1/n #Covid19 Tentative pour approcher le nombre de cas réels à la semaine 12 et enseignements qu'on peut tirer du dernier bulletin épi du 24/03 et de celui du réseau sentinelles santepubliquefrance.fr/maladies-et-tr… sentiweb.fr/document/4859
2/n Il faut comprendre qu'il y a tout un dispositif initialement utilisé pour la surveillance de la grippe santepubliquefrance.fr/maladies-et-tr… 
3/n On voit déjà que plus on remonte dans la pyramide plus on repère des cas à la fois plus graves et moins nombreux, selon le même principe que le concept d'iceberg où, si le système de surveillance est centré sur l'hôpital il ne repère que les cas les plus graves .
4/n Depuis la semaine 11, le réseau Sentinelles, réseau de médecins généralistes sur l'ensemble du territoire, rattaché à l'INSERM ne surveille plus la grippe et les "syndromes grippaux" mais les IRA (infections respiratoires aiguës) et la Covid19. La définition des cas a changé.
5/n Cette définition des cas détermine qui sera prélevé. On voit que désormais la notion de fièvre est plus vague (pas de seuil, "sensation" de fièvre) et qu'on met l'accent sur les signes respiratoires, y compris la toux, avec une nouvelle notion d’essoufflement.
6/n Les cas vus par le réseau Sentinelles au cours d'une semaine donnée permettent d'estimer le nombre d'infections respiratoires /100 000 hab, répondant à ces critères, qui ont consulté un médecin g une semaine donnée, et parmi eux, les cas de Covid-19.
7/n Cette semaine là le réseau Sentinelles a estimé qu'il y avait 445/100 000 cas consultant les MG avec cette présentation, soit environ 300 000 personnes DONT 64/100 000 hab étaient porteurs de SARS-CoV-2 soit 41836 cas, soit 15% des cas correspondant à la définition.
8/n Cette estimation a été faite à partir de 116 prélèvements chez des malades correspondant à cette définition, et la présence de virus de la grippe, dont l'épidémie est terminée est aussi recherchée. Sur 116 prélèvements 16 étaient + pr la Covid-19 et 21 pour la grippe.
9/n Il y aussi une description clinique des cas de Covid-19. Agés entre 20 et 77 ans, 10 hommes pour 6 femmes, âge médian 60 ans, ils avaient tous de la fièvre (c'était la définition des cas) et aussi de la toux. Mais aucun ne justifiait d'une hospitalisation.
10/n A supposer que ces cas ne soient jamais hospitalisés, ils seraient restés invisibles avec le système de surveillance actuel centré sur l'hôpital.
Ms la définitn des cas est restrictive. On sait qu'il y a toutes sortes d symptômes et même une absence de symptôms pr le Covid19
Ms la définitn des cas est restrictive. On sait qu'il y a toutes sortes d symptômes et même une absence de symptôms pr le Covid19
11/n Ce système de surveillance est encore dédié au repérage des cas graves, et ces MG ont probablement vu des cas de Covid19 avec des symptômes plus légers, p exp sans fièvre, ou sans toux. Admettons que ces cas représentent de 25 à 75% des cas totaux vus par les MG.
12/n Si je prends ma calculette il est possible alors que les MG aient vu passer en réalité entre 56 000 et 168 000 cas de Covid19. Ce qui représente de 19% à 56% des 300 000 infections respiratoires aigües vues par les médecins.
13/n Mais il y a aussi un groupe distinct de malades, ceux qui ne sont vus par personne. D'après GrippeNet, ils représentent 66% des patients qui ont eu un syndrome grippal (définition différt de celle du réseau Sentinelles), c'est à dire 66% de 2,3% de la population
14/n 2,3% de la population française cela représente environ 1,5 millions de personnes. Admettons que les proportions soient les mêmes que celles de ceux qui consultent un MG, donc de 18% à 56%, cela représenterait de 270 000 à 840 000 malades du Covid19.
15/n On en est, avec une fourchette très large entre 326000 et 1 008 000. Mais il faut aussi tenir compte des patients qui n'ont pas de syndrome grippal et qui ne sont qu'enrhumés. Cela représnete 5,2% de la population à la semaine 12 soit 3,5 millions.
16/n Selon le même calcul on arrive à, grosso modo, entre 500 000 et 1 600 000 malades de la Covid19.
A ceux-là il faut ajouter les asymptomatiques. Pour simplifier on va dire que cela représente 30% des cas totaux. Cela nous donne entre 500 000 cas et 2,3 millions.
A ceux-là il faut ajouter les asymptomatiques. Pour simplifier on va dire que cela représente 30% des cas totaux. Cela nous donne entre 500 000 cas et 2,3 millions.
17/n Sachant qu'on a compté 11700 cas testés pendant la semaine 12 cela nous donne une sous estimation des cas d'un facteur 40 à 200.
Je suis d'accord que c'est très approximatif, mais le but était de se servir des infos pour avoir un ordre de grandeur.
Je suis d'accord que c'est très approximatif, mais le but était de se servir des infos pour avoir un ordre de grandeur.
18/n C'est une mauvaise et une bonne nouvelle, car cela veut dire que le virus se propage très rapidement, mais cela veut dire aussi qu'on est en train de beaucoup surestimer la gravité de l'infection et le potentiel de propagation du virus.
