Thread by @MaedaBiotech

Mwanasayansi mwenye ubobezi wa kimataifa kwenye maswala ya vitendanishi na vipimo (Diagnostics), Dr. Ally Mahadhy, aliandika haya kwenye ukurasa wake wa facebook, ni vyema wadau humu wakayapata ili kuongeza uelewa @Udadisi
@MariaSTsehai @fatma_karume
#ElimikaWikiendi
Uzi 👇🏽

"Kutakucha tu!

Tukiwa tupo kwenye taharuki juu ya kipimo cha corona (covid-19) hapa nchini, baada kutoa majibu ya positive kwa mbuzi na papai, naomba nitoe maoni yangu kama mdau katika tansia hii ya vitendanishi vya maabara (diagnostics). ..." /1

Nianze kwa kutangaza maslahi yangu binafsi kwenye mada husika. Mimi ni mtafiti kwenye eneo hili la vitendanishi (Medical and clinical diagnostics). Tasnifu (thesis) yangu ya umahiri (MSc in Biotechnolgy) iljikita kwenye kutengeneza njia (method) ya kutambua kwa haraka na wepesi/2

uwepo protini zinazoashiria uwepo wa saratani kwa binaadamu. Ama tasnifu yaangu ya uzamivu (PhD in (Bio) Engineering) ilijikitia kwenye kutengeneza kitendanishi cha kihisio cha kibayolojia (Biosensor) kwa ajili ya kutendanisha vimelea vya maradhi (bacteria) kwa binaadamu. /3

Tafiti zote zikiwa zimefanyika chuo kikuu cha Lund, Sweden. Kwa sasa tunaendelea na utafiti wa kutengeneza kitendanishi cha kihisio cha kibiolojia (Biosensor) kwa ajilia ya kutendanisha kirusi kinacho shambulia simba na mbwa kwa ufadhili wa Chuo Kikuu cha Dar es Salaam (UDSM). /4

Pia kwa kutambua umuhimu kuwa na kitedanishi kinachoweza kutoa majibu haraka lakini pia kutumika nje ya maabara (rapid test strip) kwa ajili covid-19, tumetuma ‘concept note’ kwa mamlaka husika hapa Tanzania ili tuweze kuungwa mkono kwenye kutengeneza ‘rapid test’ itakayoweza /5

kutendanisha mgonjwa covid-19 na asiye mgonjwa. Tungali tunasubiria mrejesho! /6

Tukirudi kwenye mada kuu, kwanza nitoe pongezi kwa Mh. Rais John Pombe Magufuli kwa uwamuzi wake wa kuamua kujiongeza ili kujiridhisha kama ni kweli Maabara yetu ya Taifa (NHL) inatoa majibu sahihi au la! Ni uamuzi sahihi na wakiuongozi! /7

Maswali tunayojiuliza: Jee njia zilizotumika (kupeleka sampuli (swab) za papai, fenesi, oil na mbuzi) kujua usahihi wa majibu ni sahihi kitaalamu? Jee Majibu yaliyopatikana (mbuzi na papai kuwa positive kwa covid-19) yanaashiria nini? /8

Ni mashine (kitendanishi) au ni wataaalam ndio tatizo? Au vyote? Kabla sijajibu maswali haya kwanza nianze kwa kuelezea jinsi covid-19 inavyopimwa: /9

Mpaka sasa kuna vipimo (vitendanishi) vya aina kuu mbili vinavyotumika kupima covid-19.  Aina ya kwanza ni kile kinacho pima covid-19 kwa kuangalia uwepo wa kinasaba cha kirusi chenyewe (RNA). /10

Kipimo hiki hujulikana kama ‘Real-time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction’ (RT-qPCR) au al-maarufu PCR! Hichi ndo kipimo mashuhuri na ‘standard’ kinachotumika ulimwenguni kwa sasa. /11

Sampuli zake huchukuliwa kwa kurambisha (swab) kijiti cha pamba (cotton swab) ndani-nyuma ya pua (nasophyaryngeal swab) na/au ndani-nyuma ya mdomo (oropharyngeal swab). /12

Aina ya pili ni ile inayopima kwa kuangalia kinga (antibody) inayozalishwa na muathirika pindi anapopata maambukizi ya kirusi cha corona. Kipimo hichi hujulikana kama ‘Immune Rapid Test, na vipo vya aina tofauti. /13

Aina maarufu kwa sasa ni ya ‘strip’, kama ile strip inayopima ujauzito kwenye mkojo (UPT strip) – aina hii hujulikana kama “Lateral flow immunochromatographic assays” au lateral flow test! /14

