septembre : le Conseil Scientifique écrit dans une note que "La situation épidémiologique actuelle en France est contrastée et préoccupante dans certaines métropoles."
solidarites-sante.gouv.fr/actualites/pre…
8/n
22 Septembre, dans une Note d'alerte, le CS écrit : "La France est confrontée à une dégradation de la situation épidémiologique. [...]
9/n
[...] Le virus a commencé à circuler chez les jeunes cet été mais, faute de mesures barrières suffisantes, on observe actuellement un phénomène de propagation à l’ensemble des groupes d’âge."
10/n
 solidarites-sante.gouv.fr/actualites/pre…
24 Septembre, @santeprevention dans son point épidémiologique hebdomadaire écrit "Les admissions en réanimation augmentent désormais de manière exponentielle."
11/n
 santepubliquefrance.fr/maladies-et-tr… #maladiesEtInfectionsRespiratoires
19 octobre : le conseil scientifique écrit dans son avis que "La situation épidémiologique s’est dégradée dans plusieurs grandes métropoles au cours des dernières semaines."
12/n
24 octobre : note Rapport 13 montre une cohérence des temps de doublement de l'épidémie de #COVID19france depuis le 24 août (à l'exception d'un ralentissement entre le 21 septembre et le 4 octobre).

13/n
26 octobre : le conseil scientifique parle dans une note d'une "circulation virale hors contrôle"
solidarites-sante.gouv.fr/actualites/pre…
14/n
Bref, la #deuxiemevague a commencé en juillet et son accélération est visible dans les données depuis la mi-septembre.
15/n @threadreaderapp unroll

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20 Nov
À partir des chiffres hospitaliers et des décès jusqu’au 17 nov, nous estimons avec #COVIDSIM un Rt national de 0.82 [0.70 - 0.89] avec actuellement entre 180.000 et 380.000 porteuses de l’infection et de 11.800 à 30.700 nouvelles infections par jour. 1/n Thread
Ceci correspond à notre scénario "plus réaliste" mais "optimiste" d'autant que la baisse du nombre de reproduction semble avoir été amorcée avant le début du confinement (effet #couvrefeux et/ou #vacances). 2/n
Si la tendance se poursuit, au 1er Déc la prévalence serait de l’ordre de 178.000, les admissions en réa entre 130 et 300 par jour (contre 350 environ aujourd'hui) et il y aurait environ 13.000 nouvelles infections par jour (entre 5.400 et 23.200). 3/n
Read 5 tweets
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18 Nov
Probablement du fait de la baisse des températures, les pays européens augmentent les mesures de restriction contre #Covid_19 (couvre-feux, confinement suggéré, imposé...).

Une grosse différence réside dans le #seuil de déclenchement de ces mesures strictes.

1/n Thread
Pour la variation des mesures de contrôle, il existe une visualisation par @OurWorldInData avec un indice de sévérité de la réponse (même si cet indice reste relativement arbitraire).

2/n
 ourworldindata.org/grapher/covid-…
Dans certains pays comme l'Angleterre, l'Italie ou la France, le seuil de déclenchement du durcissement semble très élevé. En France, on a attendu que les services de réanimation soient remplis au tiers de patient⋅e⋅s #COVID19.

3/n
Read 11 tweets
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11 Nov
Ralentissement encore plus prononcé des temps de doublement de l'épidémie calculés sur les hospitalisations #COVID19 au niveau national au 10 nov. : environ 51 jours sur les 7 derniers jours, contre 21 jours la semaine précédente et 10 jours lors de l'annonce du confinement.
1/10
Rappelons que l'effet du confinement national n'est pas encore visible : les hospitalisations du 3 au 10 novembre reflètent l'état de l'épidémie entre le 16 et 31 octobre environ car il s'écoule entre 10 à 18 entre infection et hospitalisation.
2/10
medrxiv.org/content/10.110…
On voit aussi une hétérogénéité des nombre de reproduction calculés sur les hospitalisations dans les départements au 8 novembre (noir croissance, bleu foncé croissance potentielle, bleu clair décroissance potentielle, détails sur la légende sur covid-ete.ouvaton.org).
3/10
Read 10 tweets
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6 Nov
#deuxiemeVague de #COVID19france : il est encore trop tôt pour estimer l'effet du #confinement2, notre modèle COVIDSIM nous permet de simuler 4 scénarios pour les prochaines semaines. 1/n Thread
Au cours de la 1e vague, le #confinement avait réduit le nb de reproduction (R) de 3 à 0,7 (cf nos estimations de l'époque : medrxiv.org/content/10.110…). Compte tenu des différences de restrictions entre les deux confinement, il est peu vraisemblable que le R actuel soit de 0,7. 2/n
Le scénario R = 0,7 (A) constitue donc une borne inférieure nette. En revanche, R = 1 correspond un à un contrôle insuffisant, qui appellerait à un durcissement des restrictions (que nous fixons arbitrairement au 15 novembre avec pour effet de R = 0,9 dès lors) (B). 3/n
Read 11 tweets
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5 Nov
À propos de #mutations du #SARSCoV2 chez les #Visons au #Danemark peu d'infos et, au minimum, une communication catastrophique. Deux threads détaillés de @firefoxx66 et @BallouxFrancois qu'on résume en français 1/10 Thread
threadreaderapp.com/thread/1324085…
threadreaderapp.com/thread/1324095…
Les visons sont, comme beaucoup de mammifères, infectés par le #SARSCoV2 avec des symptômes légers. Les élevages peuvent donc être un réservoir. Et, pour la grippe aviaire, l'homogénéité génétique des animaux d'élevage favorise les souches virulentes. 2/10
adioscorona.org/themes-questio…
Il y a déjà eu des épidémies de #SARSCoV2 dans des élevages de visons aux Pays-Bas en juin qui ont conduit à des abattages massifs à cause des passages à l'homme (on a estimé que 50.000 infections ont été indirectement liées à ces élevages). 3/10
sciencemag.org/news/2020/06/c…
Read 10 tweets
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4 Nov
Si une proportion suffisante de la population est immunisée contre un maladie infectieuse, elle ne peut plus causer d’épidémie. Ce seuil dépend du nombre de reproduction qui varie au cours du temps et dans l'espace. Peut-on envisager des immunités de groupe locales ? 1/10 thread
Si le nombre de reproduction de l’épidémie est noté R, alors le seuil d’immunité de groupe est 1-1/R. En l’absence de tout contrôle, on estime que R=R0=3 en France et donc le seuil national d’immunité de groupe serait de 66 %. Cf notre Rapport 2
covid-ete.ouvaton.org/Rapport2_Immun… 2/10
Précision : ce seuil suppose que l’immunité est parfaite après infection et aussi que la population n’est pas hétérogène. En théorie, des super-propagateurs pourraient être immunisés plus rapidement, permettant d’atteindre une immunité de groupe avec un seuil plus bas. 3/10
Read 10 tweets

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