Ik merkte dat bv het optreden van collega @suzanpas op TV en filmpjes van monsterafname in @Jinek de interesse in het testen voor #COVID19 #coronavirus #SARSCoV2 heeft gewekt. Een draadje (draad).
We testen 2 targets (stukjes erfelijk materiaal, RNA) van het SARS-CoV-2 virus. Ik noem ze R en E. (Er zijn ook testen die drie targets testen).
Waarom niet 1 target? Omdat we nog zo weinig weten van dit virus: waar verandert het het snelst, waardoor je test niet meer goed werkt? Geen idee, dus testen we 2.
Voordat we testen, hebben we een respiratoir monster nodig, bv een zogenaamde neuskeelwat (combinatie van neuswat en keelwat). De afname van zo’n neuswat onderga je niet voor je plezier, zie ook (0:50).
Sidenote: in 2009 (H1N1, “Mexicaanse griep”) nam ik er zelf een af bij mijn dochtertje. Zij heeft er geen trauma aan overgehouden, maar vader wel.
In ieder geval kunnen de afnames het best door een ervaren iemand gebeuren. Want slechte afname = slecht monster = onbetrouwbare uitslag. Lichtpuntje: je kan het snel leren.
Terug naar het monster. De wat of watten worden in een buisje vloeistof aangeleverd. De informatie op de buis wordt gescand (buizen uit eigen ziekenhuis) en/of voorzien van een door onze administratie gemaakte sticker (buizen van andere ziekenhuizen/artsen/etc.).
Zo weten we dat buis 1 van mevrouw A is en buis 2 van meneer B. Van de vloeistof uit de buis doen we een klein beetje (ongeveer 4 druppels) in een ander buisje. Daarin maken we het virus stuk.
Dat doen onze analisten in een veiligheidskabinet, waar lucht ingezogen wordt en alleen gefilterd uit kan, zodat er geen virus kan ontsnappen. Alleen de handen gaan in dat kabinet, we beschermen onszelf met handschoenen.
Uit de vloeistof met kapotgemaakt virus (en cellen van het slijmvlies van de patiënt, en snot en slijm) isoleren we RNA. Dat gebeurt meestal met een robot. Zo’n robot kan bv 96 monsters tegelijk isoleren. We gebruiken er maximaal 95, één monster vervangen er door een controle.
Alle stoffen die de test zouden kunnen remmen wast de robot weg. We checken dit door aan elk monster zelf wat (uiteraard niet-Sars-CoV-2) RNA toe te voegen als controle. Totaal duurt die isolatie ongeveer een uur.
Van het RNA maken we DNA. Het DNA kunnen we vermenigvuldigen met een techniek die PCR (polymerase kettingreactie) wordt genoemd. Die reactie bestaat uit een aantal (ongeveer 40-50) opeenvolgende cycli, waarbij in elke cyclus het DNA wordt verdubbeld.
We doen 2 reacties: we vermenigvuldigen in één reactie zowel target E van Sars-CoV-2 als ons controleRNA. In een andere reactie vermenigvuldigen we target R en de controle. Zo’n reactie duurt zo’n anderhalf uur per 96 reacties.
Twee reacties + 2 positieve en 2 negatieve controles, dus 46 monsters in anderhalf uur.
Als er DNA wordt vermenigvuldigd, zien we dat als een fluorescentie-signaal (ik skip even wat technische stappen).
Als er DNA wordt vermenigvuldigd, zien we dat als een fluorescentie-signaal (ik skip even wat technische stappen).
Voor het target gebruiken we een andere golflengte fluorescentie (kleur licht) dan voor de controle, zo kunnen we ze uit elkaar houden. De fluorescentie zet onze PCR-machine uit tegen het aantal cycli (keren dat het DNA is verdubbeld).
Hoe vroeger we het fluorescentie-signaal zien, hoe meer RNA er was. De cyclus waarbij we signaal zien, noemen we Cq, Cp of Ct. 
Hoe lager die Cq, hoe meer RNA. Eén cyclus eerder signaal (dus een Cq waarde die 1 lager is) betekent ongeveer 2 keer zoveel RNA. 3 cycli eerder signaal betekent 2x2x2=8 keer zoveel RNA. In een monster met Cq=25 zat dus ongeveer 1000 keer meer RNA dan in een monster met Cq=35.
Bij het target E zien we meestal een lagere Cq waarde dan bij target R. Een goede verklaring is er nog niet. Maar je kan je voorstellen dat dit het interpreteren soms moeilijk maakt.
Twee mooie signalen bij E en R betekent een positief monster, twee negatieve (geen) signalen bij E en R (en natuurlijk wel signalen bij ons stukje controle RNA!) betekent een negatief monster. Maar wat als er één positief is en de andere negatief? Dat moeten we nog leren.
Dat leren we o.a. door datzelfde monster nog eens vanaf het begin te testen. Dat doen @RIVM en @ErasmusMC voor de andere labs (tot die genoeg positieven hebben gezien). Dat is de bevestiging waarover je in de media hoort.
Bij een knalpositief signaal kun je natuurlijk alvast actie ondernemen, in afwachting van de bevestiging. Bij een dubieus signaal (bv E positief, R negatief) is dat lastiger, nog lastiger als bij de bevestiging er hetzelfde uitkomt. Daarvan moeten we nog leren wat dat betekent.
Liefst door te testen op één of meer nieuwe monsters van dezelfde patient. Kan het nog moeilijker? Ja hoor, bij bv een lagere fluorescentie van je ene signaal. Voorlopig zijn we liever safe than sorry.
Sidenote: bij @rivm, @GGDGHORNL, @MinVWS en alle testlabs wordt keihard gewerkt om onder voortdurend veranderende omstandigheden zo goed mogelijke beslissingen te nemen op basis van de kennis op dat moment.
Achteraf kun je daar wat van vinden, maar de mensen die daar werken maken geen deel uit van een grote samenzwering om de samenleving te ontwrichten. Ze proberen wel om de impact van #COVID19 zo klein mogelijk te houden, vandaag, gisteren, maar ook morgen, volgende week en daarna.
Serieuze vragen zal ik proberen te beantwoorden.
Personal note: bij een vorige pandemie overleed de-oudtante-die-ik-nooit-heb-gekend. Andere risicogroep dan nu. Maar we kennen allemaal wel iemand in een risicogroep. Dus wassen we onze handen wat vaker, en volgen we adviezen van @rivm en @GGDGHORNL. Ook als ze snel veranderen.
Sorry, @Jinek_RTL i.p.v. die andere
