Thread by @SciTania

Quand je parle du #SarsCov2, j'insiste sur le fait que je ne suis ni médecin, ni épidémiologiste mais bien virologue.
J'ai reçu plusieurs questions sur le lien entre ce virus et les furines, alors profitons en pour faire un peu de virologie fondamentale !
#Covid19 #coronavirus

Premier point : qu'est-ce qu'une furine ?
➡️ Une protéine, capable de reconnaître un motif spécifique sur d'autres protéines et de les couper à cet endroit là. Autrement dit un petit couteau moléculaire assez spécifique... et présent dans la plupart de nos cellules.

Second point : quel rapport avec le nouveau coronavirus ?
Plusieurs équipes de recherche ont analysé la séquence du génome et des protéines de ce virus ces dernières semaines et ont repéré un site susceptible d'être coupé par la furine dans la protéine de surface du virus.

La protéine de surface (appelée S pour spike en anglais, mais ça marche aussi avec surface en français) est celle qui dépasse des particules virales et qui leur donne la fameuse allure de couronne à l'origine de la dénomination coronavirus.

C'est pour le virus l'équivalent d'une clé moléculaire et elle a deux fonctions principales :
1⃣ Reconnaître une serrure spécifique à la surface des cellules (pour le nouveau corona, la protéine ACE2).
2⃣ Permettre l'ouverture de la porte (=l'entrée du virus dans la cellule).

Je vais soigneusement éviter de rentrer dans les détails structuraux du fonctionnement des protéines virales de surface mais en gros, pour pouvoir effectuer leurs différentes fonctions, certaines de ces protéines doivent être coupées. Notamment celles des coronavirus.

Une de ces coupures conduit à séparer 2 bouts de la protéine S : S1, impliqué dans la reconnaissance de la serrure et S2, permettant l'entrée du virus dans la cellule.
La façon dont se fait cette coupure (moment, localisation, couteau utilisé...) varie selon les coronavirus.

Pour le MERS, la coupure semble plutôt se faire au moment de la production des particules virales, vraisemblablement par la furine de la cellule infectée produisant les virus (vu la séquence de la zone de coupure).

Pour le SRAS ce serait plutôt au moment de l'infection de nouvelles cellules par le virus, pas par la furine mais par d'autres types de protéines capables de couper des protéines (qu'on appelle des protéases).

Et pour le nouveau coronavirus alors, ça donne quoi ?

Réponse rigoureuse : on ne sait pas. On n'a pas de données expérimentales là-dessus. On pourrait par exemple inhiber certaines protéases et voir ce que ça change, mais c'est trop tôt pour que ce genre de résultats soit déjà publié.

Ceci dit on peut quand même tirer des informations de la séquence de la protéine S du nouveau coronavirus !
En l'occurrence on y retrouve à la fois la zone de coupure "classique" du SRAS et une zone de coupure potentielle par la furine au même endroit que celle du MERS.

Concrètement ça veut dire que la protéine S de ce virus pourrait être clivée en S1 et S2 de deux façons différentes : par les furines (des cellules produisant les virus ?) ou par les autres protéases (des cellules infectées par les virus ?).

Ce qui apporterait différents avantages à ce virus. En effet, la coupure en S1/S2 est essentielle pour que le virus puisse entrer dans une cellule. Son efficacité influence donc la capacité d'infection du virus et les types cellulaires dans lesquels il va pouvoir entrer.

Un virus à la protéine S déjà coupée pendant sa production pourra infecter n'importe quelle cellule possédant sa serrure (ACE2) alors qu'un virus à la protéine S non coupée ne pourra infecter que les cellules possédant sa serrure ET un couteau adapté à la protéine S.

Or il se trouve que la furine est fortement exprimée dans les cellules de nos poumons. Être capable de l'exploiter est donc un avantage certain pour un coronavirus. Certains le font d'ailleurs (le MERS mais aussi OC43, un coronavirus humain bénin).

Cette capacité n'avait en revanche pas été observée dans la sous-famille de betacoronavirus à laquelle appartient le SARS-CoV-2.
En jargon on parle de convergence évolutive : l'acquisition indépendante d'une même capacité par des organismes confrontés aux mêmes contraintes.

Rappel : tout ceci reste une interprétation théorique de séquences de protéines S de différents coronavirus. On attend encore les données expérimentales in vitro et in vivo. Et je parie que ça donnera des résultats assez nuancés.

(Du genre "dans la condition A la probabilité que la protéine S soit coupée par la furine est de 80% et celle d'une coupure par une autre protéase de 15%. Dans la condition B c'est l'inverse. Dans la condition C....".)

Point essentiel pour terminer : est-ce que ça veut dire que ce virus pourrait être plus dangereux qu'on ne le pense ?
NON !
Les observations cliniques sont ce qu'elles sont. La compréhension de mécanismes moléculaires peut simplement permettre de les expliquer.

Source principale : cet article publié après évaluation par les pairs sciencedirect.com/science/articl…
Je n'en ai pas trouvé de plus précis sur la furine et le SARS-CoV-2, même en prépublication.