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10 Feb, 4 tweets, 4 min read
Au 8 Fév, la France avait contribué un peu plus de 5.000 génomes de #SARSCoV2 sur la base de données internationale @GISAID

Énième illustration de l'abandon de la recherche et de la santé publiques, même depuis Déc 2020, nous sommes à 236 génomes partagés par semaine.

1/N
Depuis le 5 Fev, le séquençage est remboursé (avant, CHU et labos en étaient pour leur frais).

Mais le séquençage #Sanger (500 nucléotides donc 2% du génome du virus) est remboursé à 200 € comme le séquençage #NGS (>28.000 positions du génome).

legifrance.gouv.fr/jorf/id/JORFTE…
2/N
Pour info, le #Sanger coûte moins de 10 € alors que le #NGS oscille entre 50 et 200 € pour de tels échantillons selon les protocoles.

Mais en France on est surtout équipés pour le Sanger... Problème : ça n'apportera rien de plus que des PCR ciblées sur 3 ou 4 positions.

3/N
Enfin, les consignes sont de séquencer des échantillons non testés en PCR-#variants (heureusement car 200 € pour du Sanger inutile) et de patients revenant de l'étranger.

Comme en Jan 2020 pour les tests de dépistage #PCR...

service-public.fr/particuliers/a…
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2 Feb
Notre site #COVIDici permet de visualiser l’épidémie de #COVID19 par région et département, ainsi que de visualiser les tendances sur 2 semaines basé sur notre modèle épidémiologique.

Merci à @Occitanie et à @IFB_Bioinfo pour leur aide !

cloudapps.france-bioinformatique.fr/covidici/

1/N #Thread
Sur #COVIDici, la courbe n’est pas un bête lissage des données mais issue d’un modèle mécanistique.

Il est donc normal qu’à des endroits les prévisions soient loin des données. Cela permet d'avancer en cherchant pourquoi cet endroit est différent.

medrxiv.org/content/10.110…
2/N
Le modèle se base sur les admissions quotidiennes en #réanimation. La prévision sur ce chiffre est donc la plus robuste.

Des informations sur la proportion de létalité, l’intervalle sériel, les temps de séjour en réanimation sont ajoutées au modèle.

data.gouv.fr/fr/datasets/do…
3/N
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22 Jan
Estimations et projections de COVIDSIM (medrxiv.org/content/10.110…) au 21 janvier 2021. 1/N
Le nombre de reproduction R est estimé à 1,09 [1,06 – 1,12], en concordance avec les approches statistiques. 2/N
Ce nombre est relativement stable depuis 2 semaines et rend compte de l'effet des fêtes de fin d'année. L'épidémie n'est plus sous contrôle, nous faisons face à un rebond avec un temps de doublement entre 1 et 2 mois.
Nous l'avions prévu en décembre :

3/N
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11 Jan
First analyses support the idea that #B117 #SARSCoV2 #VOC has an increased transmissibility but unchanged clinical severity compared to already circulating variants. Is really an increase in transmission more problematic than an increase in lethality? Well, it depends. Thread 1/N
To keep things simple, let us, once again, take the canonical SIR model (Kermack & McKendrick, 1927) and look at how the cumulative mortality of COVID-19 would vary through time assuming no initial immunity (nor vaccination) but public health measures such that R < R0 = 3. 2/N
We explore 3 hypothetical scenarios: 1 (in grey) is the baseline -- as if the mutations carried by the variant were epidemiologically neutral; 2 (in pink) simulates a 50% increase in transmission and 3 (in blue) represents a 50% increase in lethality. 3/N
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11 Jan
Le #variant #B117 de #SARSCoV2 détecté outre-Manche fait la une.

Des modèles de fin Déc suggèrent que son R0 est plus de 50 % supérieur aux autres variants.

Cause ou conséquence ? Le variant s’est-il fixé « par hasard » ou de par son avantage ?

On en sait un peu plus.

1/N
Le #variant #B117 a été détecté car 25 % des tests #PCR britanniques ont 3 cibles dans le génome viral et, pour le #B117, 2 sur 3 sont positives. Mais seul le séquençage permet d’être sûr.

Selon @PHE_uk, en Oct, 3 % des tests douteux étaient liés à #B117, en Déc > 95 %

2/N
Les analyses préliminaires de @cmmid_lshtm montrent que ce #variant s’est propagé rapidement dans des régions mais pas dans d’autres.

Les données de mobilité ne semblent pas expliquer ces différences. L'avantage de #B117 serait alors de 50 à 74 %.

cmmid.github.io/topics/covid19…
3/N
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9 Jan
Comment pourrait évoluer la #virulence du #SARSCoV2 pour l'homme ?

Quelques éléments de réponse dans ce #thread.

Pour des détails, il y a notre Rapport 12 du mois d'août :
covid-ete.ouvaton.org/Rapport12.html

1/N
La #virulence est le mal qu’un parasite (virus, bactérie,...) fait à son hôte.

Dans le cas du #SARS-CoV-2, on peut la mesurer via le risque d’être hospitalisé ou de décéder. Sachant que cela dépend fortement de l’âge.
thelancet.com/journals/lanin…
2/N
Contrairement à une idée répandue, les parasites n’évoluent pas tous pour rapidement devenir avirulents.

La #tuberculose est restée virulente.

Quand au #VIH, sa virulence semble même avoir #augmenté depuis les années 1980.
thelancet.com/journals/lanhi…
3/N
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24 Dec 20
Si la tendance de hausse lente de l'épidémie observée depuis décembre se maintient (R entre 1,0 et 1,1), contrairement à la première vague les services hospitaliers demeureront sous tension (3000 personnes en soins intensifs au 1er Fév selon un scénario médian). 1/5 thread
Si on rajoute un effet du réveillon de Noël (supposons R = 1,5 pendant 2 jours), cela suffirait malheureusement à faire repartir l'épidémie avec un risque prononcé d'avoir plus de 3000 personnes en soins intensifs au 1er Fév. 2/5
Une réponse à ce risque potentiel qui, selon les médias, se discuterait en haut lieu serait de reconfiner la population très vite. Effectivement, un reconfinement dès le 26 Déc faisant passer le R à 0,8 enraye l'épidémie. 3/5
Read 5 tweets

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