Je viens de lire le dernier papier de Didier Raoult, dans International Journal of Antimicrobial Agents, publié le 19 mars 2020. C’est un papier curieux. Thread. (1/36)
sciencedirect.com/science/articl…
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Thread en 4 parties: le journal, le résumé du papier, l’erreur sur la mortalité des coronavirus (hors SARS-CoV-2), l’erreur sur la mortalité du SARS-CoV-2.
1. Le journal. C’était déjà dans International Journal of Antimicrobial Agents que Raoult a publié ses résultats sur les tests de l’hypochloroquine. On peut aussi déjà noter la vitesse de publication, habituelle chez Raoult.
Ce n’est pas étonnant. L’editor-in-chief de International Journal of Antimicrobial Agents est Jean-Marc Rolain, collègue de Raoult à l’IHU à Marseille.
Ce nom vous dit quelque chose ? C’est normal, Jean-Marc Rolain est co-auteur du papier. On reste en famille.
2. Le résumé du papier. Le titre : SARS-CoV-2: fear versus data. On sait ce qu’on va lire : tout va très bien Madame la Marquise. D’ailleurs c’est dit clairement dans l’abstract : “the problem of SARS-CoV-2 is probably being overestimated”. Cool. Cool cool cool.
Dans l’introduction, Raoult revient sur la famille des coronavirus, leur contagiosité avérée, et dit que le SARS-CoV-2 est tout aussi contagieux.
Le papier n’étudie pas la contagiosité mais la mortalité du virus, en s’appuyant sur des données enregistrées à l’IHU pour les coronavirus classiques, et sur les données globales et de l’IHU pour le SARS-CoV-2.
Entre 2013 et 2019, l’IHU a testé 770 cas de coronavirus, pour 8 décès, soit 1% de mortalité. Entre le 1er janvier et le 2 mars 2020, l’IHU a testé 543 cas de coronavirus (non SARS-CoV-2), pour 2 décès, soit 0.36% de mortalité.
Au total, 1313 cas, 10 décès, soit 0.8% de mortalité. Le papier ne dit rien sur l’âge de ces cas, ou le degré de morbidité. On peut imaginer que pour être à l’hôpital pour un coronavirus (hors SARS-CoV-2, SARS, ou MERS), il faut être déjà dans un sale état.
Ensuite, on passe au SARS-CoV-2 :
Au 2 mars 2020, 7476 cas ont été recensés dans l’OCDE (4335 rien que pour la Corée du Sud, 2036 pour l’Italie), avec 96 morts, soit 1.3% de mortalité.
Au 2 mars 2020, 7476 cas ont été recensés dans l’OCDE (4335 rien que pour la Corée du Sud, 2036 pour l’Italie), avec 96 morts, soit 1.3% de mortalité.
Le but du papier : démontrer que le taux de mortalité du SARS-CoV-2 (1.3%) n’est pas significativement différent du taux de mortalité des autres coronavirus (0.8%), et qu’il n’y a donc pas lieu de s’inquiéter.
Dans le détail, cette démonstration est un test de Chi-2 : p=0.11, circulez y’a rien à voir.
Je pense depuis quelques temps que Didier Raoult ne sait pas ce qu’est une croissance exponentielle, ne sait pas ce qu’est une épidémie (il est virologue, pas épidémiologiste, après tout), et aussi il manipule les statistiques avec zero précaution.
3. Erreur sur la mortalité des coronavirus
Par exemple, la Corée du Sud compte pour moitié dans le nombre de cas pris en compte ici. Or, la Corée du Sud teste largement, et forcément trouve beaucoup de cas, dont de nombreux cas asymptomatiques (Rappel : sur le Diamond Princess, il y avait 18% d’asymptomatiques).
Donc Didier Raoult compare les 0.8% de mortalité des coronavirus (hors SARS-CoV-2) qui se présente à l’hôpital, avec les 1.3% de mortalité du SARS-CoV-2 dans toute une population.
À aucun moment il ne se rend compte qu’il y a peut-être des gens atteints de coronavirus (hors SARS-CoV-2) qui sont asymptomatiques, ou bien symptomatiques mais pas au point d’aller à l’hôpital.
Rappel: les coronavirus (hors SARS-CoV-2, MERS, et SARS) comptent pour un quart des cas de rhume. Vous allez à l’hôpital pour un rhume vous ?