19/n Quelles conclusions peut-on en tirer sur les hospitalisations? On pense que environ 50% des cas testés + sont hospitalisés, soit 6000 personnes la semaine 12. Cela ferait environ 1% d'hospitalisés selon l'hypothèse basse (6000/500 000 cas) et 0,3% selon l'hypothèse haute.
20/n On est dans les ordres de grandeur de la modélisation d'Oxford pour le % des pers vulnérables qui risquent d'être hospitalisées en cas de contamination qu'ils estimaient être entre 1/100 et 1/1000 ce qui ajoute de la crédibilité au modèle
21/n Ce modèle suggérait que pour une population vulnérable à hospitaliser comprise entre 1% et 0,1% le pourcentage de personnes déjà contaminées au moment du premier décès pouvait être évalué entre 36% (UK, 1% de pers vul) et 80% (Italie, 0,1%)
22/n Sur le nombre de décès potentiels, si on prend la le tx de 3%, assez consensuel, de létalité parmi les personnes testées + dans des pays ayant ds systèmes de santé performants, il faudrait diviser ce chiffre par 40 à 200 ce qui nous donne 0,015% à 0,075% .
23/n S'il faut que 40 millions de personnes soient infectées pour atteindre une immunité de groupe et que l'épidémie cesse cela se traduit par 6000 à 30 000 décès en supposant que les personnes vulnérables sont aussi infectées que les autres en moyenne.
24/n Il y a beaucoup de "si" dans ces estimations, mais je me suis fondée sur les seules données qui nous permettent de faire une estimation du nombre de cas une semaine donnée en population générale; celles du réseau Sentinelles et de Grippe.net .
25/n On voit que même les estimations du réseau Sentinelle ne montrent qu'une petite partie du tableau parce qu'elles sont encore orientées vers la détection des cas les plus symptomatiques et les plus graves. Mais c'est tout de même plus fiable que les tests + à 'hôpital.
26/n Si on fait une comparaison avec la grippe et qu'on se base sur les cas testés + hospitalisés on obtient des taux semblables de létalité beh.santepubliquefrance.fr/beh/2019/28/pd… . Il s'agit de la létalité parmi les cas hospitalisés avec un diagnostic de grippe.
27/n Il y a plusieurs manières de parler de la létalité. Celle dont on parle actuellement s'obtient en divisant le nombre de décès à l'hôpital parmi les cas testés +. Mais on peut aussi compter les décès parmi les cas graves hospitalisés en réanimation, grlt 15-20% pr la grippe.
28/ On peut aussi comptabiliser les certificats des décès codifiés comme décès causés par la grippe. Et enfin on peut faire une estimation de la surmortalité et l'attribuer à la grippe.
29/n Par exp en 2014-2015. On a 280 décès dus à la grippe comptabilisés en réanimation, mais 1890 d'après les certificats de décès, et 10 fois plus selon les estimations de surmortalité 18 317.beh.santepubliquefrance.fr/beh/2015/32-33…
30/n Donc pour l'instant, on se contente d'attribuer au Coronavirus tous les décès survenus à l'hôpital chez des personnes testées + au SARS-CoV-2. C'est une approximation, car parmi elles tts n'ont pas des syndromes de détresse respiratoire même en réanimation comme pr la grippe
31/n Et que la codification du décès peut confirmer OU PAS que la cause initiale du décès est l'infection par le SARS-CoV-2
32/n Toutes les personnes ne décèdent pas à l'hôpital, d'autant plus qu'elles avancent en âge.
33/n Donc il est très difficile d'avoir une estimation exacte des décès à cause de de la Covid-19. C'est déjà difficile pour la grippe, et l'on a tendance à confondre la mortalité due à la grippe avec celle due aux virus respiratoires en général, qui peuvt ts être mortels.
34/n Mais si le nombre réel des cas est beaucoup plus élevé que celui qui ressort des tests cela change la donne pour le risque individuel: être contaminé par le SARS-CoV-2 n'est peut-être pas plus dangereux que d'être contaminé par la grippe.
35/n En revanche, c'est très différent au niveau de la population, car ce nouveau virus se caractérise par une montée en puissance très rapide, qui ne semble pas freinée par une immunité humorale pré-existante, à la différence de la grippe.
36/n Pour la grippe, la médiane d'âge des cas vus en consultations est bien plus jeune, de l'ordre de 25-30 ans et les classes d'âge sont d'autant plus touchées qu'elles n'ont pas d'immunité pré-existante.
37/n Pour la grippe la sévérité dépend aussi du type de virus: le virus H3N2 provoque davantage d'infections sévères chez les personnes âgées. Le H1N1 provoque des infections globalement moins sévères, surtout chez les personnes âgées.
38/n Si ce n'est pas la virulence du virus qui est en cause, tout se réduit à la capacité du système de santé à faire face à la montée en puissance rapide d'un virus contre lequel il n'y a pas d'immunité pré-existante et à protéger les plus vulnérables.
39/n La France, comme l'Italie, est assez mal armée de ce point de vue, avec un système de santé fonctionnant à flux tendus, un hôpital public dont on a surtt cherché à réduire la masse salariale et un sectr privé en retrait sur la PEC des malades lourds non programmés.
40/n Le confinement ne suffit pas à court terme, à faire diminuer le nombre de cas car les contaminations se poursuivent dans les lieux de confinement, comme le montre le modèle du Diamond Princess.
41/n Bien qu'on ne sache toujours pas quelle proportion de la population a déjà été infectée, on peut déjà penser que le problème posé par ce virus est plus en rapport avec l'offre de soins, qu'avec une virulence particulière.
