إشكالية الإلحاد متنوعة حول العالم، وغالباً لكل ملحد أسبابه الخاصة التي ربما يفصح عنها أو لا، أو يعرف حقيقتها أو لا.
الإلحاد بعامة نوعان، نخبوي وشعبوي، فالنخبوي يحاول عبثاً تصدير رؤية كونية ولكنه يفشل، بسبب مفصلية التناقضات فلسفلياً وعلمياً.
وحتى الساعة لم أر ملحداً يخرج عن هذا النسق.
أول إشكاليات الملحدين هي رفض المسلمات العقلية البدهية، وفي ظل ذلك يصبح كل شيء عشوائياً دون معايير حاكمة للمنطلقات الفكرية والأخلاقية والسلوكية.
فالإيمان بوجود الله ﷻ عملية عقلية بدهية مستقلة، بغض النظر عن وجود نبي مرسل أو كتاب مقدس.