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11 Jan, 9 tweets, 4 min read
First analyses support the idea that #B117 #SARSCoV2 #VOC has an increased transmissibility but unchanged clinical severity compared to already circulating variants. Is really an increase in transmission more problematic than an increase in lethality? Well, it depends. Thread 1/N
To keep things simple, let us, once again, take the canonical SIR model (Kermack & McKendrick, 1927) and look at how the cumulative mortality of COVID-19 would vary through time assuming no initial immunity (nor vaccination) but public health measures such that R < R0 = 3. 2/N
We explore 3 hypothetical scenarios: 1 (in grey) is the baseline -- as if the mutations carried by the variant were epidemiologically neutral; 2 (in pink) simulates a 50% increase in transmission and 3 (in blue) represents a 50% increase in lethality. 3/N
Through a strongly slowed down, yet not under control, epidemic with a background R equal to 1.1, the emergence of a more transmissible variant is in any point more worrying than a deadlier variant: both the immediate (hospital strain) and final death toll are far greater. 4/N Image
However, under a more rapidly spreading epidemic with background R = 1.6, the final death toll is greater in the case of the deadlier variant, while the more contagious variant still induce a steeper initial increase in population mortality. 5/N Image
To generalise, this graph shows that an increase in transmission has a greater impact on the two long-term metric (the final attack rate and the herd immunity threshold, both weighted by the IFR) compared to an increase in lethality only for small values of R. 6/N
7/N thanks @threadreaderapp unroll
8/N threadreaderapp unroll Image
This (mean-field hence simplified) approach suggests that the long-term death toll of a deadlier variant would actually be greater than an equivalently more transmissible variant in areas where the epidemic is already rapidly spreading @AdamJKucharski @threadreaderapp unroll 8/8 Image

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11 Jan
Le #variant #B117 de #SARSCoV2 détecté outre-Manche fait la une.

Des modèles de fin Déc suggèrent que son R0 est plus de 50 % supérieur aux autres variants.

Cause ou conséquence ? Le variant s’est-il fixé « par hasard » ou de par son avantage ?

On en sait un peu plus.

1/N
Le #variant #B117 a été détecté car 25 % des tests #PCR britanniques ont 3 cibles dans le génome viral et, pour le #B117, 2 sur 3 sont positives. Mais seul le séquençage permet d’être sûr.

Selon @PHE_uk, en Oct, 3 % des tests douteux étaient liés à #B117, en Déc > 95 %

2/N
Les analyses préliminaires de @cmmid_lshtm montrent que ce #variant s’est propagé rapidement dans des régions mais pas dans d’autres.

Les données de mobilité ne semblent pas expliquer ces différences. L'avantage de #B117 serait alors de 50 à 74 %.

cmmid.github.io/topics/covid19…
3/N
Read 11 tweets
9 Jan
Comment pourrait évoluer la #virulence du #SARSCoV2 pour l'homme ?

Quelques éléments de réponse dans ce #thread.

Pour des détails, il y a notre Rapport 12 du mois d'août :
covid-ete.ouvaton.org/Rapport12.html

1/N
La #virulence est le mal qu’un parasite (virus, bactérie,...) fait à son hôte.

Dans le cas du #SARS-CoV-2, on peut la mesurer via le risque d’être hospitalisé ou de décéder. Sachant que cela dépend fortement de l’âge.
thelancet.com/journals/lanin…
2/N
Contrairement à une idée répandue, les parasites n’évoluent pas tous pour rapidement devenir avirulents.

La #tuberculose est restée virulente.

Quand au #VIH, sa virulence semble même avoir #augmenté depuis les années 1980.
thelancet.com/journals/lanhi…
3/N
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24 Dec 20
Si la tendance de hausse lente de l'épidémie observée depuis décembre se maintient (R entre 1,0 et 1,1), contrairement à la première vague les services hospitaliers demeureront sous tension (3000 personnes en soins intensifs au 1er Fév selon un scénario médian). 1/5 thread
Si on rajoute un effet du réveillon de Noël (supposons R = 1,5 pendant 2 jours), cela suffirait malheureusement à faire repartir l'épidémie avec un risque prononcé d'avoir plus de 3000 personnes en soins intensifs au 1er Fév. 2/5
Une réponse à ce risque potentiel qui, selon les médias, se discuterait en haut lieu serait de reconfiner la population très vite. Effectivement, un reconfinement dès le 26 Déc faisant passer le R à 0,8 enraye l'épidémie. 3/5
Read 5 tweets
13 Dec 20
Le 8 Déc, le Directeur Général Délégué à l’Innovation du @CNRS a écrit pour vendre le plan du gouvernement de 300 M€ pour "préserver l’emploi dans la R&D".

Traduction : amplifier la #fraude_fiscale du crédit impôt recherche #CIR.

Avec un beau lapsus en prime (page 2) !

1/n
M. Jean-Luc Moullet, le délégué à l’innovation en question, est une incarnation du « pantouflage » à la française.

cnrs.fr/fr/personne/je…

2/n
Il incarne aussi ce fossé entre une direction du @CNRS au service des gouvernements (qui les nomment), ne comprenant que le #Buisness, et les personnels, dédiés au #servicepublic et à la #recherche_fondamentale.

lemonde.fr/blog/huet/2018…

3/n
Read 7 tweets
7 Dec 20
Le temps de division par 2 des hospitalisations #COVID19 est d'environ 50 jours avec les chiffres du 6 Déc (état de l'épidémie la semaine du 16 Nov).

L'épidémie ralentit moins vite que les deux semaines précédentes où les temps étaient respectivment de 12,5 et 21 jours.

1/n
Si on regarde les admissions en réanimation, l'effet est moins prononcé avec une taille d'épidémie qui se divise par deux tous les 25 jours (contre 12 et 17 jours les deux semaines précédentes).

Toutefois, il y a aussi plus de bruit car moins de cas...

2/n
Sur les dépistages (RT-PCR et antigéniques), la baisse est très forte la semaine du 29 Nov (division tous les 6 jours) avec un ralentissement la semaine du 22 Nov (division tous les 40 jours).

Toutefois les données de dépistage sont peu idéales (cf nos tweets précédents).

3/n
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20 Nov 20
À partir des chiffres hospitaliers et des décès jusqu’au 17 nov, nous estimons avec #COVIDSIM un Rt national de 0.82 [0.70 - 0.89] avec actuellement entre 180.000 et 380.000 porteuses de l’infection et de 11.800 à 30.700 nouvelles infections par jour. 1/n Thread
Ceci correspond à notre scénario "plus réaliste" mais "optimiste" d'autant que la baisse du nombre de reproduction semble avoir été amorcée avant le début du confinement (effet #couvrefeux et/ou #vacances). 2/n
Si la tendance se poursuit, au 1er Déc la prévalence serait de l’ordre de 178.000, les admissions en réa entre 130 et 300 par jour (contre 350 environ aujourd'hui) et il y aurait environ 13.000 nouvelles infections par jour (entre 5.400 et 23.200). 3/n
Read 5 tweets

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