ETE Fr Profile picture
20 Jul, 12 tweets, 5 min read
Dans notre dernière étude publiée dans @Eurosurveillanc, journal de l'@ECDC_EU,
nous présentons 4 projections de #COVIDSIM calibré
avec l'avantage de transmission du #VariantDelta estimé à partir des données PCR du laboratoire #CERBA. 1/12
eurosurveillance.org/content/10.280…
Les hypothèses communes sont plutôt optimistes : 1) la vaccination est rapide (66% de la population totale vaccinée 2 doses au 1e sept.),
2) aucun relâchement des gestes barrières n'a lieu avant au moins le 14 juil., 2/12
3) le R au 5 juil. valant 1.14 (ce que l'on estime actuellement sur les données d'admissions en soins critiques). 3/12
Dans le scénario le plus optimiste A, aucun relâchement n'a lieu et la circulation de delta entraîne une vague hospitalière limitée à la rentrée, mais amplifiée si moindre vitesse de vaccination : scénario B avec 5% de couverture vaccinale en moins à la rentrée. 4/12
Si un relâchement estival s'ajoute à la circulation de delta (arbitrairement ici +10% de taux de contact infectieux à partir du 14 juil.), alors le rebond hospitalier est rapide et susceptible d'engendrer une tension hospitalière à la rentrée. 5/12
Un relâchement plus tardif mais plus important à la rentrée est aussi susceptible d'entraîner une tension hospitalière à l'automne (scénario D avec +20% de taux de contact infectieux à partir du 1er sept.). 6/12
Nous rappelons que ces projections ont pour objectif d'explorer l'impact relatif des différents degrés de liberté de l'épidémie et ne constituent pas des prévisions. 7/12
Car la dynamique effective dépend aussi d'éléments non prédictibles avec précision (changements spontanés du comportement, accélération de la vaccination, mesures sanitaires locales/nationales). 8/12
Par ailleurs, cette dynamique peut être très hétérogène spatialement, comme nous pouvons d'ores et déjà l'observer dans certains territoires du Sud de la France où le R est actuellement supérieur à 2 sur les dépistages. 9/12
Enfin, ces projections ont vocation à être actualisées régulièrement et en particulier aussitôt que de le nombre de reproduction aura arrêté sa croissance. 10/12
À défaut de prévision, ces projections mettent en évidence 1) la vaccination comme levier pour diminuer la pression hospitalière à la fin de l'été et 2) l'importance de l'associer aux gestes barrières vis-à-vis de ce variant très contagieux. 11/12

• • •

Missing some Tweet in this thread? You can try to force a refresh
 

Keep Current with ETE Fr

ETE Fr Profile picture

Stay in touch and get notified when new unrolls are available from this author!

Read all threads

This Thread may be Removed Anytime!

PDF

Twitter may remove this content at anytime! Save it as PDF for later use!

Try unrolling a thread yourself!

how to unroll video
  1. Follow @ThreadReaderApp to mention us!

  2. From a Twitter thread mention us with a keyword "unroll"
@threadreaderapp unroll

Practice here first or read more on our help page!

More from @ete_fr

29 May
** non relu par les pairs **

En collaboration avec #CERBA et @CHU_Montpellier, grâce à @BaptElie, nous avons étudié la cinétique du #SARSCoV2 à partir des Ct de 17113 tests #PCR chez 8006 personnes.

Nous détectons des différences entre #variants.

medrxiv.org/content/10.110…
1/N
La cinétique correspond aux variations de charge virale au cours du temps au sein d'une personne infectée.

Dans le cas du #SARSCoV2, une des premières analyses a été réalisée sur des patient⋅e⋅s par l'équipe de Jérémie Guedj à @IAME_Center.

pnas.org/content/118/8/…
2/N
L'originalité de notre étude est qu'elle porte sur la population générale et qu'elle compare les #variants.

Les 2/3 des échantillons sont du B.1.1.7, 20 % sont des souches sauvages et 6 % sont a priori du B.1.351 (P.1 est très rare en France).

3/N
Read 8 tweets
21 Apr
Nous sommes interpellé⋅e⋅s à propos de la #virulence plus élevée du #variant de #SARSCoV2 B.1.1.7 (ou #voc).

Certain⋅e⋅s y voient des études "contradictoires".

Tour d’horizon rapide avec deux études qui nous semblent solides et deux études, disons... «médiatiques».

1/N
La première étude du @bmj_latest a suivi plus de 54.000 patients et analysé la mortalité après 28 jours.

