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9 Jan, 8 tweets, 8 min read
Comment pourrait évoluer la #virulence du #SARSCoV2 pour l'homme ?

Quelques éléments de réponse dans ce #thread.

Pour des détails, il y a notre Rapport 12 du mois d'août :
covid-ete.ouvaton.org/Rapport12.html

1/N
La #virulence est le mal qu’un parasite (virus, bactérie,...) fait à son hôte.

Dans le cas du #SARS-CoV-2, on peut la mesurer via le risque d’être hospitalisé ou de décéder. Sachant que cela dépend fortement de l’âge.
thelancet.com/journals/lanin…
2/N
Contrairement à une idée répandue, les parasites n’évoluent pas tous pour rapidement devenir avirulents.

La #tuberculose est restée virulente.

Quand au #VIH, sa virulence semble même avoir #augmenté depuis les années 1980.
thelancet.com/journals/lanhi…
3/N
Plusieurs facteurs façonnent l’évolution de la virulence des maladies infectieuses (type de transmission, forme des réseaux de contacts, structure spatiale, politiques de santé publiques)…

Plus de détails dans ce livre (chapitre 3) :
inee.cnrs.fr/fr/evolution-e…
4/N
Au vu des connaissances actuelles, une évolution de la #virulence du #SARSCoV2 semble peu plausible à court terme.

D'abord on a pas vraiment détecté de variant qui ait une virulence plus faible (à moins d'avoir un taux de transmission très faible).

nature.com/articles/s4158…
5/N
La seconde raison pour laquelle la #virulence semble peu susceptible de diminuer est qu’elle joue peu sur le #R0 : 95 % des transmissions ont lieu avant le 11e jour post-infection alors que les hospitalisations ont lieu vers le 14e jour.

medrxiv.org/content/10.110…
6/N
Une #hausse de la #virulence semble aussi, pour le moment, improbable : il faudrait qu'une virulence plus élevée soit associée à une transmission plus élevée.

Une telle corrélation semble vraie pour le #VIH mais n’a pas été démontrée pour le #SARSCoV2
science.sciencemag.org/content/343/61…
7/N
Mais il est clair que la #vaccination exerce une pression de sélection majeure, du point de vue du virus, et qu’il convient de suivre les #mutations dans la population virale ainsi que les charges virales associées.

journals.plos.org/plosbiology/ar…
8/N @threadreaderapp unroll merci !

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24 Dec 20
Si la tendance de hausse lente de l'épidémie observée depuis décembre se maintient (R entre 1,0 et 1,1), contrairement à la première vague les services hospitaliers demeureront sous tension (3000 personnes en soins intensifs au 1er Fév selon un scénario médian). 1/5 thread
Si on rajoute un effet du réveillon de Noël (supposons R = 1,5 pendant 2 jours), cela suffirait malheureusement à faire repartir l'épidémie avec un risque prononcé d'avoir plus de 3000 personnes en soins intensifs au 1er Fév. 2/5
Une réponse à ce risque potentiel qui, selon les médias, se discuterait en haut lieu serait de reconfiner la population très vite. Effectivement, un reconfinement dès le 26 Déc faisant passer le R à 0,8 enraye l'épidémie. 3/5
Read 5 tweets
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13 Dec 20
Le 8 Déc, le Directeur Général Délégué à l’Innovation du @CNRS a écrit pour vendre le plan du gouvernement de 300 M€ pour "préserver l’emploi dans la R&D".

Traduction : amplifier la #fraude_fiscale du crédit impôt recherche #CIR.

Avec un beau lapsus en prime (page 2) !

1/n
M. Jean-Luc Moullet, le délégué à l’innovation en question, est une incarnation du « pantouflage » à la française.

cnrs.fr/fr/personne/je…

2/n
Il incarne aussi ce fossé entre une direction du @CNRS au service des gouvernements (qui les nomment), ne comprenant que le #Buisness, et les personnels, dédiés au #servicepublic et à la #recherche_fondamentale.

lemonde.fr/blog/huet/2018…

3/n
Read 7 tweets
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7 Dec 20
Le temps de division par 2 des hospitalisations #COVID19 est d'environ 50 jours avec les chiffres du 6 Déc (état de l'épidémie la semaine du 16 Nov).

L'épidémie ralentit moins vite que les deux semaines précédentes où les temps étaient respectivment de 12,5 et 21 jours.

1/n
Si on regarde les admissions en réanimation, l'effet est moins prononcé avec une taille d'épidémie qui se divise par deux tous les 25 jours (contre 12 et 17 jours les deux semaines précédentes).

Toutefois, il y a aussi plus de bruit car moins de cas...

2/n
Sur les dépistages (RT-PCR et antigéniques), la baisse est très forte la semaine du 29 Nov (division tous les 6 jours) avec un ralentissement la semaine du 22 Nov (division tous les 40 jours).

Toutefois les données de dépistage sont peu idéales (cf nos tweets précédents).

3/n
Read 8 tweets
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20 Nov 20
À partir des chiffres hospitaliers et des décès jusqu’au 17 nov, nous estimons avec #COVIDSIM un Rt national de 0.82 [0.70 - 0.89] avec actuellement entre 180.000 et 380.000 porteuses de l’infection et de 11.800 à 30.700 nouvelles infections par jour. 1/n Thread
Ceci correspond à notre scénario "plus réaliste" mais "optimiste" d'autant que la baisse du nombre de reproduction semble avoir été amorcée avant le début du confinement (effet #couvrefeux et/ou #vacances). 2/n
Si la tendance se poursuit, au 1er Déc la prévalence serait de l’ordre de 178.000, les admissions en réa entre 130 et 300 par jour (contre 350 environ aujourd'hui) et il y aurait environ 13.000 nouvelles infections par jour (entre 5.400 et 23.200). 3/n
Read 5 tweets
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18 Nov 20
Probablement du fait de la baisse des températures, les pays européens augmentent les mesures de restriction contre #Covid_19 (couvre-feux, confinement suggéré, imposé...).

Une grosse différence réside dans le #seuil de déclenchement de ces mesures strictes.

1/n Thread
Pour la variation des mesures de contrôle, il existe une visualisation par @OurWorldInData avec un indice de sévérité de la réponse (même si cet indice reste relativement arbitraire).

2/n
 ourworldindata.org/grapher/covid-…
Dans certains pays comme l'Angleterre, l'Italie ou la France, le seuil de déclenchement du durcissement semble très élevé. En France, on a attendu que les services de réanimation soient remplis au tiers de patient⋅e⋅s #COVID19.

3/n
Read 11 tweets
ETE Fr Profile picture
18 Nov 20
Dans @lemondefr, @JeanCASTEX déclare qu'il était « extrêmement difficile d’anticiper » la #deuxiemevague de #COVID19. Petit retour sur les prévisions de @santeprevention et du Conseil Scientifique depuis juillet... 1/n Thread
lemonde.fr/politique/arti…
27 Juillet, le Conseil Scientifique écrit dans on avis n°8 : "A moyen terme, cet avis envisage ce que pourrait être une reprise de la circulation du virus à un haut niveau à l'automne 2020."
solidarites-sante.gouv.fr/actualites/pre…
2/n
4 août : le conseil scientifique alerte via @franceinfo francetvinfo.fr/sante/maladie/…]
3/n
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