Le #variant #B117 de #SARSCoV2 détecté outre-Manche fait la une.
Des modèles de fin Déc suggèrent que son R0 est plus de 50 % supérieur aux autres variants.
Cause ou conséquence ? Le variant s’est-il fixé « par hasard » ou de par son avantage ?
On en sait un peu plus.
1/N
Des modèles de fin Déc suggèrent que son R0 est plus de 50 % supérieur aux autres variants.
Cause ou conséquence ? Le variant s’est-il fixé « par hasard » ou de par son avantage ?
On en sait un peu plus.
1/N
Le #variant #B117 a été détecté car 25 % des tests #PCR britanniques ont 3 cibles dans le génome viral et, pour le #B117, 2 sur 3 sont positives. Mais seul le séquençage permet d’être sûr.
Selon @PHE_uk, en Oct, 3 % des tests douteux étaient liés à #B117, en Déc > 95 %
2/N
Selon @PHE_uk, en Oct, 3 % des tests douteux étaient liés à #B117, en Déc > 95 %
2/N
Les analyses préliminaires de @cmmid_lshtm montrent que ce #variant s’est propagé rapidement dans des régions mais pas dans d’autres.
Les données de mobilité ne semblent pas expliquer ces différences. L'avantage de #B117 serait alors de 50 à 74 %.
cmmid.github.io/topics/covid19…
3/N
Les données de mobilité ne semblent pas expliquer ces différences. L'avantage de #B117 serait alors de 50 à 74 %.
cmmid.github.io/topics/covid19…
3/N
Une autre publication d’@ImperialMed avec des données spatiales fines trouve des résultats similaires : une hausse d’environ 50 % de la transmission du #variant #B117 et pas de différence de virulence.
Les plus jeunes seraient un peu plus touchés.
imperial.ac.uk/mrc-global-inf…
4/N
Les plus jeunes seraient un peu plus touchés.
imperial.ac.uk/mrc-global-inf…
4/N
Mais tout cela ne pourrait-il pas venir de différences épidémiologiques ?
Quand une population est en croissance exponentielle, la pression de sélection est très faible et n’importe quelle mutation (même délétère !) peut devenir majoritaire par hasard dans cette population.
5/N
Quand une population est en croissance exponentielle, la pression de sélection est très faible et n’importe quelle mutation (même délétère !) peut devenir majoritaire par hasard dans cette population.
5/N
Un rapport récent de @PHE_uk fournit des données de suivi de contact sur près d'un million d'infections de Nov à Déc (!!!).
L'infection par le #variant #B117 conduirait à infecter 10 à 70 % plus de ses contacts que l'infection par une autre souche.
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
6/N
L'infection par le #variant #B117 conduirait à infecter 10 à 70 % plus de ses contacts que l'infection par une autre souche.
assets.publishing.service.gov.uk/government/upl…
6/N
Donc, selon le rapport @PHE_UK, l'avantage du variant est bien détecté dans toutes les régions d'Angleterre (et les différentes classes d'âge).
En chipotant, il manque la structure temporelle par semaine mais selon les rapports précédents elle joue peu.
7/N
En chipotant, il manque la structure temporelle par semaine mais selon les rapports précédents elle joue peu.
7/N
Le génome du #variant #B117 a été détecté par séquençage dans les eaux usées de Lausanne et d’une station de ski suisse entre les 9 et 21 Déc.
medrxiv.org/content/10.110…
Il y a donc très vraisemblablement déjà eu de nombreuses introductions du variant en France.
7/N
medrxiv.org/content/10.110…
Il y a donc très vraisemblablement déjà eu de nombreuses introductions du variant en France.
7/N
Un suivi détaillé des occurrences du variant est disponible ici :
cov-lineages.org/global_report_…
30 pays l'ont détecté (avec, pour la France, des sources d'origines des données qui illustrent l'#OpenData dans le pays)
8/N
cov-lineages.org/global_report_…
30 pays l'ont détecté (avec, pour la France, des sources d'origines des données qui illustrent l'#OpenData dans le pays)
8/N
En résumé, il semblerait que le #variant #B117 #SARSCoV2 détecté en #Angleterre soit effectivement plus transmissible que la moyenne, cette hausse de #R0 restant à préciser.
Idem pour les effets âges, potentiellement liés à la structure du réseau de contact local.
9/N
Idem pour les effets âges, potentiellement liés à la structure du réseau de contact local.
9/N
L’évolution du #variant de change pas les choses qualitativement : en absence d'immunisation suffisante, les interventions non-pharmaceutiques (distanciation physique, port du masque, gestes barrières, ventilation,...) restent essentielles.
10/N
@threadreaderapp unroll merci
10/N
@threadreaderapp unroll merci
• • •
Missing some Tweet in this thread? You can try to
force a refresh