L’infection par B.1.1.7 multiplierait le risque de décès par 1,32 à 2,04 par rapport à l'infection par un virus d'une autre lignée.

bmj.com/content/372/bm…

2/N
La seconde étude publiée dans @nature analyse plus de 2 millions de tests PCR et plus de 17.000 décès avec des outils statistiques pointus.

Elle conclue que l’infection par B.1.1.7 augmente le risque de décès de 39 à 72 %.

nature.com/articles/s4158…

3/N
Read 12 tweets
18 Mar
Le preprint de notre analyse des #Ct des tests #RTPCR de #SARSCoV2, en partenariat avec la Société Française de Microbiologie et plus de 20 laboratoires de virologie français est maintenant en ligne. **NON RELU PAR LES PAIRS**

medrxiv.org/content/10.110…
1/N
Nous y analysons des valeurs quantitatives de millions de tests #RTPCR effectués en France en 2020 : les Ct, ou cycles de doublement.

assets.publishing.service.gov.uk/government/upl… (doc très clair en anglais)

publichealthontario.ca/-/media/docume… (doc en français)

**NON RELU PAR LES PAIRS**
2/N
Il y a eu un débat sur ces Ct et l'opportunité de les communiquer aux patients.

Primo, cela dépend de l'échantillon. Secundo, pour les #coronavirus, il est risqué de voir dans le nombre de copies d'ARN une charge virale.
osf.io/5gra3/

**NON RELU PAR LES PAIRS**
3/N
Read 11 tweets
24 Feb
Notre analyse de la progression des #variants en France à partir de tests réalisés par le laboratoire CERBA et le @CHU_Montpellier est en preprint et en revue.

La carte régionale de la fréquence estimée des variants au 20 fév (scénario conservateur).

medrxiv.org/content/10.110…
1/N Image
Nous avons analysé les facteurs de risques et, comme @SantePubliqueFr trouvons que la proportion de variants est plus élevée chez les plus jeunes.

Cela a aussi été décrit en Angleterre.

On ne peut pas encore trancher entre des raisons biologiques et épidémiologiques.

2/N Image
On retrouve moins les variants dans les tests issus de milieux hospitalier (patients #COVID19).

C’est logique car il y a environ 14 jours entre infection et hospitalisation.

Ignorer l'origine des échantillons, c'est sous-estimer la propagation actuelle des #variants !

3/N Image
Read 8 tweets
10 Feb
Au 8 Fév, la France avait contribué un peu plus de 5.000 génomes de #SARSCoV2 sur la base de données internationale @GISAID

Énième illustration de l'abandon de la recherche et de la santé publiques, même depuis Déc 2020, nous sommes à 236 génomes partagés par semaine.

1/N
Depuis le 5 Fev, le séquençage est remboursé (avant, CHU et labos en étaient pour leur frais).

Mais le séquençage #Sanger (500 nucléotides donc 2% du génome du virus) est remboursé à 200 € comme le séquençage #NGS (>28.000 positions du génome).

legifrance.gouv.fr/jorf/id/JORFTE…
2/N
Pour info, le #Sanger coûte moins de 10 € alors que le #NGS oscille entre 50 et 200 € pour de tels échantillons selon les protocoles.

Mais en France on est surtout équipés pour le Sanger... Problème : ça n'apportera rien de plus que des PCR ciblées sur 3 ou 4 positions.

3/N
Read 4 tweets
2 Feb
Notre site #COVIDici permet de visualiser l’épidémie de #COVID19 par région et département, ainsi que de visualiser les tendances sur 2 semaines basé sur notre modèle épidémiologique.

Merci à @Occitanie et à @IFB_Bioinfo pour leur aide !

cloudapps.france-bioinformatique.fr/covidici/

1/N #Thread
Sur #COVIDici, la courbe n’est pas un bête lissage des données mais issue d’un modèle mécanistique.

Il est donc normal qu’à des endroits les prévisions soient loin des données. Cela permet d'avancer en cherchant pourquoi cet endroit est différent.

medrxiv.org/content/10.110…
2/N
Le modèle se base sur les admissions quotidiennes en #réanimation. La prévision sur ce chiffre est donc la plus robuste.

Des informations sur la proportion de létalité, l’intervalle sériel, les temps de séjour en réanimation sont ajoutées au modèle.

data.gouv.fr/fr/datasets/do…
3/N
Read 8 tweets

Did Thread Reader help you today?

Support us! We are indie developers!


This site is made by just two indie developers on a laptop doing marketing, support and development! Read more about the story.

Become a Premium Member ($3/month or $30/year) and get exclusive features!

Become Premium

Too expensive? Make a small donation by buying us coffee ($5) or help with server cost ($10)

Donate via Paypal Become our Patreon

Thank you for your support!

Follow Us on Twitter!

:(