Kipimo cha aina hii sampuli yake ni damu inayochukuliwa kwenye kidole (finger prick) au kwenye mkono (venepuncture). Kipimo hichi kwa sasa sio standard ila kuna kampuni mbali mbali duniani zinazalisha na zimepata vibali vya dharura kutoka FDA (USA) na mamlaka nyengine duniani /15

Kwa maelezo hayo bila shaka Maabara yetu ya Taifa huchakata sampuli za covid-19 kwa kutumia kitendanishi ambacho ni standard – PCR. Kitendanishi ambacho sampuli zake huchukuliwa ‘swab’ ya puani/ mdomoni! Sio mate, mkojo, damu wala kinyesi kama wengine wanavyo hoji! /16

Jee njia zilizotumiwa (kupeleka sampuli za papai, fenesi, oil na mbuzi) kujua usahihi wa majibu ni sahihi kitaalamu? /17

Kuna wanaosema kitendanishi ukisha ki-calibrate kwa ajili ya sampuli flani ukipeleka sampuli tofauti majibu yanakuwa haya maana! /18

Hivyo kwa sababu #PCR hii ya #COVID19 ilikuwa calibrated kwa ajili ya sampuli za swab ya pua na mdomo wa binaadamu kupeleka swab ya papai au mbuzi inafanya majibu ya kipimo yasiwe na maana!

/19

Kukubaliana au kupingana na hoja hii kwanza ni vyema kuelewa japo kwa muhtasari covid-19 ina pimwaje kwa PCR!
/20

1.Sampuli ile, pamba (#swab), hupokelewa maabara na kuandikishwa (#registered) taarifa muhimu kama vile: taarifa za aliekusanya sampuli, taarifa za alieleta sampuli maabara, taafira za aina ya sampuli (swab ya pua au mdomo), taarifa za aliechukuliwa sampuli n.k. /21

2. Sampuli hiyo (pamba) hupitishwa hatua tofauti kwa kutumia kitenganishi maalum cha kinasaba cha #RNA, kwa jina la kitaalamu ni ‘#ViralRNAExtractionKit’ kama vile, kuosha pamba hiyo (kuondoa kirusi kwenye pamba kiwe kwenye tube), kukipasua kirusi (#lysis) ili kutoa #kinasaba /22

(#RNA) ndani ya kirusi, na mwisho ni kusafisha (#purification) ili kubaki na kinasaba cha kirusi tu.
 Kabla ya kupeleka kwenye #PCR, kinasaba (RNA) hicho kilichosafishwa huangaliwa ubora wake (#quality)! Ubora wake huhusisha wingi (#concentration) na usafi (#purity). /23

Kuna kiasi na usafi maalumu ambao kama sampuli haijafikisha hutakiwi kuendelea nayo kwa hatua ya PCR, maana ni ubora usiofaa kwa kutoa majibu sahihi! /24

Kifaa kinachotumika kupima ubora wa kinasaba (RNA) ni #spectrophotometer - modo maarufu ni #Nanodrop. Sampuli (extracted RNA) ikikidhi vigezo (quality) ya kuendelea kwenye PCR, hupelekwa kwa ajili ya kusomwa ili ijulikane ni kinasaba cha kirusi kinachosababisha #COVID19 au la!/25

3. PCR, hutendanisha kinasaba (RNA) kwanza kwa kukigeuza kutoka RNA kwenda DNA, kisha hutoa kopi nyingi (#amplification) kwa kulenga maeneo mawili maalumu ya kinasaba, maeneo ambayo humtofautisha kinasaba cha corona anaesabisha #COVID19 na kinasaba cha kirusi chengine chochote/26

hata vile vya jamii moja na yeye, kama virusi vinavyoosababisha #MERS na #SARS. Kukopika kwa maeneo haya muhimu husomeka moja moja kwenye mashine hii ya PCR na ikifika kiwango kinachokubalika - mashine husoma-positive. /27

Kama kopi itakuwa ni ya eneo moja tu kati ya hayo mawili mashine husoma – #indeterminate (#inconclusive), na kama hakuna kopi ya eneo hata moja- mashine husoma negative. Kwa majibu ya inconclusive maana yake kunahitajika sampuli nyengine kurudia kipimo. /28

Muhimu: Sampuli ya mgonjwa mara zote husomwa pamoja na sampuli za kukontroli (#controlsamples) kwa ajili ya kuhakikisha kama PCR (mashine) inafanyakazi sawa sawa.