Les taux d’hospitalisation des coronavirus ont été calculés ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P… : 0.01% pour les enfants de moins de 6 mois, 0.004% pour les enfants entre 6 mois et 2 ans, populations considérées comme fragiles pour les coronavirus.
4. Erreur sur la mortalité du SARS-CoV-2
Un autre pb est que les coronavirus (hors SARS-CoV-2) ne sont pas en croissance exponentielle, alors que le SARS-CoV-2 est en croissance exponentielle. Raoult ne comprend pas la croissance exponentielle. Il déteste les modélisateurs du futur qu’il compare à des astrologues.
Pourtant, un modélisateur lui dirait que lors d’épidémie en croissance exponentielle, le nombre de cas à un instant donné n’informe en rien sur la dangerosité d’un virus. Il faut voir l’évolution au cours du temps, et calculer le taux de croissance de l’exponentielle.
C’est pour ça qu’en février en France beaucoup de gens disaient : bah, il n’y a que quelques cas, c’est pas un problème. D’autres pourtant disaient déjà : s’il y a quelques cas aujourd’hui, alors il y en aura encore plus demain, encore plus après demain.
Faire des statistiques (fausses) sur le nombre de cas à un instant donné est une non-sens scientifique.
Pire : en croissance expo, il faut faire attention pour calculer le taux de mortalité. Exemple : on compte aujourd’hui 33000 cas en France, et 1995 décès. Soit un taux de mortalité de 0.6%. Mais imaginons que par bonheur le nombre de cas arrêtait d’augmenter et resterait à 33000.
Parmi les 3800 personnes aujourd’hui en réanimation, il y aura forcément des décès, disons au pifomètre un quart, soit 950. Alors dans quelques semaines on ferait le bilan : 33000 cas, 2945 décès, soit un taux de mortalité de 0.9%.
En plus des cas déjà en réa, il y aura des morts parmi les cas déclarés mais pas encore en réa. On peut l’estimer avec un peu de calcul. On meurt après avoir montré des symptômes. Donc il y a un décalage entre la courbe du nombre de cas, et la courbe du nombre de décès.
En croissance exponentielle, ce décalage induit un facteur exp(alpha*T) entre le nb de décès comptés aujourd’hui et le nb de décès causés par les cas comptés aujourd’hui. alpha est le taux de croissance de l’exponentielle et T est le temps moyen entre l’entrée en réa et le décès.
En ce moment, alpha=0.2/jour et T~5 jours (pifomètre). exp(alpha*T)=2.7. Attention, c’est du pifomètre, mais ca donnerait 2.7*1995=5400 décès. Soit un taux de mortalité de 16%. Attention, encore une fois, c’est du pifomètre, mais c’est pour montrer qu’il faut faire attention.
Donc pour résumer : ce papier publié dans le journal tenu par un co-auteur du papier démontre que le taux de mortalité du SARS-CoV-2 est le même que pour les autres coronavirus (sauf MERS et SARS).
En réalité : ce papier sur-estime la mortalité des coronavirus, et sous-estime la mortalité du SARS-CoV-2. Et le test statistique du Chi-2 est à mettre à la poubelle. Le papier aussi.
Le papier était honnête :
“Of course, the major flaw in this study is that the percentage of deaths attributable to the virus is not determined, but this is the case for all studies reporting respiratory virus infections, including SARS-CoV-2.”
“Of course, the major flaw in this study is that the percentage of deaths attributable to the virus is not determined, but this is the case for all studies reporting respiratory virus infections, including SARS-CoV-2.”
Titrer “SARS-CoV-2: fear versus data” pour un papier faux, ce n’est pas “a major flaw”, c’est de la malhonnêteté intellectuelle.
Beaucoup utilisent l’argument des 2000 papiers de Raoult pour asseoir son expertise. Si ses 2000 papiers sont du même niveau que celui-ci, on est mal barré.
Fin du thread. Si des spécialistes de coronavirus pouvaient relire, et surtout m'apporter des précisions sur le taux de mortalité réel des coronavirus (hors SARS-CoV-2), j'apprécierais beaucoup. Merci.
cc @MicrobiomDigest you should have a look at this curious paper sciencedirect.com/science/articl…
My thread is in French, but I'm happy to translate if needed.
My thread is in French, but I'm happy to translate if needed.
Erratum: dans le taux de mortalité aujourd'hui, il fallait lire 6% et non pas 0.6%. Dans le tweet suivant, il fallait lire 9%, et non pas 0.9%.
English translation, augmented with some more data, can be found here:
