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Jun 2 14 tweets 15 min read
Sur les cas de #variole #simesque (#MPXV) détectés de par le monde, quelques réflexions d'épidémiologie, de modélisation et d'évolution de l'équipe.

Car, pour le moment, ce sont surtout les #génomes viraux qui apportent des indications !

ecdc.europa.eu/en/news-events…

1/N
Sans entrer dans les détails, ces infections sont causées par un (gros) #virus à #ADN.

Pour des détails cliniques et thérapeutiques, @MarcGozlan a un post très détaillé en #acceslibre 👇
lemonde.fr/blog/realitesb…

2/N
Les épidémies de #MPXV sont beaucoup étudiées par les modélisateurs car elles ont, habituellement, un #R0<1. Autrement dit, on s'attend à ce qu'elles régressent vite.

Notre collègue @jlloydsmith les a beaucoup analysées :
journals.plos.org/ploscompbiol/a…
3/N
Si vous nous suivez, vous aurez aussi remarqué que @BaptElie a analysé des données d'#outbreak #MPXV (#monkeypox en anglais) dans son récent travail dans @royalsociety #ProceedingsB sur les causes des émergences d'épidémies.

doi.org/10.1098/rspb.2…

4/N
Jusque 2022, la majeure partie des cas étaient lié à des régions d'Afrique où le virus persiste dans des réservoirs animaux (#rongeurs).

L'épidémie récente est, pour le moment, surtout en Europe et Amérique du Nord (cf leparisien.fr/societe/sante/… de @nicolasberrod).

5/N
On observe aussi une hausse des cas.

Mais ⚠️, à ce stade, les conclusions épidémiologiques sont très fragiles à cause des #biais de dépistage.

Plus on cherche de cas, plus on en trouve.

La hausse pourrait donc ne traduire qu'un effort de dépistage.

ourworldindata.org/explorers/monk…
6/N
Au passage, il s'agit de l'exact effet inverse observé actuellement avec le nombre de reproduction #Rt du #SARSCoV2 calculé sur les dépistages en France, en forte baisse avec le pont de l'Ascension.

7/N
En revanche, l'analyse des génomes #ADN du #virus peut nous aide dans ces stades précoces d'épidémie comme l'illustre le travail **non relu par les pairs** de @AineToole et @arambaut !

virological.org/t/initial-obse…
8/N
D'abord, l'#arbre phylogénétique (la #généalogie du virus) suggère que :

1) cette épidémie est dans un #clade dérivant d'une épidémie de 2017 issue du Nigéria,

2) le virus comporte un nombre très élevé de #mutations dans son génome (47, soit 7 fois plus qu'attendu).

9/N
42 de 47 de ces mutations (89 %) correspondent à des changement de dimères (2 nucléotides consécutifs) du type TC→TT ou GA→AA.

De tels patrons suggèrent l'action d'#APOBEC3, une enzyme connue pour son action anti-virale (en mutant les virus) .

fr.wikipedia.org/wiki/APOBEC
10/N
Quand ils analysent une précédente explosion épidémique (#outbreak), nos collègues évolutionnistes ne trouvent pas autant de mutations typiques d'#APOBEC3.

** non relu par les pairs **

virological.org/t/initial-obse…

11/N
Leur conclusion est que le nombre élevé de mutations type #APOBEC3 au sein des génomes de #MPXV circulant actuellement suggère qu'il y a déjà eu bien plus de #circulation #interhumaine que dans les émergences précédentes.

** non relu par les pairs **

12/N
Les inconnues sont nombreuses.

Quelle proportion des personnes infectées ont des #symptômes ?

Combien de cas secondaires sont causés par une infection #R0 ?

Quelle est la #virulence de l'infection et sa durée ?

** figure de @MT_Sofonea **

13/N
Au final, on notera que la #biologie de l'#évolution (via la #génomique) est, pour le moment, notre principale fenêtre dans la compréhension de cette #émergence épidémique mondiale !

14/N

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Aug 28, 2021
🌟 Combien de décès hospitaliers et de séjours en soins critiques la #VaccinationCovid a-t-elle permis d'éviter en France ?

doi.org/10.31219/osf.i…

Nous venons de finaliser une étude (non encore évaluée par les pairs ⚠️) pour essayer de l'estimer.

Un fil 1/n 🧵👇
L'efficacité des vaccins 💉contre les formes symptomatiques et sévères est bien établie. Toutefois, pour estimer le nombre de formes critiques évitées *en vie réelle*, il est indispensable d'intégrer de la réduction de la circulation virale conférée par la vaccination. 2/n
Pour cela, nous avons utilisé notre modèle COVIDSIM, dont les projections feront l'objet d'une analyse rétrospective à paraître dans les prochains jours dans @AccpmJ, afin de réaliser des simulations contrefactuelles. 3/n
Read 17 tweets
Aug 24, 2021
Peut-on mieux anticiper la dynamique hospitalière de #COVID19 à l’aide des données numériques de mobilité ?

Des travaux de Christian Selinger (@ird_fr) avec @samuel_alizon (@CNRS) et @choisy_marc (@OUCRU_Vietnam) sont publiés en août sur ce sujet.

ijidonline.com/article/S1201-…

1/N
Grâce à un partenariat avec l’opération @DataForGood_FR de @FacebookFR et l’@umontpellier, l'équipe a pu valider un modèle qui vise à expliquer les variations des nombres quotidiens d’admission et de décès à l'hôpital pour #COVID19.

dataforgood.fr

2/N
L’originalité de l’approche réside dans le modèle et les données utilisées.

@FacebookFR donne accès à des données de #colocalisation entre 2 personnes, plus appropriées pour une épidémie car reflètant un #contact (et non juste la position d'une personne).

3/N
Read 11 tweets
Jul 20, 2021
Dans notre dernière étude publiée dans @Eurosurveillanc, journal de l'@ECDC_EU,
nous présentons 4 projections de #COVIDSIM calibré
avec l'avantage de transmission du #VariantDelta estimé à partir des données PCR du laboratoire #CERBA. 1/12
eurosurveillance.org/content/10.280…
Les hypothèses communes sont plutôt optimistes : 1) la vaccination est rapide (66% de la population totale vaccinée 2 doses au 1e sept.),
2) aucun relâchement des gestes barrières n'a lieu avant au moins le 14 juil., 2/12
3) le R au 5 juil. valant 1.14 (ce que l'on estime actuellement sur les données d'admissions en soins critiques). 3/12
Read 12 tweets
May 29, 2021
** non relu par les pairs **

En collaboration avec #CERBA et @CHU_Montpellier, grâce à @BaptElie, nous avons étudié la cinétique du #SARSCoV2 à partir des Ct de 17113 tests #PCR chez 8006 personnes.

Nous détectons des différences entre #variants.

medrxiv.org/content/10.110…
1/N
La cinétique correspond aux variations de charge virale au cours du temps au sein d'une personne infectée.

Dans le cas du #SARSCoV2, une des premières analyses a été réalisée sur des patient⋅e⋅s par l'équipe de Jérémie Guedj à @IAME_Center.

pnas.org/content/118/8/…
2/N
L'originalité de notre étude est qu'elle porte sur la population générale et qu'elle compare les #variants.

Les 2/3 des échantillons sont du B.1.1.7, 20 % sont des souches sauvages et 6 % sont a priori du B.1.351 (P.1 est très rare en France).

3/N
Read 8 tweets
Apr 21, 2021
Nous sommes interpellé⋅e⋅s à propos de la #virulence plus élevée du #variant de #SARSCoV2 B.1.1.7 (ou #voc).

Certain⋅e⋅s y voient des études "contradictoires".

Tour d’horizon rapide avec deux études qui nous semblent solides et deux études, disons... «médiatiques».

1/N
La première étude du @bmj_latest a suivi plus de 54.000 patients et analysé la mortalité après 28 jours.

L’infection par B.1.1.7 multiplierait le risque de décès par 1,32 à 2,04 par rapport à l'infection par un virus d'une autre lignée.

bmj.com/content/372/bm…

2/N
La seconde étude publiée dans @nature analyse plus de 2 millions de tests PCR et plus de 17.000 décès avec des outils statistiques pointus.

Elle conclue que l’infection par B.1.1.7 augmente le risque de décès de 39 à 72 %.

nature.com/articles/s4158…

3/N
Read 12 tweets
Mar 18, 2021
Le preprint de notre analyse des #Ct des tests #RTPCR de #SARSCoV2, en partenariat avec la Société Française de Microbiologie et plus de 20 laboratoires de virologie français est maintenant en ligne. **NON RELU PAR LES PAIRS**

medrxiv.org/content/10.110…
1/N
Nous y analysons des valeurs quantitatives de millions de tests #RTPCR effectués en France en 2020 : les Ct, ou cycles de doublement.

assets.publishing.service.gov.uk/government/upl… (doc très clair en anglais)

publichealthontario.ca/-/media/docume… (doc en français)

**NON RELU PAR LES PAIRS**
2/N
Il y a eu un débat sur ces Ct et l'opportunité de les communiquer aux patients.

Primo, cela dépend de l'échantillon. Secundo, pour les #coronavirus, il est risqué de voir dans le nombre de copies d'ARN une charge virale.
osf.io/5gra3/

**NON RELU PAR LES PAIRS**
3/N
Read 11 tweets

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