/29

Sampuli za kontroli hizi ni sehemu ya kinasaba cha kirusi cha #COVID19 ambacho hutumika kama #positivecontrol na maji maalum (#buffer) yenye kila kilichowekwa kwenye sampuli halisi isipokuwa kinasaba (#RNA) ambayo hutumika kama #negativecontrol. . /30

Hivyo majibu hayo hapo juu hukubalika tu endapo #postivivecontrol itasoma #positive na #negativecontrol ikisoma #negative. 

/31

Kwa kuangalia hatua hizo, utaona kwamba kinachokwenda kwenye mashine ya #PCR si mate wala makamasi, ni kinasaba (RNA) safi (#purifiedRNA), haijalishi kimetolewa wapi! Lakini pia ile ‘#ViralRNAExtractionKit’ imetengenezwa kutenganisha na kusafisha kinasaba (#RNA) cha kirusi /32

kutoka specimen yoyote, iwe binaadamu, #papai, #mbuzi, bata, udongo n.k, kama swab ya hiyo specimen (mfano #mbuzi) ina kirusi cha #RNA basi RNA ya hicho kirusi itapatikana tu. /33

Hivyo basi sampuli zilizopelekwa zilikuwa sahihi na hazileti mkanganyiko wowote kwenye mashine ya PCR wala kwenye extraction kit.
Lakini, jee kulikuwa na njia nyengine ya kujua ubora wa kifaa na wataalam husika? /34

Ndio! Kwenye utendaji kazi wa maabara, ili maabra kujiridhisha na majibu inayotoa, huwa inashirikisha maabara nyengine kupata majibu ya sampuli hiyo hiyo kulinganisha majibu yake, kitaalam inaitwa Inter-#Laboratory Comparisons (ILC). . /35

Hivyo badala ya kupeleka sampuli ya papai au mbuzi kwenye maabara yetu ya taifa, tungetuma sampuli za baadhi ya waloambiwa positive na wale waloambiwa negative (na #maabara yetu) kwenye maabara za nchi jirani kisha tukalinganisha majibu yao na ya kwetu!  /36

Kwanini #RTqPCR kiwe kitendanishi standard cha #COVID19?

PCR ina sifa mbili bora na muhimu za kipimo cha kimaabara zinazofanya kitendanishi hiki kiwe ndio standard: 

1.‘#HighSensitivity’: (a) ‘#Highanalyticalsensitivity’ (uwezo kusoma hata kiwango kidogo cha virusi) /37

kwa maana hata kukiwepo na uzi mmoja tu wa kinasaba (single RNA strand) basi PCR inaweza kutendanisha! (b) ‘#Highclinicalsensitivity’ (>95%), kwamaana kama kuna watu 100 wenye covid-19 (positive), /38

basi pasi na shaka PCR mashine itakupa majibu ya positive kwa watu wasiopungua 95 miongoni mwa hao 100! Ijulikane, mpaka sasa hakuna kitendanishi chenye clinical sensitivity ya 100%!   /39

2. #HighSpecificity/#Selectivity: (a) #Highanalyticalspecificity kwa maana ina kopi maeneo mawili ya kinasaba, maeneo ambayo ni maalumu kwa #nCov tu, hivyo hata kirusi cha familia moja na #nCoV hakiwezi kusomwa (haichanganyi), achilia mbali wale wa mbali kama #HIV na wengine./40

(b) #HighclinicalSpecificity (99%), kwa maana kama watakuja watu 100 ambao hawana covid-19 (negative), basi pasi na shaka PCR mashine itakupa majibu ya negative kwa watu 99 miongoni mwa hao 100! Hivyo PCR ikisoma positive ujuwe ni positive kweli! /41

Jee Majibu yaliyopatikana (mbuzi na papai kuwa positive kwa #COVID19) yanaashiria nini (ni mashine (kitendanishi) au ni wataaalamu ndio tatizo au vyote?

Kwanza kabisa niseme kwamba kirusi hichi, #SARSCoV2 au nCov, kinachosababisha ugonjwa wa corona (Covid-19), bado ni kipya, /42

wanasayansi ndo kwanza wanajaribu kukielewa! Bado wanagundua kitu kipya juu ya kirusi hiki, kuanzia uwepo wake kwenye viumbe mbali mbali, uwepo wake sehemu mbali mbali za miili yetu, anavyojibadilisha (#mutation), ushambuliaji wake, na hata hatari yake yakusababisha vifo. /43

Ila kwa maarifa yaliyopo mpaka naandika makala hii kirusi hichi hakijaonekana kwenye sampuli zote zote katika hizi zilizopelekwa kwenye maabara yetu ya taifa (papai, mbuzi, n.k). Hivyo basi tulitegemea majibu yawe negative! /44

Kuna sababu nyingi, moja au mchanganyiko zinazoweka kuwa zimepelekea majibu ya covid-19 positive kwa mbuzi na papai! Lakini katika sababu zote  hizi, iwayo yoyote huwezi kuwaondoa kwenye mashaka wataalamu walopima sampuli hizi. /45

1. Inaweza kuwa ni ‘#contamination’ wakati wa kuchukuwa sampuli, huenda mchukuaji hakuwa na ujuzi wa kuchukuwa sampuli, kupelekea ku-contaminate sampuli kwa namna moja au nyengine yoyote ile! /46

Hivyo kimsingi alieonekana kuwa na #COVID19 positive si mbuzi au papai bali ni mchukuwaji wa sampuli. 2. Au ‘#contamination’ wakati wa kusafirisha na ku-process sampuli (extraction and purification) pale maabara kabla ya kupeleka kwenye #PCR mashine!  /47

2. Au ‘contamination’ wakati wa kusafirisha na ku-process sampuli (#Extraction & #purification) pale maabara kabla ya kupeleka kwenye PCR mashine! Hivyo sample ika pass kwenye #Nanodrop na #PCR ikasoma positive! 

/48

Kimsingi positive sio papai wala mbuzi bali alie process sampuli maabara au msafirishaji wa sampuli!
/49

3. Au ‘contamination’ wakati wa kuandaa sampuli kwa ajili ya PCR, huenda kwa bahati mbaya sampuli ya positive Kontrol iliingia bila kujua kwenye sampuli ya papai au mbuzi! Hivyo majibu yakasoma positive! 

/50

Kama ni moja katika hayo au yote basi kunatatizo la kiujuzi (lack of competence) katika kuchukuwa,  ku-handle na ku-process sampuli. Hata kama aliechukuwa sampuli sio sehemu ya wataalamu wa maabara ya taifa, /51

basi kuna tatizo katika kupokea sampuli (ambayo ni sehemu ya handling ya sampuli). Sampuli lazima zipokelewe kutoka kwa watu maalumu walopewa kazi hiyo wakiwa na ujuzi uliothibitishwa wa kufanya kazi hiyo! Sio kila mtu tu.  /52

4. Jee vipi kama kitendanishi (PCR) ndio bomu? Ni kweli mashine inaweza kuwa imeharibika au ni kimeo kimeletwa kwa makusudi na "mabeberu", na wala hakukuwa na ‘contamination’ popote ila tu mashine inasema uwongo. . /53

Kama ni hivyo, basi ilitakiwa wataalamu wa maabara waling’amuwe hilo kabla ya mkuu kutilia mashaka na kuamua kuhakiki kwa njia zake. Utaratibu wa upimaji wa #COVID19 kwa #PCR Standard Operating Procedure #SOP na utendaji kazi nzuri wa maabara (Good Laboratory Practice) #GLP /54

kama vitafuatwa ipasavyo vinawapa nafasi kwa wataalamu wa maabara kujua makosa/ubovu wa kifaa kabla yakukitumia na hata ubora wa sampuli kabla ya kuipima. Na hata baada ya kupelekewa sampuli za papai au mbuzi (sampuli ambao hazina nCov), utaratibu hapo juu unawawezesha kujua /55

kwamba hii sampuli haifai hata kwenda kwenye PCR kwa kuangalia tu quality ya RNA (kinasaba) kwenye Nanodrop!
Ila haiyondoi uwezekano kwamba kwenye papai au mbuzi kunaweza kuwa na kirusi chengine (RNA virus) na hivyo ukapata quality RNA kwenye Nanodrop! /56

Lakini bado wangeweza kujua kwa kulinganisha majibu ya PCR ya sampuli ya negative kontrol na sampuli husika! Kama sampuli ya negative kontrol nayo inasoma positive, basi mashine ina matatizo! /57

5. Au jee wataalam wetu walizidiwa na wingi wa sampuli, wakachoka, ikawa badala ya kupima sampuli zote, wakaamua kucheza mchezo wa ‘ana- ana-do”, hii positive, hii negative, hii positive, hii negative…. /58

Sidhani, wala sifikirii kwamba wataalamu wetu walojitolea mstari wa mbele kupigana vita kwa ajili yetu dhidi ya corona eti wafanye hivyo! La hasha! Na kama itakuwa hivyo basi tatizo ni kubwa sana!
/59

Mwisho siku haya yoote ni nadharia kwenye kitendawili cha kipimo cha #COVID19 hapa nchini, kitendawili ambacho #TUME iliyoundwa na waziri wa afya tutegemee italeta majibu sahihi ili waTanzania turudishe imani kwa majibu tunayopata! Kwa hakika jua litachomoza tena, kutakucha! /60