Thread by @laBioauLabo

Justement hier on parlait des articles sensationnalistes et de mauvaise science sur le microbiote et voici qu'on me parle d'un cas d'école. On décrypte?

À l'origine de tout ça, un article paru dans Science Blog, mais repris par la presse américaine.
scienceblog.com/509331/whole-b…

Tapez "whole boyd vibration microbiota" et vous verrez à quel point on parle de l'article:
qwant.com/?q=whole%20bod…
(Oui, je fais mes requêtes sur Qwant)

On reprend l'article dont je parle:
"Whole body vibration", que l'on peut traduire en français par la plate-forme vibrate (type Power Plate) modifie le microbiote, ce qui permet d'améliorer l'inflammation et le diabète. Formidable!

Donc évidemment je suis allé voir l'article initial. Spoiler: vous vous souvenez quand je parlais du mauvais article qui fait du 16S et l'interprète comme il veut? C'est un exemple parfait.

L'article, le voici:
mdpi.com/1422-0067/20/1…
Publié dans International Journal of Molecular Sciences. Le titre: "Whole Body Vibration-Induced Omental Macrophage Polarization and Fecal Microbiome Modification in a Murine Model"

4 figures, on a du mal à comprendre comment en 4 figures on arrive à une conclusion aussi catégorique sur le diabète et l'inflammation. Mais OK.

1er coup d'œil: les méthodes. On a pris des souris obèses diabétiques GÉNÉTIQUEMENT (la souris db/db, mutante pour le récepteur de la leptine). 6 souris invalidées et 3 souris contrôles. Le moins qu'on puisse dire c'est que ça ne fait pas beaucoup.

Ensuite on a fait vibrer ces souris à des fréquences de 30 Hz, 20 minutes par jour pendant 4 semaines (tous les jours). Et du coup le contrôle, on suppose que ce sont ces mêmes souris sans vibration (ce qui est déjà problématique), mais on n'en sait pas plus dans l'article.

Figure 1: on a prélevé les macrophages de ces souris et par tri en cytométrie, on aurait vu un phénotype moins inflammatoire chez les souris diabétiques soumises à vibration.

Je passe sur l'interprétation de la figure assez douteuse, mais c'est UNIQUEMENT sur cette figure que les auteurs parlent d'amélioration d'un phénotype inflammatoire et diabétique. Aucune autre donnée physiologique.

Ensuite on sort le chapeau magique, le séquençage 16S de l'ADN bactérien. On va bien pouvoir faire dire quelque chose à notre microbiote, non?

Et surprise, sur N = 3 souris (énormément donc!) on voir que UNIQUEMENT dans le groupe de souris contrôles la vibration modifie le microbiote (et encore).

Et ensuite on fait une figure pour montrer que la vibration modifie l'écologie totale, basée sur un indice de biodiversité (l'indice de Shannon). Ici on a mis les 9 souris ensemble, à quoi bon les séparer par groupes?

Bref, cet article n'apporte en somme aucune conclusion et montre bien les dérives de la science du microbiote (je n'hésiterais pas à appeler ces articles de la pseudo-science). Et à partir d'un article médiocre, on fait des conclusions racoleuses dans la presse.

Bref, méfiez-vous quand vous lisez MICROBIOTE, aujourd'hui tout le monde veut s'y mettre par effet de mode. Mais les études mal faites sont légion.

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